Grazie al giovane ninja del Villaggio della Roccia Sekki, Boruto ed Onoki riescono ad uscire dalla valle. Intanto la situazione nel villaggio e la questione cuore degli esseri artificiali prende una brutta piega.

Durante la fuga Boruto ed Onoki finiscono in un particolare luogo, creato apposta per temprare lo spirito dei giovani ninja e che solo quando la loro volontà sarù consolidata l'uscita apparirà. Ritenendo i giovani d'oggi, come Boruto, troppo comodi e senza forti motivazioni Onoki ritiene che i 2 moriranno lì dentro.

Tutti quegli esseri artificiali sono stati creati da Onoki per rimpiazzare soldati umani ed evitarne dunque la morte. Tale progetto fu bocciato dalla Tsuchikage ma l'anziano continuò in segreto il suo lavoro.

Il gruppo di ragazzini si infiltra nel Villaggio della Roccia per chiedere aiuto all'ex Tsuchikage ma Onoki è in combutta con Kuu.

Ancora privo di conoscenza Boruto sogna una giornata al suo villaggio insieme a Mitsuki, ma Garaga lo riporta alla realtà perciò quando il ragazzino si risveglia è ancora più deciso ad andare dal suo amico.

Mentre la Tsuchikage viene intrappolata da Kuu, Mitsuki fa amicizia con Sekiei.

Finalmente Boruto e Sarada raggiungono Mitsuki ma le cose non vanno come sperato.

Viene scoperto che i rapitori di Mitsuki sono degli esseri artificiali del Villaggio della Roccia e che l'hanno preso per studiare la sua struttura e poter allungare la loro limitata vita.

Scoperti i reciproci sentimenti Boruto e Garaga stringono un patto e tornato dall'Eremita Serpebianca il ninja ottiene ciò che desiderava.

Ai giovani ninja viene affidato il compito di prendere la scaglia della rabbia a Garaga, un grosso e pericoloso serpente, che li mette in grandissima difficoltà.

Nella Caverna dei Draghi i 5 ragazzini vengono sottoposti a varie prove ma riescono a superarle ed arrivare al cospetto dell'Eremita Serpebianca, però non è finita lì.

Boruto e Sarada vengono catturati dal Team 10 ma in un momento in cui Moegi si allontana Boruto espone a Shikadai le informazioni in suo possesso così i 3 ragazzini decidono di unirsi al Team 7 per recuperare Mitsuki.

Giunti al covo di Orochimaru Boruto e Sarada scoprono l'incredibile verità sulle origini di Mitsuki. Intanto sulle loro tracce viene messo il Team 10.

In concomitanza ad un aggressione fuori dal villaggio ed un coprifronte del Villaggio della Foglia Mitsuki sparisce. Tutto fa sembrare che il ragazzino abbia disertato ma Boruto e Mitsuki decidono di approfondire la questione.