La bestia demoniaca chiamata Nue, che si ciba di chakra negativo, viene liberata e l'artefice di tutto è Sumire, figlia di un defunto membro della Radice e sacrificata alla distruzione del Villaggio. Boruto e Mitsuki affrontano la ragazza, intenzionata a portare a termine la sua missione.

Osservando Boruto Mitsuki rivive dei vecchi ricordi e trovandosi ancora più connesso con l'amico gli rivela sapere chi si cela dietro l'attacco dei fantasmi: intanto il letto di Sumire, ferita all'ospedale, è vuoto.

Un uomo mascherato, apparentemente causa degli attacchi del fantasma, fa la sua comparsa ma i ninja non riescono a catturarlo. Il mostro che compare sempre nel fantasma annuncia l'arrivo della Nue grazie al chakra negativo delle persone deboli.

I casi di attacco da parte della misteriosa aura (ribattezzata fantasma) diventano così frequenti da trasformarlo in un serio problema. L'Hokage ed i suoi uomini vicini scoprono avere a che fare con vecchi esperimenti della Radice con le cellule di Hashirama.

Boruto non possiede il Byakugan ma tutti comprendono esserci qualcosa in ballo: nel frattempo la misteriosa ombra, dopo un'ennesimo caso, ha sempre più le sembianze di un mostro.

Toneri appare in sogno a Boruto per rivelargli l'importanza dei suoi occhi e dopo questo evento il ragazzino finalmente riesce a vedere il suo occhio speciale: credendo sia Byakugan decide di mostrarlo ai suoi genitori.

Un ragazzo interessato alla capoclasse di Boruto viene colpito dalla misteriosa aura oscura e dopo questa esperienza tutti comprendono che dopo questi avvenimenti le persone vengono derubate del chakra.

Shino, posseduto dal misterioso chakra, tenta di uccidere i suoi allievi, ma dopo una prima fuga e con mille difficoltà i ragazzini riescono a far rinsavire il loro insegnante. Dopo l'accaduto Shino comunica all'Hokage di quella "possessione" perciò Naruto e Shikamaru si rendono conto della gravità della situazione ed iniziano a fare delle indagini.

Arriva il nuovo studente Mitsuki dal Villaggio del Suono, un ragazzo molto strano, molto forte e misteriosamente interessato a Boruto, inoltre anch'egli in grado di vedere le aure oscure. Questa stessa aura un giorno colpisce Shino, in un momento di depressione ed il giorno dopo attacca Boruto Shikadai e Mitsuki.

Durante una sfida fra studenti Boruto utilizza incautamente la Tecnica dei Richiamo evocando una strana e pericolosissima creatura... fortunatamente Konohamaru la fa sparire prima che provochi danni.

A casua dei suoi problemi con l'ansia Metal Lee si abbatte, finendo posseduto dalla strana aura oscura che già aveva attaccato Denki. Anche questa volta tutto si risolve senza conseguenze e solo Boruto ha notato l'alone scuro intorno alla persona.

Boruto inizia l'Accademia ed a conoscere e farsi conoscere dai suoi compagni, seppur con qualche difficoltà.

Sulle statue degli Hokage distrutte, come l'intero Villaggio, 2 ragazzi ninja si affrontano con le loro armi e le loro abilità: secondo Kawaki il tempo di ninja è finito ma secondo Boruto no, perchè anche lui è un ninja. Dopo questa scena ci viene presentato un modernizzato Villaggio di Konoha, con tutti i figli degli eroi che conosciamo. Il nuovo amico di Boruto Denki viene colpito da una misteriosa aura scura, visibile solo da Boruto e sempre da lui sventata.

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Teoria sulla correlazione dei poteri dello Sharingan ipnotico e la circostanza in cui esso si attiva.