Tsunade, su consiglio di Shikaku, ordina a Shikamaru di aiutare la squadra di Naruto insieme a Tenten. Shikamaru lo fa per allenarsi nel formulare strategie vincenti in vista della guerra contro l'Akatsuki. Il gruppo di Konoha prende Shikamaru e Tenten nel porto dell'isola Mozuku, dove dei ladri del posto hanno ideato una trappola per far sfinire le prede con lo scopo di rubare il loro bottino. Tuttavia i ninja di Konoha riescono a batterli, anche grazie al genio di Shikamaru.

Dopo aver affrontato una tempesta, quattro cloni di Naruto si ribellano, lo prendono in ostaggio e costringono la ciurma a scendere su un'isola. Dopo una battaglia tra Gai, Aoba, Yamato e i cloni, Naruto evoca altri cloni, ma anche loro si ribellano e lo stavano per uccidere, ma prima che questo avvenga Naruto si sveglia e si rende conto che era un sogno di una copia che, una volta colpita, aveva trasferito tutti i suoi pensieri a Naruto.

Gai Maito è un Jonin del Villaggio della Foglia maestro di Rock Lee,Neji e Tenten e rivale di Kakashi. Il suo punto forte è il Taijutsu e può aprire le 8 porte del chakra.

Il gruppo si ferma per prendere provviste in vista della rotta del silenzio, dove non ci si può fermare per due settimane. Un abitante del posto regala a Naruto un fungo dicendo che molti lo prendono per affrontare la rotta perchè si moltiplica facilmente. Il fungo però si moltiplica senza esser coltivato e assorbe provviste, acqua e chakra. Il chakra di Yamato viene prosciugato e il resto dei ninja resta disidradato e affamato, così Gai, ripresosi dal mal di mare perchè nella rotta è la corrente a portare la barca, e Naruto assaggiano i funghi, che nutrono ma fanno avere istinti violenti. Naruto dopo aver combattuto con Gai evoca Gamatatsu per potersi nutrire senza i funghi, infatti Gamatatsu porta a Naruto il cibo di Shima. L'abitante si fa vedere verso la fine della rotta e attacca la barca di Konoha, ma i ninja si sono ripresi e li sconfiggono.

Rock Lee è un ninja del Villaggio della Foglia a fa parte del Team Gai. Poco capace nell'utilizzo di Ninjutsu e Genjutsu si è specializzato nel Taijutsu, diventando un abilissimo combattente,in grado di aprire anche le 8 porte del chakra.

Lee sogna di sfidare Madara, svegliandosi si ricorda che si deve allenare per l'incombente guerra, e vedendo una barca si ricorda di un precedente allenamento con Gai. Allo stesso tempo Gai ricorda di questo allenamento di visualizzazione e lo racconta a Naruto. Il giorno prima Rock Lee aveva imparato il loto ma entrambi non ricordavo cosa fosse successo dopo. Nel menù del ristorante aveva segnato dei cibi, così passano la giornata ad allenarsi facendo collegamenti con questi cibi, e alla fine Gai ricorda tutto ma non vuole che Rock Lee ricordi, così gli dice che tocca esercitarsi sul pugno della cascata, vanno in mare e Lee impara lo stile del pugno del mal di mare, simile a quello del pugno dell'ubriaco.

Durante una tempesta Gai viene preso da un falco gigante, quindi Naruto, Aoba e Yamato sono costretti ad andare nell'isola vicino per recuperarlo. Naruto e Yamato, dopo aver affrontato vari animali giganti, arrivano nel nido dove era stato portato Gai. Aoba intanto aveva seguito una ragazza dell'isola che gli fa vedere il suo diario, facendogli scoprire che i ricercatori dell'isola provarono a creare un'evocazione fortissima unendo alcuni animali evocati. Aoba si reca vicino al vulcano per vedere questa creatura, e scopre che oltre a mangiare gli animali, aveva ucciso vari scienziati, tra cui Honoka, infatti l'immagine che vede in realtà è solo la personificazione dei suoi pensieri passati. Con l'aiuto del falco gigante anche Yamato, Gai e Naruto arrivano sul posto, pochi attimi prima che la creatura si risvegliasse. Una volta risvegliata, la creatura attacca i ninja con genjutsu, ninjutsu e i poteri degli altri animali, ma, con l'aiuto dello spirito di Honoka, Naruto riesce ad usare il Rasenshuriken sul mostro, uccidendolo.

Mentre Shikamaru, Ino e Choji fanno fuggire Shu dal castello, nascosto all'interno dell'enorme scatola che conteneva il secondo premio della gara, vinto da Choji, Naruto rimane al castello. Il giorno seguente però Naruto viene smascherato da Tatewaki, durante un allenamento di scherma. Naruto riesce a fuggire ma viene nuovamente raggiunto da Tatewaki che però, scoperte le intenzioni del ninja, decide di lasciarlo andare per permettere a Shu di ritornare nella sua terra natia. Durante il dialogo la nazione viene attaccata da Deidara e Sasori, con l'intento di conquistarla su commissione di un cliente dell'Akatsuki. Tatewaki affida a Naruto sia Shu che Chiyo, la figlia del lord feudale della nazione, e si dirige al castello, dove troverà la morte per mano di Sasori. Al tempo della Guerra Mondiale dei Ninja Tatewaki chiede a Naruto notizie su Shu e Chiyo, e confermata la loro buona salute la sua anima abbandona in pace il mondo dei vivi.

Naruto ed il suo team incontrano un'isola corazzata mentre viaggiano verso il Paese del Fulmine. L'isola si scopre essere di proprietà dei pirati che attaccano i ninja di Konoha cercando i loro tesori. Yamato riesce a salvare i compagni creando un sottomarino appena la nave viene distrutta, e sbucano sotto all'isola dove scoprono i cadaveri degli abitanti, uccisi un decennio prima. Scoprendo una corrente d'acqua riescono a risalire l'isola e distruggere le navi dei pirati, per poi legarli e togliergli il controllo dell'isola.

Continuando il loro viaggio, Naruto, Gai, Aoba e Yamato incontrano una fitta nebbia. Per passare il tempo Yamato narra storie spettrali ad Aoba e Naruto, e una parla di una nave fantasma che appare in quei giorni di nebbia

Durante il loro viaggio, Naruto, Gai, Aoba e Yamato sono costretti a fermarsi a causa del mal di mare. Inaspettatamente incontrano Choji, Ino e Sakura mandati in missione da Tsunade per raccogliere erbe medicinali in vista della Guerra. Nell'isola ci sono però dei Ninja locali che avevano preso le erbe e le volevano vendere ai Ninja della Foglia. Per raccogliere un fango speciale i ninja locali rischiano di morire, ma vengono salvati da Naruto così gli cedono tutte le erbe gratuitamente.

I cinque Kage si riuniscono nuovamente per discutere della guerra. Tsunade rimane contrariata nell'apprendere che gli altri Kage hanno intenzione di nascondere Naruto e Bee invece di usarli in battaglia, ma, alla fine, accetta la decisione.

Durante la sua corsa alla ricerca degli Zetsu infiltrati nei ranghi dell'esercito ninja, Naruto si imbatte in un samurai rianimato di nome Tatewaki, incontrato durante una missione svolta prima della sua partenza insieme a Jiraiya. Un lord feudale, intenzionato a stringere alleanza con la Nazione del Fuoco, richiese l'intervento dei Ninja della Foglia per rapire il figlio, tenuto in "ostaggio" da un'altra nazione, per cui Tatewaki lavorava come guardia del corpo del lord, per il mantenimento di un'alleanza. Naruto, insieme ad Ino e Choji vennero inviati sotto il comando di Shikamaru a compiere il rapimento. Mentre Choji partecipa ad una gara mangereccia, con l'obiettivo di arrivare secondo, Ino usa la sua tecnica per prendere il controllo del giovane Lord e farlo incontrare con Naruto e Shikamaru. Quindi Naruto assume le sembianze del giovane, mentre Shikamaru gli spiega la situazione.

Naruto ricorda i momenti in cui si trasformava nella volpe andando fuori controllo ma per volere di Jiraiya e per salvare Sasuke acceta di ottenere la chiave per controllare il suo sigillo a tetragramma che Minato prima di morire applicò al figlio sigillando la Volpe dopo di che ritorna al Villaggio e una volta convocato da Tsunade racconta ai presenti quel che il Saggio dei Rospi gli ha detto. Nel frattempo Kabuto che ha imparato a coltrollare i poteri di Orochimaru alla perfezione trova il nascondiglio di Madara e con una dimostrazione ottiene la sua riciesta di far parte dell'esercito dell'Organizzazione Alba di Madara .

il Saggio Rospo ordina a Fukasaku di evocare Naruto al Monte Myoboku per consegnarli la chiave che permetterà al ragazzo di liberare il sigillo che imprigiona la Volpe, mentre Tsunade dopo essersi ripresa dal coma e dopo aver mangiato convoca una riunione per prepararsi alla guerra.Nel frattempo Madara ha trapiantato gli occhi di Itachi a Sasuke. Nel pezzo finale Naruto viene evcato da Fukasaku dal Monte Myoboku e incontra per la prima volta il Saggio dei Rospi.