Kakashi ordina a Sai di sigillare i ninja riportati in vita da Kabuto tramite una speciale tecnica che il ragazzo aveva appreso tempo addietro da Danzo. Nonostante le difficoltà, alla fine, Sai riesce ad utilizzare, finalmente, la tecnica di sigillo ed a sconfiggere lo spadaccino della Nebbia Jinin Akebino.

Naruto, Bee, Tsunade ed il Raikage continuano il loro confronto: A è sempre convinto a non voler far partecipare alla guerra le due forze portanti, ma le parole del fratello, che lo atterra col suo "Lariat" dimostrando di avere raggiunto se non superato il suo livello, convincono Tsunade ad allearsi coi due fuggiaschi. Naruto ed il Raikage si scontrano ancora: questa volta, però, il Raikage utilizza il pieno potere dell'Armatura di Fulmine per testare le capacità del giovane, ma Naruto, come aveva già fatto suo padre, evita il colpo del capo villaggio. Bee, infine, spiega che la passione che dà forza alle due forze portanti è grande come un sole: la sua è l'affetto per il fratello mentre Naruto possiede ben due soli, ovvero i suoi genitori.

Naruto e Bee vengono trovati e fermati da A e Tsunade. Naruto ed il Raikage cominciano a discutere: il ragazzo, avvertendo la sofferenza dei suoi amici sul campo di battaglia grazie al chakra della Volpe, vuole assolutamente intervenire mentre il Raikage afferma che è disposto ad uccidere lui stesso le due forze portanti, in qualità di comandante supremo dell'alleanza per quanto riguarda Naruto e di fratello maggiore per Bee, pur di sventare i piani di Tobi. Dopo avere verificato che il Raikage e Naruto hanno la stessa incredibile velocità, Bee porge il pugno al fratello: comincia, così, la narrazione della storia della coppia A/Bee, il team ninja più forte grazie al devastante colpo del "Doppio Lariat", ma, soprattutto (cosa notata anche dal Quarto Hokage durante il suo scontro col team nella terza grande guerra ninja, occasione nella quale si dimostra il ninja più veloce), grazie all'affetto di Bee per il fratello, unico sentimento capace di salvare una forza portante dalla solitudine.

Di Naruto ormai sono critico ferocissimo. Non mi piace assolutamente la piega che ha preso il manga di Masashi-sensei, lo Shippuden è pieno di forzature e trovate “a cazzo di cane”, non c’è più brio e brillantezza.

Mentre le fazioni combattono i Zetsu camuffati in ninja appartenenti all'alleanza, al Villaggio della Foglia si discute della guerra in atto e dell'importanza degli altri ninja che non hanno preso parte alla guerra nel difendere il villaggio stesso grazie alla determinante e coraggiosa alleanza delle madri ninja. Konohamaru ed i suoi coetanei, intanto, hanno saputo di alcune pericolose insidie che riguardano shinobi che praticano l'arte del sumo e che si stanno avvicinando minacciosamente al villaggio. Questi, all'inizio, sembrano incutere timore, ma, grazie alla volontà del Fuoco di tutti gli abitanti del villaggio, in particolare quella delle donne di Konoha e di Konohamaru, mettono al tappeto, in poco tempo, la minaccia.

Il Team 8, composto da Kiba, Hinata e Shino, è incaricato di perlustrare la barriera che divide le truppe dell'alleanza ninja dal territorio nemico. I tre scoprono l'entrata per una caverna e vi si addentrano. Ad aspettarli, però, trovano dei Zetsu Bianchi. Uno di questi fa detonare delle carte bomba distruggendo la caverna ed intrappolandovi i ninja che, quindi, si disperdono. Quando i membri del Team 8 si ritrovano, essi, però, non sono più sicuri della reale identità dei propri compagni. Shino, a ragione, sospetta che almeno uno di loro non sia chi dice di essere e riesce a portare Zetsu allo scoperto. Liberatisi di quest'ultimo, il gruppo si ricongiunge e riprende il cammino.

Mentre è in corso la prima notte della guerra, l'attenzione si sposta sull'accampamento dei ninja medici. Per evitare infiltrazioni nemiche il quartier generale ingaggia una squdra di sensitivi per controllare se il chakra del ferito è quello nemico oppure di un ninja dell'alleanza ninja. In particolare Neji Hyuga entra nella tenda di Sakura per farsi curare le ferite esterne, ma nei dintorni c'è un ninja che desta sospetto e infatti arriva la prima vittima e quindi tutti i ninja medici cominciano a sopettare l'uno dell'altro. Questo tipo sospetto alla fine si rivela essere un ninja che cercava Sakura per dichiarare il suo amore per lei ricevendo un rifiuto, intanto continuano gli assassinii. Infine il sospetto era Neji, questo perchè lo Zetsu bianco quando aveva rubato il chakra del primo ha potuto riprodurlo in maniera originale e perfetta utilizzando una speciale tecnica della traformazione ma Sakura lo abbatte subito con uno stratagemma legato alla ferita di Tonton (il maialino di Tsunade). Nel frattempo, il quartier generale deve rivedere con attenzione i piani e Itachi e Nagato fanno la loro comparsa.

Naruto e la Volpe discutono sulla guerra. In particolare, la Volpe accusa Naruto di ingenuità chiedendogli come crede di poter porre fine ad una guerra con le sue forze, mettendolo di fronte al fatto che, in fin dei conti, non è riuscito a fermare neppure l'amico Sasuke. Naruto e la Volpe riportano alla memoria la prima volta che Naruto si è scontrato con Sasuke, ai tempi dell'accademia, momento che rappresenta anche la prima volta che il ragazzino si è accorto dell'odio che alberga dentro Sasuke. Naruto, però, non si lascia scoraggiare e persevera nel suo obiettivo di fermare la guerra, cambiare Sasuke e cambiare persino la Volpe.

Zetsu nero trovati i Daimyo li attacca ma arriva in protezione una squadra capitanata dalla Mizukage. Tsunade e il Raikage, saputo che Naruto e Bee sono scappati, si muovono di persona per raggiungerli. Madara con lo scopo di recuperare la giara con dentro i fratelli Oro e Argento fa la sua comparsa evocando la Statua Demoniaca e creando parecchio trambusto. Dopo pochi minuti Madara riesce nel suo intento e scappa nuovamente teletrasportandosi, mentre la sua creatura scompare essendo una evocazione. Intando, calata la notte, Kabuto richiama nelle tombe una parte dei corpi da lui controllati. Intanto al quartier generale si fa il punto della situazione: l'alleanza ninja ha perso 40 mila uomini su 80 mila mentre i nemici ne han persi 50 mila su 100 mila. Madara, parecchio eccitato per aver con se il potente chakra dei fratelli Oro e Argendo, ha in mente di completare la sua creatura per poi poter concludere definitivamente la battaglia il giorno seguente. Naruto intanto, insieme a Bee, stanno arrivando il più velocemente possibile sul campo di battaglia!

Naruto, che, in precedenza, aveva percepito la presenza di Kinkaku e Ginkaku sul campo di battaglia, esce dalla stanza dell'allenamento per capire cosa sta succedendo. Gli bloccano la strada Iruka ed altri ninja della Foglia per impedirgli di scappare: Naruto entra in modalità eremitica e sente la sofferenza dei suoi amici decidendo subito di andare a combattere malgrado Iruka gli spieghi che la guerra è iniziata proprio per proteggere lui e Bee. Dopo la fuga di Naruto, Iruka chiede a Bee di seguirlo per proteggerlo; quest'ultimo afferma che Iruka è una persona molto importante e speciale per il ragazzo e che quest'ultimo tiene molto al suo parere, ma, al tempo stesso, non può, come Iruka già sapeva, fare a meno di scendere in battaglia per salvare i suoi amici. Bee accetta il compito di guardia del corpo di Naruto e le due forze portanti, insieme, distruggono una barriera rigenerante a trentasei strati che doveva tenerli bloccati.

Naruto attacca Tobi, mentre Kakashi, ancora confuso, viene spronato da Gai ad unirsi alla battaglia. L'uomo mascherato scatena una pioggia di giganteschi ricevitori chakra che riescono ad immobilizzare l'Ottocoda e Bee e, nel frattempo, riesce ad evitare l'attacco di Naruto entrando totalmente nell'altra dimensione. Tuttavia Tobi realizza che Kakashi non solo è in grado di teletrasportare il Rasengan nella stessa dimensione, ma anche il clone di se stesso. Messo alle strette, Tobi viene colpito dal Rasengan di Naruto in pieno volto, attacco che manda in frantumi la maschera e rivela l'identità dell'uomo: Obito Uchiha. Naruto apprende da Gai che Obito, creduto morto durante la Terza Grande Guerra Ninja, fu amico e compagno di squadra di Kakashi. Nel frattempo, quest'ultimo, incredulo, chiede spiegazioni ad Obito; egli dice che tutte le azioni effettuate finora le ha fatte a causa della morte di Rin. Naruto cerca di motivare Kakashi devastato mentre Obito viene raggiunto da Madara Uchiha.

Al fine di trovare una chance di vittoria, Choza, padre di Choji, offre una mano a Shikamaru e ad Ino per sigillare il maestro Asuma mentre Choji è ancora bloccato e traumatizzato dal fatto che non riesce a sfoderare la sua rabbia contro il suo avversario. In un flashback, che mostra Choji quando era appena un Genin nel momento in cui aveva ricevuto gli orecchini secondo la tradizione dal suo clan, Choza, parlando con Asuma, gli confessa che il figlio è troppo debole e codardo e che verrà sconfitto subito in missione; il maestro, però, lo smentisce dicendogli che Choji è un ninja colmo di gentilezza e che, un giorno, questa si trasformerà in forza e sarà indispensabile per la protezione del villaggio. Choji, pensando a questo evento ed al suo giuramento fatto davanti al padre come 16º capo del Clan Akimichi, si riprende ed assume un atteggiamento fisico e psicologico diverso dal normale: si trasforma, infatti, in farfalla senza l'ausilio della pillola calorica diventando magro ed alto e, con grande determinazione, riesce, finalmente, a colpire in pieno Asuma spedendolo alla squadra di sigillo. Prima di essere sigillato, Asuma afferma che la squadra Ino-Shika-Cho è completa e che non ha più niente da imparare. Infine, Choji, pieno di coraggio, prende il comando e giura di porre fine alla battaglia.

La Squadra dieci, composta da Shikamaru, Choji ed Ino, incontra nuovamente un vecchio nemico, Kakuzu, resuscitato grazie alla Resurrezione Impura. Mentre i tre sono pronti allo scontro, consapevoli del pericoloso avversario, Shikaku ordina ai tre di lasciare al team di Darui il compito di sigillare il redivivo e di occuparsi di un'altra persona, cioè il loro maestro Asuma Sarutobi, deceduto dopo lo scontro contro Hidan. Il trio sembra molto preparato all'inizio dello scontro, soprattutto Shikamaru ed Ino che, sotto l'ordine del loro stesso maestro, eseguono tecniche per concludere al più presto la battaglia; nell'istante in cui il loro maestro è in procinto di capitolare ancora una volta, Choji gli sferra un pugno con la Tecnica dell'Espansione Parziale, ma, al momento dell'impatto, quest'ultimo si ferma perché il suo cuore è troppo gentile e nobile e non potrebbe mai colpire uno dei suoi compagni, ma, anzi, sarebbe disposto a sacrificarsi per la loro incolumità.

I ninja resuscitati sono all'inseguimento della squadra capitanata da Kankuro. L'ex-leader del Villaggio della Pioggia, Hanzo la Salamandra, è tra i ninja resuscitati e utilizza un veleno paralizzante per fermare gli avversari. Prima che le cose peggiorino Mifune e i suoi samurai giungono in salvataggio del gruppo. Mentre Chiyo e Kimimaro affrontano i samurai, Mifune sfida Hanzo, con il quale aveva già duellato in passato. Durante lo scontro Hanzo comprende di aver abbandonato i valori in cui credeva e sceglie di redimersi utilizzando il suo veleno contro sé stesso, permettendo così all'esercito di sigillarlo.

​Ino vede improvvisamente Sakura cadere dal cielo. Al suo risveglio la ragazza sembra però aver perso la memoria e anche le cose che riesce a ricordare risultano alquanto strane. I suoi amici allora s'impegnano per farle ritornare la memoria ma quando accade Sakura capisce di non essere la ragazza che loro credono di conoscere.