Naruto, provocato da Orochimaru e da Kabuto, inizia a far fuoriuscire il chakra della Volpe. Dopo che la prima coda si è completamente formata, Naruto colpisce Orochimaru scaraventandolo nella foresta. Una volta ripreso, Orochimaru riconosce in Yamato la persona su cui aveva effettuato esperimenti tempo prima e nella quale risiede parte del DNA del Primo Hokage. Sempre più infuriato, Naruto sviluppa altre due code.

Dopo che Sai si è accertato che non ci sia nessuno intorno al ponte, Yamato si trasforma in Sasori (sotto forma di Hiruko) e si reca all'incontro. Arrivata la spia, che si rivela essere Kabuto, Yamato inizia una conversazione aspettando il momento giusto per catturarlo. Quando quest'ultimo sta per agire, appare Orochimaru che lo smaschera e Kabuto rivela di non essere più sotto il comando di Sasori, ma che ha sempre seguito di sua volontà Orochimaru. A Yamato non rimane altra scelta che far intervenire Naruto, Sakura e Sai, rimasti nascosti.

Il Team Kakashi esegue una simulazione della cattura della spia (interpretata per l'occasione da Yamato). Sai, pur di catturare il "nemico", non esita a mettere in difficoltà Naruto lasciandolo bloccato da un serpente da lui creato. Il ninja si dedica all'inseguimento ed alla cattura della finta spia. Terminata la prova, Sai spiega a Sakura che, per lui, è più importante preoccuparsi del compimento della missione che dei compagni di squadra. Egli è anche curioso di conoscere il motivo per cui Naruto voglia salvare a tutti i costi Sasuke. Sakura gli spiega che, per Naruto, Sasuke è come un fratello. Sai risponde che suo fratello è morto e che da tempo non è in grado di provare emozioni. Il giorno seguente, il Team Kakashi raggiunge il ponte.

Sakura osserva Sai disegnare e si accorge che possiede un vero talento artistico. Parlando con lui, la ragazza scopre anche che il ninja non ha mai dato un titolo alle sue opere. Naruto e Sakura iniziano a comprendere il motivo per cui Sai possiede un carattere così particolare. La squadra si rimette in cammino. Yamato è molto cauto circa eventuali trappole poste sul percorso e, per questo motivo, decide di lasciare la strada principale ed attraversare la foresta. Accampandosi per la notte, Yamato crea una casa di legno utilizzando l'Arte del legno. All'interno, il team si riunisce per riflettere sulle differenti tattiche da utilizzare durante la cattura della spia.

Naruto, Sakura, Sai e Yamato partono da Konoha per catturare la spia infiltrata da Alba nel covo di Orochimaru. Iniziano i primi litigi fra Naruto, Sakura ed il nuovo compagno: Sai insulta sia Naruto sia Sasuke scatenando l'ira dei componenti della squadra. A quel punto, Yamato decide di far riposare tutti alle terme per aiutarli a migliorare il loro lavoro di squadra, ma la faccenda si rivela più complessa del previsto.

Dopo avere ucciso lo Zetsu Bianco usando il Susanoo del suo Sharingan ipnotico eterno, Sasuke si dirige sul campo di battaglia alla ricerca di Naruto. Nel frattempo, mentre Kakashi e Gai apprendono che Tobi sta usando una grande quantità di chakra per avere il pieno controllo dei cercoteri, Naruto viene contattato dall'Ottacoda, che gli rivela che Tobi sta già gestendo il Pentacoda. Appreso ciò, il Nove Code esprime il suo disprezzo per come è stato trattato dagli esseri umani, ricordando Madara e il clan Uzumaki, da Mito, la moglie del Primo Hokage, a Kushina, madre di Naruto e moglie del Quarto Hokage. Improvvisamente, il Quattrocode inghiotte Naruto, che incontra il cercoterio all'interno del suo stesso corpo. Questi rivela il suo nome, Son Goku, e rivela in vero nome della Volpe a Nove Code, Kurama. Dopo una breve discussione su come sono stati trattati i cercoteri nel corso del tempo, il Quattrocode vede in Naruto un qualcosa di diverso, e vuole sapere dal ragazzo se il suo desiderio di aiutare i cercoteri sarebbe rimasto intatto. Dopodiché, chiede a Naruto di liberarlo dalla catene.

Yamato spiega che la loro missione è di catturare una spia di Orochimaru. Sai spiega a Naruto che ha combattuto contro di lui solo per cercare di capire quanto fosse forte, dopodiché fa irritare sia Naruto sia Sakura insultandoli. Il Team Kakashi incomincia i preparativi per partire. Sai riceve una busta contenente informazioni su una missione segreta affidatagli da Danzo; viene rivelato anche il motto della Radice. Nel frattempo, Sakura racconta a Tsunade del comportamento strano di Sai, ma Danzo interrompe la loro conversazione per chiedere a Tsunade se ha selezionato un ninja degno di essere a capo di Sai. Jiraiya, Tsunade e Kakashi si riuniscono per spiegare a Yamato la situazione in cui, attualmente, si trova Naruto riguardo alla Volpe a Nove Code. Il Team Kakashi esce poco dopo dal villaggio per la nuova missione.

Naruto, Choji e Shikamaru cercano di catturare Sai, ma quest'ultimo riesce a fuggire. Homura Mitokado e Koharu Utatane, preoccupati che il Kyuubi di Naruto possa cadere nelle mani di Alba, contestano l'idea di Tsunade di inviare Naruto in missioni al di fuori del villaggio, intimandole di limitare il suo raggio d'azione. Tsunade rifiuta la proposta e promette che proteggerà Konoha con la sua stessa vita se Naruto venisse catturato a causa sua.

Il Team Kakashi ed il Team Gai ritornano a Konoha. Mentre Kakashi viene portato in ospedale, Sakura racconta a Tsunade quello che Sasori le ha raccontato prima di morire. Quattro giorni sono già trascorsi ed adesso Naruto e Sakura, con sei giorni rimanenti per arrivare al ponte Tenchi, si preparano ad organizzare un nuovo team per andare all'incontro. Naruto si precipita in giro per Konoha con lo scopo di trovare qualcuno adatto ad unirsi nel suo team, così, incontra molti dei suoi vecchi amici e chiede loro di unirsi a lui nella nuova squadra. Proprio nel momento in cui Choji accetta la proposta, Shikamaru, Choji e Naruto vengono attaccati da Sai, desideroso di testare le abilità di Naruto.

Deidara scampato all'esplosione del suo clone, inizia a cercare il braccio e l'anello persi durante il combattimento. Nel frattempo, Zetsu e Tobi arrivano sul luogo in cui è deceduto Sasori per poter recuperare il suo anello. Tobi esprime il desiderio di unirsi ad Alba, anche perché spera di poter prendere il posto di Sasori. Zetsu e Tobi, successivamente, cercano di recuperare anche l'anello di Deidara poiché lo credono morto ma, quando ritrovano l'arto del loro compagno, il ninja riappare. Gaara viene accolto con gioia da tutta la popolazione del Villaggio della Sabbia. Ogni onore viene riservato anche al ritorno della salma di Chiyo. I ninja della Foglia ripartono quindi verso casa. Nel frattempo, Danzo fornisce nuove istruzioni a Sai ordinandogli di unirsi al Team Kakashi per sostituire Sasuke.

Chiyo prova a resuscitare Gaara, ma non possiede chakra a sufficienza per la realizzazione del suo intento. Naruto offre, quindi, a Chiyo il proprio chakra per riportare in vita l'amico. Chiyo, prima di morire, dice di essere fiduciosa in Naruto e nella nuova generazione di ninja e pensa che loro riusciranno a guidare i propri villaggi verso un futuro migliore. Nel momento in cui Gaara si riprende, attorno a lui ci sono tutti i ninja arrivati dal Villaggio della Sabbia. Tutti i presenti, assieme, iniziano a pregare per l'ormai defunta Chiyo.

Naruto urla a Tobi che non avrà mai i due cercoteri mancanti mentre Bee tenta subito l'attacco, ignaro del potere del Rinnegan impiantato negli occhi delle ex-forze portanti. Naruto, che si è accorto della situazione, spiega il potere di questo occhio a Bee, lo stesso che aveva Pain e che ha già affrontato. I due si vedono tuttavia costretti a fuggire e a trovare riparo per pianificare una strategia vincente: Naruto spiega che probabilmente sono presenti dei bastoncini neri sui corpi dei redivivi per il controllo a distanza e esce allo scoperto intenzionato ad afferrarne uno, senza tuttavia avere successo. Bee decide di trasformarsi nell'Ottocode per eliminare la vegetazione circostante, che permette alla squadra di Tobi di avere un certo vantaggio grazie al Rinnegan; al quartier generale, i ninja capiscono la difficile situazione di Naruto e Bee, così Shikaku decide di mandare in loro aiuto le divisioni uno, due, tre e cinque non appena libere. Nel frattempo, sul campo di battaglia, Bee e l'Ottocode provano a sigillare le forze portanti, ma esse passano repentinamente alla "Seconda versione" diventando ancora più forti. Naruto viene furiosamente attaccato dai nemici e non riesce più a muoversi: Tobi ne approfitta e, mentre sta per risucchiarlo nella sua dimensione con il semplice tocco della mano, Kakashi e Gai intervengono per salvarlo.

Mentre Naruto inizia a perdere il controllo sopraffatto dal chakra della volpe, Kakashi, utilizzando un sigillo ricevuto da Jiraiya, ne sopprime il chakra evitando il peggio. Grazie al Byakugan di Neji, il Team Gai trova Deidara che si era nascosto. Incapace di combattere, Deidara mangia un frammento di argilla, concentra tutto il suo chakra e fa esplodere un suo clone creando una enorme esplosione che però viene fermata in tempo da Kakashi, spostandola in un'altra dimensione sempre con il suo nuovo Sharingan. Sakura si accerta successivamente della morte di Gaara; Naruto quindi incolpa Chiyo accusandola di aver causato a Gaara molte sofferenze sigillandogli il demone nel suo corpo. Chiyo, quindi, sceglie di morire per far tornare in vita Gaara utilizzando la sua tecnica.

Il Team Gai, Sakura e Chiyo si muovono velocemente verso Naruto e Kakashi seguendo lo stesso percorso utilizzato precedentemente dai due. Nel frattempo, Kakashi riutilizza il suo Sharingan ipnotico che è in grado di risucchiare in un'altra dimensione Deidara. Tuttavia, riesce solo a staccargli una parte del suo braccio. Kakashi effettua un altro tentativo, però, Deidara riesce a scappare dirigendosi verso degli alberi. Naruto, poco dopo, lo attacca riuscendo a farlo cadere dall'uccello di argilla e continua ad affrontarlo, ma, dopo avere sferrato il colpo finale, scopre di avere combattuto contro una copia. La rabbia di Naruto aumenta ed inizia a liberarsi dal suo corpo il chakra della Volpe.

Sasori, poco prima di morire, rivela a Sakura ed a Chiyo il luogo dove si sarebbe dovuto incontrare con una spia infiltrata presso Orochimaru. Nel frattempo, Naruto e Kakashi inseguono Deidara e sono ormai pronti alla lotta. Lo scontro fra il Team Gai ed i cloni si fa sempre più faticoso. Neji analizza la situazione e stabilisce che, continuando a lottare, le persone reali si stancano mentre i cloni restano immutati. Rock Lee intuisce che i cloni erano una replica esatta dei loro corpi, ma solo nel momento in cui loro avevano rimosso i sigilli. Il loro corpo e le loro esperienze, però, si sono evoluti durante il combattimento e, quindi, i corpi reali ed i cloni, a quel punto, sono diventati differenti. Tutti si impegnano al massimo delle loro forze e ciò permette al team di aggiudicarsi lo scontro.