Succedono molte cose strane all'Accademia Ninja di Konoha, così Himawari e i suoi compagni decidono di formare una squadra investigativa per risolvere il caso dei Sette Misteri dell'Accademia.

Il Team 7 tiene una lezione nella classe di Kawaki, ma questo causa ad Hana una sensazione di inadeguatezza e di timore di perdere la cattedra. Riuscirà la nostra Hana a mantenere il posto?

Amado informa via telefono Shikamaru che Eida e suo fratello minore Daemon hanno tradito Code per Konoha. Shikmaru convoca per conto dell'Hokage il Team 7 per una missione speciale, mentre Code usa i suoi nuovi poteri creando un esercito di decacoda in forma umanoide con la coda. 

Kawaki ottiene i poteri di Isshiki e ferma la "resurrezione" di Momoshiki colpendo gravemente il corpo di Boruto, mentre Code si ritira dallo scontro con altri ninja di Konoha. Nel corso della storia Code ed Eida riescono ad entrare a Konoha e rapiscono Amado e lo costringono a disattivare il limitatore di Code che impediva all'ex sottoposto di Isshiki ad usare i pieni poteri.

Kawaki è riuscito a farsi amico della Principessa Kae. Nel corso della puntata la principessa invita i suoi compagni di classe ad una festa a casa sua, ma ad certo punto...

Naruto affida a Kawaki una missione segreta, ossia infiltrarsi all'accademia ninja di Konoha sotto le mentite spoglie di uno studente per proteggere la principessa del Paese del Bamboo nella stessa classe di Himawari.

Kakashi chiede a Boruto di aiutarlo per le faccende quotidiane, fermano una rissa tra venditori anziani e decidono risolvere i loro problemi.

Mitsuki è preoccupato della scomparsa del suo gatto di nome Mikazuki, così con l'aiuto di Boruto, Sarada e Kawaki inziano le ricerche. A fine puntata Mitsuki trova il suo amato gatto, ma...

La Famiglia Uzumaki va in vacanza al Pese delle Terme sfruttando un buono sconto vinto da Himawari alla lotteria. La Famiglia si sta divertendo tantissimo. Giocano a Pig Pong, mangiano e si fanno il bagno. Nel corso della puntata Kawaki e Boruto partecipano ad un evento organizzato dall'albergo per vincere un premio speciale.

A Konohamaru viene affidata la missione di partecipare come attore in un telefilm in fase di produzione con il ruolo di Settimo Hokage al posto di Naruto e tutto sembra andare liscio come l'olio fino a quando....

A Chocho ed Inoijin viene affidata una missione di inseguimento ma diversi equivoci, incidenti e curiose vicende li portano ad aiutare un cuoco che sogna di preparare il ramen perfetto ed infine aiutare Shikadai nella sua missione.

I Pirati del Clan Funato sono stati sconfitti e i ninja di Konoha tornano a casa, ma Boruto è preoccupato per le parole dure di Kawaki sui Pirati Ninja così a fine va riferere quste parole a suo padre

Boruto è deciso più che mani a mettere in repentaglio la propria vita affinché la guerra tra il Paese dell'Acqua e i pirati del Clan Funato cessi immediatamente. Riuscirà il nostro eroe a fermare il vortice della Vendetta nel Paese dell'Acqua e a ristabilire la Pace?

Boruto si scontra con Ikada durante la battaglia tra le forze del Paese dell'Acqua capeggiata dal Mizukage del Viallggio della Nebbia e i pirati ninja del Clan Funato. Alla fine della puntata Ikada dirà a Boruto che smetterà di stare dalla parte dei Funato ad una particolare.

Boruto e i suoi amici e Kjiki si preparano ad fermare la guerra tra il Sesto Mizukage e i Funato, mentre il plotone di Ikada distrugge la prima flotta del Paese dell'Acqua.