Anche Tobi e Deidara stanno cercando la Bestia a Tre Code che, una volta emersa dal fondo del lago, si scatena e respinge le tecniche di cristallo di Guren senza difficoltà. Entrambi i team della Foglia giungono in prossimità del lago dove vengono trattenuti dai compagni di Guren e solo Naruto prosegue verso il centro del lago. Nel frattempo, il Trecode continua a scatenarsi. Yukimaru rischia di morire, ma viene salvato da Guren.

Il Team 7 penetra nella prigione e riesce a salvare Hinata da Guren. Quest'ultima fugge con i suoi compagni e torna da Yukimaru. Al nascondiglio, arriva anche Kabuto per prelevare il ragazzino e tornare al lago dove erano andati in precedenza. Così, si recano nuovamente nel mezzo del lago e Kabuto fa prendere di nuovo la medicina al ragazzo e, al fuoriuscire del suo chakra, la creatura comincia a riemergere e Kabuto li informa che si tratta di un cercoterio, ovvero la Tartaruga a Tre Code.

Al Villaggio della Foglia, viene analizzato l'insetto inviato da Kakashi e Tsunade vuole tenere d'occhio Guren per trovare Sasuke. Naruto incontra nuovamente Yukimaru. Successivamente il Team 7 si appresta a raggiungere il Team 8 che viene, però, intrappolato da Guren in un'enorme gabbia di cristallo. Quest'ultima li affronta con diverse copie riuscendo ad intrappolare Hinata. Nel frattempo, Naruto riesce a sfondare la parete di cristallo tramite una tecnica combinata con Gamatatsu.

Naruto viene costretto da Sakura a terminare l'allenamento per partire per la missione. Gli uomini di Guren localizzano ed attaccano il team di Kakashi. Grazie all'intervento di Shino, viene evitato il peggio. Guren riconosce Kakashi da lontano. Yukimaru, nel frattempo, pensa a sua madre.

Naruto e Gamatatsu continuano il loro particolare addestramento mostrando qualche progresso. Intanto, Guren ed i suoi uomini localizzano il team di Kakashi (senza Shino che si sta prendendo cura degli insetti sopravvissuti) e si preparano ad affrontarlo. Naruto incontra Sai e quest'ultimo tenta inutilmente di nascondere la missione, ma Naruto scopre tutto e, così, Tsunade gli dà il permesso di partecipare a patto che non usi nuovamente il Rasenshuriken. Naruto riprende subito gli allenamenti per imparare una tecnica in breve tempo.

Con Kabuto imprigionato all'interno della tecnica Izanami, Itachi racconta al fratello la storia di tale tecnica, rivelando che essa fu creata per contrastare e punire i membri dello stesso clan Uchiha che usavano un'altra tecnica, l'Izanagi, in modo da far accettare ad essi il proprio destino e fargli capire i loro errori. Sasuke, adirato, chiede ad Itachi il perché ha voluto lasciare a Kabuto una via di fuga, e quest'ultimo dice che lo ha fatto per dare anche ad egli un'opportunità. Nel frattempo, da qualche parte in una foresta, Urushi dice al suo compagno che spera di tornare a casa a fine guerra insieme a suo fratello, cioè Kabuto, sempre che questi torni. Alla caverna, Itachi si prepara a metter fine alla tecnica di resurrezione impura.

Kabuto affida Yukimaru a Guren. Naruto prova ad insegnare a Gamakichi e Gamatatsu le tecniche d'acqua mentre Kiba scopre che il nemico fa uso di pipistrelli e Shino trova un insetto sopravvissuto agli attacchi di Guren. Tsunade decide di mandare Yamato, Sai e Sakura come supporto a Kakashi senza dire niente a Naruto. Yukimaru si ammala e, così, lui e Guren sono costretti a passare la notte in un capanno. Al mattino, Guren trova Yukimaru che suona uno strumento che gli ha lasciato la madre. Dopo avergli donato una camelia cristallizzata che non appassirà mai, i due ripartono.

Naruto inizia un bizzarro allenamento con i due rospi e Jiraiya se ne va per raccogliere ulteriori informazioni su Alba e raccomanda a quest'ultimi di prendersi cura del ragazzo. Intanto, Rinji, uno degli scagnozzi di Guren, scopre, grazie alle informazioni riportate da un pipistrello, che il Team 8 li sta pedinando. Naruto ritorna al villaggio per proseguire l'allenamento, ma sembra che né Gamakichi né Gamatatsu siano in grado di utilizzare tecniche d'acqua.

Kabuto porta Yukimaru su una barca in mezzo ad un lago, gli fa indossare uno strano casco e gli chiede di ingerire una pillola. Questo provoca la fuoriuscita di un'enorme quantità di chakra dal ragazzo e, stimolata dall'evento, appare sul fondo del lago una gigantesca creatura. Nel frattempo, Kakashi invia al villaggio Pakkun con un frammento del cristallo utilizzato da Guren. Naruto continua l'allenamento con Gamariki per fondere vento ed acqua, ma i due non sembrano in sintonia ed il ragazzo decide di evocare Gamakichi e Gamatatsu. Guren si reca da Orochimaru, ma questi se ne va con Sasuke. La donna ricorda quando era considerata un potenziale contenitore del Ninja Leggendario. Sasuke supera tranquillamente la prova di Orochimaru, il quale informa Guren che, se compirà una missione, potrà cambiare idea sul suo prossimo corpo. Kabuto porta Yukimaru alle terme e quest'ultimo parla con Naruto.

Kabuto parte con Yukimaru, ragazzo su cui Orochimaru ha grandi progetti, con lo scopo di "tirare fuori" ciò che tiene dentro di sé. Il Team 8 raggiunge il nascondiglio, ma trova solo cavie sconfitte (i superstiti se ne sono andati precedentemente insieme a Guren) e la struttura crolla. Il gruppo si salva e Shino localizza i fuggitivi. Alcuni di essi, nel frattempo, tentano di ribellarsi, ma vengono uccisi tutti quanti da Guren. Coloro che non avevano combattuto giurano fedeltà alla donna. Naruto, nel frattempo, inizia uno speciale allenamento alle terme con Gamariki, un rospo evocato da Jiraiya, per imparare le tecniche combinate. Quella sera, Orochimaru dice a Sasuke che vuole testare i suoi miglioramenti.

Kabuto porta Guren al rifugio e quest'ultima si diverte a far combattere le cavie umane di Orochimaru fra loro. Intanto, giunge, al Villaggio della Foglia, un messaggio di un ANBU che, poco prima di morire, ha scoperto la possibile posizione di un nascondiglio del Ninja Leggendario. Tsunade incarica il Team 8 (con Kakashi al comando) di investigare la zona. Nel frattempo, Naruto viene convinto da Jiraiya ad andare alle terme per rimettersi in sesto e ricominciare ad allenarsi.

Kabuto rivela di aver assimilato ben più che il solo DNA di Orochimaru, dimostrando come egli può usare facilmente le tecniche del Quintetto del Suono. In un primo momento, Sasuke e Itachi contrastano con facilità le tecniche di Kabuto, tuttavia rimangono intrappolati in una tecnica illusoria di Tayuya; Kabuto cerca di uccidere i due fratelli, che però evitano all'ultimo il suo attacco. Ciò nonostante il ninja effettua un attacco a sorpresa che biseca Itachi. Quest'ultimo chiama il fratello mentre getta una spada a Kabuto, cercando di bloccare e contrastare il saggio serpente. Kabuto cerca così di attaccare Itachi con la spada ricevuta, ma realizza di essere intrappolato in una tecnica illusoria notando un deja vù nelle azioni di Sasuke e Itachi.

Kakuzu è ancora vivo, ma incapace di muoversi, così, Kakashi ne approfitta e lo finisce con il Mille Falchi. Una volta tornati al villaggio, Naruto viene curato da Sakura (essendosi rotto il braccio nell'eseguire il Rasenshuriken) e Tsunade, dopo avere esaminato il cadavere di Kakuzu, ordina a Kakashi ed a Yamato di impedire a Naruto di eseguire nuovamente la sua nuova tecnica. Shikamaru trova Kurenai alla tomba di Asuma e le promette di prendersi cura del bambino che sta aspettando. Una volta a casa, Shikamaru dice a suo padre di avere finalmente capito chi è il Re: è la nuova generazione. Sasuke, nel frattempo, si sta allenando in uno dei rifugi di Orochimaru. Quest'ultimo ordina a Kabuto di portargli Guren, una shinobi che utilizza l'Arte del Cristallo.

Naruto attacca Kakuzu con il Rasen-Shuriken, ma fallisce. Intanto, Shikamaru seppellisce vivo Hidan nonostante le minacce di quest'ultimo e lascia sorpresi Sai e Sakura al loro arrivo. Naruto decide di riprovarci (dicendo che non crescerà mai finché non ci riuscirà) e questa volta riesce a colpire in pieno Kakuzu con la sua nuova tecnica. Kakashi commenta di non essere riuscito a contare il numero di colpi ricevuti dal membro dell'Organizzazione Alba che cade a terra sconfitto.

Una volta arrivati, Kakashi illustra a Yamato la situazione e quest'ultimo invia Sakura e Sai in aiuto di Shikamaru mentre Naruto affronta Kakuzu. Shikamaru, dopo avere finto di essere esausto ed avere annullato la tecnica, intrappola Hidan con le carte esplosive e, dopo essersi ricordato di Asuma un'ultima volta, lo fa esplodere e cadere in una fossa scavata in precedenza. Intanto, Naruto mostra la sua nuova tecnica: il Rasenshuriken della quale Kakuzu sembra molto spaventato.