Araumi Funato e il Sesto Mizukage  si dichiarano guerra a vicenda di fronte ai loro rispettivi messaggeri nei loro rispettivi uffici.

Ikada decide di tornare dai Funato dopo aver scoperto la verità sulla tragica morte di sua sorella. Nel corso della puntata Ikada dice a suo padre che non è tagliato per la battaglia e questo preoccupa molto ad Araumi Funato.

Funamushi Funato è stato sconfitto, ma i pirati del Clan Funato hanno preso in ostaggio Iwabe e Denki. Nel corso della puntata Boruto inizia a provare sentimenti di odio verso questo mondo e inzia a pensare tra sé e sé se il suo modo di essere ninja sia giusto oppure no, dopo le morti di Kagura e Hebiichigo.

Denki e Iwabe proteggono i bambini di un villaggio dai Pirati del Clan Funato, ma l'azione sarà del tutto inutile perché Fumamushi Funato e il suo battaglione riesce a catturarli. Nel corso della puntata Funamushi brama ancora del desiderio di uccidere gli altri ninja di Konoha e criminali di Kiri, dopo aver ucciso Kagura.

Il leader dei Funato viene informato dal suo primo genito Isari che suo figlio adottivo Tenma è stato ucciso in battaglia, mentre Funamushi continua a combattere.

Funamushi Funato continua a scontrarsi da solo contro tutti i ninja di Konoha fino a quando non riesce a ferire gravemente Kagura.

Kwaki usa i poteri da Otsutsuki per sopprimere il chakra col fine di scappare e salvare Konoha da Code, ma Boruto l'ha capito e lo vuole fermare e riportarlo a Konoha. Code si scontra prima con Boruto e poi con Kawaki che ottiene sia il Karma sia i poteri di Isshiki e riesce a mettere alle strette Code, mentre Boruto parla con Momoshiki.

Gli uomini di Funamushi Funato si avvicinano nei pressi del villaggio protetto dai ninja di Konoha e alleati. Nel corso delle puntata Boruto e i suoi amici riescono a rallentare l'avanzata di Funamushi fino quando quest'ultimo usa una tecnica potente e li mette alle strette.

I ninja di Konoha e Kagura devono difendere un villaggio dall'attacco dei Pirati Ninja del Clan Funato, ma non hanno abbastanza ninja forti per fermare gli avversari. Nel corso della puntata Kagura rimuoverà i limitatori di chakra ai prigionieri/collaboratori.

I ninja di Konoha e Kagura riescono decifrare un messaggio in codice di Funamushi Funato che rivela un piano diabolico: attaccare il Villaggio della Nebbia. Nel corso della puntata Kagura spiega ai suoi amici un piano per fermare i pirati ninja.

I pirati ninja del Clan Funato vanno a distruggere l'Isola dei Carpentieri Navali. Funamushi, uno scagnozzo del Clan Funato attacca Kagura, mentre Seiren attacca Boruto con attacchi micidiali.

Ikada e Boruto incontrano Seiren Funato, la figlia del Capo del Clan Pirate Ninja dei Funato e nel corso della puntata si scopre che Ikada è il fratello minore di Seiren.

Delta è il clone di Akebi Sanzu oltre a essere una kunoichi cyborg che ha il compito di Proteggere Konoha , mentre in passato era un membro interno dell'Organizzazione Kara guidata da Isshiki.

Ikada rivela a Boruto il suo sogno di diventare un ottimo carpentiere navale, dopo aver abbandonato la sua famiglia.

Kajiki e il suo apprendista Ikada aiutano i ninja di Konoha a riparare la barca in attesa dei rinforzi di latri carpentieri navali, mentre i Pirati Ninja di Funato si scontrano con l'esercito del Paese dell'Acqua.