Funamushi Funato è stato sconfitto, ma i pirati del Clan Funato hanno preso in ostaggio Iwabe e Denki. Nel corso della puntata Boruto inizia a provare sentimenti di odio verso questo mondo e inzia a pensare tra sé e sé se il suo modo di essere ninja sia giusto oppure no, dopo le morti di Kagura e Hebiichigo.

Denki e Iwabe proteggono i bambini di un villaggio dai Pirati del Clan Funato, ma l'azione sarà del tutto inutile perché Fumamushi Funato e il suo battaglione riesce a catturarli. Nel corso della puntata Funamushi brama ancora del desiderio di uccidere gli altri ninja di Konoha e criminali di Kiri, dopo aver ucciso Kagura.

Il leader dei Funato viene informato dal suo primo genito Isari che suo figlio adottivo Tenma è stato ucciso in battaglia, mentre Funamushi continua a combattere.

Funamushi Funato continua a scontrarsi da solo contro tutti i ninja di Konoha fino a quando non riesce a ferire gravemente Kagura.

Kwaki usa i poteri da Otsutsuki per sopprimere il chakra col fine di scappare e salvare Konoha da Code, ma Boruto l'ha capito e lo vuole fermare e riportarlo a Konoha. Code si scontra prima con Boruto e poi con Kawaki che ottiene sia il Karma sia i poteri di Isshiki e riesce a mettere alle strette Code, mentre Boruto parla con Momoshiki.

Gli uomini di Funamushi Funato si avvicinano nei pressi del villaggio protetto dai ninja di Konoha e alleati. Nel corso delle puntata Boruto e i suoi amici riescono a rallentare l'avanzata di Funamushi fino quando quest'ultimo usa una tecnica potente e li mette alle strette.

I ninja di Konoha e Kagura devono difendere un villaggio dall'attacco dei Pirati Ninja del Clan Funato, ma non hanno abbastanza ninja forti per fermare gli avversari. Nel corso della puntata Kagura rimuoverà i limitatori di chakra ai prigionieri/collaboratori.

I ninja di Konoha e Kagura riescono decifrare un messaggio in codice di Funamushi Funato che rivela un piano diabolico: attaccare il Villaggio della Nebbia. Nel corso della puntata Kagura spiega ai suoi amici un piano per fermare i pirati ninja.

I pirati ninja del Clan Funato vanno a distruggere l'Isola dei Carpentieri Navali. Funamushi, uno scagnozzo del Clan Funato attacca Kagura, mentre Seiren attacca Boruto con attacchi micidiali.

Ikada e Boruto incontrano Seiren Funato, la figlia del Capo del Clan Pirate Ninja dei Funato e nel corso della puntata si scopre che Ikada è il fratello minore di Seiren.

Delta è il clone di Akebi Sanzu oltre a essere una kunoichi cyborg che ha il compito di Proteggere Konoha , mentre in passato era un membro interno dell'Organizzazione Kara guidata da Isshiki.

Ikada rivela a Boruto il suo sogno di diventare un ottimo carpentiere navale, dopo aver abbandonato la sua famiglia.

Kajiki e il suo apprendista Ikada aiutano i ninja di Konoha a riparare la barca in attesa dei rinforzi di latri carpentieri navali, mentre i Pirati Ninja di Funato si scontrano con l'esercito del Paese dell'Acqua.

C'è stato un omicidio a bordo della fortezza mobile e Kyoho è il primo sospettato, ma non ci sono prove così Kagura affida a Boruto e Iwabe di tenere sotto controllo Kyoho, mentre indaga.

Boruto tenta di evitare un matrimonio combinato, mentre la Famiglia Uchiha cerca di godersi le vacanze in montagna.