?Naruto, con l'aiuto di Kurama, riesce a trasferire a tutti i ninja dell'alleanza parte del suo chakra, mentre Shikamaru e Ino mettono in atto il piano elaborato dai genitori e ricordano le loro ultime parole. Kakashi riflette sull'aumento di potere che il chakra che Naruto ha passato ai suoi compagni comporta mentre Kurama afferma che quest'ultimo ha superato di gran lunga i suoi genitori. L'alleanza ninja, in risposta alle provocazioni di Obito, riesce quindi a separare questi e Madara dal Decacoda. Sasuke, Orochimaru, Jugo e Suigetsu arrivano al Villaggio della Foglia e penetrano nel covo segreto degli Uchiha; qui, attraverso un delicato procedimento, il ninja leggendario riesce a riportare in vita tramite l'Edo Tensei i quattro precedenti Hokage.

L'alleanza si appresta ad attaccare la Decacoda ma il mostro, a sorpresa, si libera e respinge l'attacco, cominciando a completare la sua trasformazione. Intanto al Quartier Generale, Shikaku cerca di elaborare una nuova strategia e Madara, accortosi della pericolosità dei loro piani, li colpisce con la Teriosfera, ma poco prima di essere colpiti riescono a formulare una nuova strategia che consiste, appunto, nel proteggere Naruto.

Jigen appare all'improvviso davanti a Kawaki per portarlo al covo dei Kara, ma viene fermato da Naruto. La puntata finisce in cui Naruto e Sasuke iniziano scontrarsi con Jigen col karma attivato in un luogo sconosciuto.

Madara ed Obito si legano alla Decacoda e Naruto, insieme a Killer Bee, attaccano quest'ultima creando un diversivo con il Kamui di Kakashi, ma l'attacco si rivela inutile. Ormai esausti, vengono raggiunti dall'alleanza la quale, grazie all'aiuto di Shikaku e del Quartier Generale, elabora una strategia per immobilizzare il Juubi: sfruttando tutte le tecniche dei vari Paesi ninja con un attacco combinato, riescono temporaneamente a paralizzarlo e Naruto, dopo aver ribadito ad Obito che questo mondo non finirà, si appresta, supportato dagli altri shinobi, ad attaccare il mostro con il Rasenshuriken.

Naruto attacca Madara, il quale respinge l' attacco grazie al suo ventaglio. Intanto Kakashi si interroga ancora sul perchè Obito si sia alleato con l'ex capo degli Uchicha e, in questo frangente, ricorda il suo primo incontro con Minato, Rin e lo stesso Kakashi, e quando, successivamente, controllò la Volpe a nove code per distruggere Konoha, ribadendo nuovamente al suo ex compagno di squadra che questo mondo non merita di esistere.

Sarutobi assegna un nuovo team a Kakashi, formato da Naruto, Sasuke e Sakura. Naruto è il figlio di Minato, ed è considerato un buono a nulla e l'ultimo della classe, mentre invece Sasuke, il fratello minore di Itachi, è considerato invece un genin molto promettente e Sakura una ragazzina diligente con un buon potenziale. Sarutobi asserisce quindi che questo team funzionerà proprio perchè è equilibrato e rispecchia esattamente il team di Minato

Kakashi, dopo essere stato nominato supervisore Jonin, ricorda quando fu sottoposto, insieme a Rin ed Obito, alla prova dei campanelli da Minato; in quel frangente, il ninja-copia ricorda che riuscì a prendere un campanello anche se tralasciò l'importanza del lavoro di squadra. Minato decise però di promuovere il team notando comunque una certa alchimia tra i tre giovani ninja.

Itachi viene promosso capitano e successivamente diventa un subordinato di Danzo, al quale rivela che il clan Uchiha è sempre più diffidente nei confronti del villaggio. Intanto Sarutobi manda in missione Kakashi, in quanto sospetta che ci sia qualcuno che riesce a infiltrarsi nel villaggio superando le barriere di protezione, e così raggiunge, insieme a Gai, il distretto degli Uchiha, notando un 'atmosfera tesa e poco amichevole nei confronti dei due Shinobi della Foglia. Dopo aver fatto rapporto al Terzo Hokage, Sarutobi decide che per evitare il colpo di stato, concederà più potere al distretto di polizia degli Uchiha, pur essendo in disaccordo con Danzo. In seguito però Itachi raggiunge Sarutobi, Danzo e i consiglieri ai quali afferma che gli Uchiha sono pronti ad attuare la guerra civile, e successivamente chiede ad Obito, che grazie alla sua abilità oculare era stato in grado di infiltrarsi nel villaggio, di aiutarlo a sterminare il suo Clan, a patto che lasci in vita il fratello Sasuke; durante la notte avviene così il Genocidio, sotto gli occhi atterriti di Kakashi e gli altri ANBU, che si domandano chi possa aver compiuto questo gesto: interviene Danzo, asserendo che lo sterminio del clan è opera di Itachi. A questo punto si scopre che Danzo e consiglieri si erano accordati per commissionare ad Itachi lo sterminio del proprio clan per evitare il colpo di stato, sebbene Sarutobi fosse contrario, in quanto avrebbe optato per una soluzione più pacifica; decide così di sollevare Danzo da tutti i suoi incarichi, e inoltre promette allo stesso Itachi, in procinto di unirsi all'organizzazione Alba diventando così un ninja traditore, di proteggere il fratello, scusandosi con quest'ultimo per non essere riuscito a prendere una decisione che evitasse il massacro. In seguito Sarutobi solleva dall'incarico di ANBU Kakashi, che diventa così un supervisore jonin.

Sasuke arriva in un luogo misterioso con il suo Rinnegan e proprio in quel posto scopre molte cose importatanti sul Clan degli Otsutsuki, mentre Boro dell'Organizzazione Kara forgia le menti dei nuovi membri della sua Setta Religiosa.

Kakashi spiega ad Itachi che il suo clan è tenuto sotto stretta sorveglianza da quando, sei anni prima, la Volpe si scatenò su Konoha, provocando ingenti danni e creando sospetti proprio sullo stesso clan, che a detta di Danzo, avrebbe potuto controllare il cercoterio grazie alle loro abilità oculari, ma Itachi risponde che è consapevole di tutto ciò.  Intanto Shisui, dopo aver fermato Ao e alcuni shinobi della Nebbia, chiede a Sarutobi di tenere sotto controllo il suo clan e in particolar modo Fugaku, per evitare futuri contrasti e un possibile colpo di stato, rivelando lo scopo della sua missione solo ad Itachi, suo amico fraterno

Kakashi incontra Gai, il quale vorrebbe entrare negli ANBU, ma sia il Terzo Hokage che Danzo dicono che non possiede le qualità per farlo; viene invece scelto un giovane ragazzo del clan Uchicha: Itachi, che nonostante la giovane età, possiede già un grande potenziale. Sarutobi ordina quindi, sotto consiglio di Danzo, a Kakashi e Itachi di seguire segretamente Gai e altri tre ninja, mandati in missione per uno scambio di pergamene con il Paese del Legno. Arrivati al punto d'incontro, Gai si accorge che lo scambio di pergamene è in realtà una messa in scena da parte degli ANBU del Paese del Legno che attaccano i ninja della Foglia ma vengono sconfitti dopo un breve combattimento e, come aveva ordinato Danzo, vengono uccisi. Gai, esterrefatto, si rende conto di non essere portato per essere un ANBU, sostenendo però che non lo sia neanche Kakashi, il quale afferma al giovane Itachi che non permetterebbe mai che un amico venga ucciso. Successivamente il ninja-copia si scusa con Gai per quello che è successo durante la missione, mentre durante una riunione del clan Uchicha, Fugaku, il padre di Itachi, ribadisce che suo figlio è entrato negli ANBU per tenersi in stretto contatto con l' Hokage e ricevere, quindi, informazioni importanti sul futuro della Foglia e del suo clan.

Kinoe e Kakashi si apprestano ad uscire da covo ma vengono attaccati da un gigantesco serpente appartenente a Orochimaru che, però, viene sconfitto grazie al Mille Falchi del giovane ninja-copia, il quale viene poi portato da Kinoe al riparo dal gas velenoso emanato dal serpente stesso. Qui il giovane ANBU inietta a Kakashi una specie di sonnifero e si appresta a estrargli lo Sharingan, ma capendo di non riuscire a farlo, lascia un messaggio nel quale afferma che considera il suo compagno come un vero amico, e così torna da Danzo dichiarando il suo ritiro dalla missione.

Danzo Shimura ordina a Kinoe e Kinoto, due membri della Radice, di recuperare lo Sharingan di Kakashi, per sostituire il suo occhio destro che sta lentamente perdendo la vista. Nel frattempo, Yugao Uzuki trova e avvisa Kakashi riguardo la sua convocazione al cimitero del villaggio da parte del Terzo Hokage; il ninja si reca sul posto, dove gli viene affidata una missione di notevole importanza: indagare in uno dei nascondigli di Orochimaru. Nei pressi del nascondiglio, Kakashi incontra Kinoe, che inizialmente lo aiuta, per poi rivelare al compagno la sua vera missione affidatagli da Danzo. I due ninja della Foglia iniziano un duro scontro, tuttavia Kakashi è riluttante di uccidere un proprio compagno, nonostante Kinoe riveli ch'egli ha presumibilmente ucciso un suo amico. In un impeto d'ira, Kakashi blocca Kinoe a terra e si prepara a colpirlo con la sua tecnica devastante: il Mille Falchi. Tuttavia le parole di Kakashi vengono capite da Kinoe, che ricorda il suo passato: l'introduzione all'interno della Radice mentre si rassegnava al suo destino, ricordi che lo portano a dire a Kakashi che se vuole può ucciderlo. Per tutto il tempo, un essere misterioso osserva di nascosto i due giovani ninja.

Tenzo e Yukimi scappano inseguiti da Kakashi, il quale ripete che la ragazza è fondamentale per la cattura di Orochimaru, mentre Tenzo ricorda, tramite alcuni flashback, il periodo in cui fu soggetto ad esperimenti insieme ad un'altra ragazzina, che però non era sopravvissuta anche a causa dell'impossibilità di quest'ultimo di aiutarla. Dopo un breve inseguimento, il giovane ninja-copia decide di usare il Taglio del Fulmine per fermare i due ragazzini, ma rimane nuovamente frastornato dal ricordo della morte di Rin, riuscendo solo a colpire lievemente Yukimi. Tenzo così ingaggia un combattimento con quest'ultimo chiedendogli il motivo per cui Orochimaru sia interessato a lei e Kakashi risponde che Gotta, prima di morire, gli abbia confessato che il Ninja Supremo necessita del suo sangue per imparare la tecnica per trasformare il corpo in fumo e, quindi, fuggire più facilmente dal paese del Fuoco. Yukimi intanto ricorda quando Orochimaru salvò il suo clan ormai decimato, e portò via con sé il fratellino Tenzo con la speranza di dare allo stesso clan un futuro migliore, sebbene ciò comportasse dei sacrifici. La ragazza così, decide di tornare al covo dove incontra Orochimaru che dopo avere sterminato il resto del clan, è intenzionato a prendersi il suo sangue e, dopo un breve inseguimento, riesce, seppur contrastato da Kakashi e Tenzo sopraggiunti sul posto, a fuggire; grazie però all'aiuto di Pakkun i due giovani shinobi trovano il Ninja Supremo il quale però ancora una volta riesce a scappare lasciando Yukimi in fin di vita che però viene salvata grazie all'intervento di Tenzo e dal fumo rimasto dei membri del clan che riescono, tramite una tecnica, a ricreare il corpo disperso della ragazza formando un albero. Yukimi decide così di separarsi da Tenzo e intraprendere la sua strada ed il giovane shinobi finalmente comprende di essere riuscito a proteggere qualcuno di importante.

Kawaki decide di aspirare a diventare proprio come il suo nuovo padre adottivo, dopo aver ascoltato Kurama e per realizzare il suo sogno decide di cooperare con Boruto con il fine di sconfiggere l'Organizzazione Kara