Kakashi spiega a Naruto che il Rasengan è una tecnica incompleta, infatti, il suo maestro (il Quarto Hokage) aveva creato la tecnica con lo scopo di fonderla con il chakra elementale e confessa al ragazzo che lo reputa l'unico in grado di sorpassare l'Hokage. Naruto, incoraggiato da tali parole, inizia la terza ed ultima fase dell'addestramento. Intanto, Hidan e Kazuzu arrivano al punto di scambio dove riscuotono il denaro della taglia di Chiriku.

Le venti squadre continuano la ricerca ed il team composto da Asuma, Shikamaru, Izumo e Kotetsu giunge al tempio del Fuoco dove trovano i cadaveri dei monaci, eccetto quello di Chiriku. Saputo che su quest'ultimo pende una taglia, Shikamaru intuisce che lo stanno portando ad una stazione di scambio e, così, avvertono le altre 19 squadre di recarsi nelle cinque stazioni del Paese mentre un vecchio monaco avverte Asuma del pericolo dato che anche lui ha una taglia, superiore di 5 milioni di ryo a quella di Chiriku. Intanto, Kakashi, dopo avere portato Naruto a rifocillarsi da Ichiraku, mostra al ragazzo una cosa interessante: il Jonin esegue un Rasengan.

Hidan e Kakuzu portano con sé il cadavere di Chiriku per riscattare la taglia. Tsunade invia venti squadre alla loro ricerca per fermarli e Naruto continua ad allenarsi nel tagliare una cascata usando un gran numero di copie giorno e notte, sotto la sorveglianza di Kakashi e Yamato. Una notte, Sakura, seduta sul proprio letto a guardare una vecchia foto del Team 7, pensa a Sasuke, a Naruto ed alle parole di Yamato versando, infine, una lacrima. Il giorno seguente, Naruto riesce, finalmente, a tagliare la cascata completando, così, la seconda fase dell'addestramento.

Appena concluso lo scontro, arriva Zetsu a prelevare il corpo di Nii Yugito. Hidan e Kakuzu si dirigono verso il Paese del Fuoco in cerca di un'altra forza portante. Giungono al tempio del Fuoco dove vengono affrontati da Chiriku che, però, ha la peggio. Kakuzu decide di vendere il cadavere per intascare la sua taglia di 30 milioni di ryo. Nel frattempo, Naruto riprende l'allenamento con Kakashi e Yamato e, dopo avere nuovamente tagliato le foglie con le copie, passa alla seconda fase: tagliare una cascata creata da Yamato.

Mentre il villaggio si sta riprendendo dall'invasione, giunge un rapporto da Jiraiya e Kakashi (partiti per spiare un eventuale spostamento di Alba ai confini del Paese) nel quale viene affermato che due ninja stanno sconfiggendo i Paesi confinanti: si tratta proprio di Hidan e Kakuzu. Questi, nel frattempo, riescono a sconfiggere Nii Yugito, trasformata in Demone Gatto, e Kakuzu, alla fine dello scontro, afferma che il loro prossimo obiettivo sarà il Paese del Fuoco.

Nonostante sia gravemente ferito, Naruto cerca in tutti i modi di far tornare Sora normale. Nel frattempo, Asuma riesce a sconfiggere Kazuma con l'aiuto di Sai, scappato dall'ospedale. Alla fine, Sora riprende conoscenza ed il chakra della Volpe si separa dal suo corpo. Il giorno dopo, mentre il villaggio viene ricostruito, Sora parte dicendo di voler visitare il mondo anziché tornare al tempio del Fuoco. Intanto, in un altro posto, una ragazza (Nii Yugito, la forza portante del Gatto a Due Code) viene inseguita da due nuovi membri di Alba: Hidan e Kakuzu.

Sasuke e Itachi cominciano a combattere con Kabuto; i due fratelli ricorrono subito al Susano'o, mentre l'ex sottoposto di Orochimaru dimostra loro di aver ottenuto tutte le facoltà speciali del team Falco (la trasformazione in acqua di Suigetsu, il fattore rigenerante di Karin e il controllo dell'energia naturale di Jugo) nonché di essersi allenato col Grande Saggio dei Serpenti alla grotta Ryuchi, ed essere diventato un drago. Nel frattempo, sul campo di battaglia, Madara fa attivare alle sue copie il Susano'o, ma i cinque Kage non si perdono d'animo e attaccano le creature. Infine i fratelli Uchiha, utilizzando la stessa tattica che sfruttarono in una missione prima del massacro del clan, riescono a tagliare uno dei corni di Kabuto.

Mentre Asuma combatte contro Kazuma, gli altri tentano di fermare Sora che, ormai, ha perso il controllo ed ha prodotto la quarta coda della Volpe. Naruto continua a chiamare Sora, convinto che questi sia ancora cosciente, ma, appena lo tocca, inizia a trasformarsi anche lui in Volpe. Kazuma spiega che, finché i due saranno vicini, il potere della Volpe continuerà ad aumentare fino a distruggere il villaggio. Naruto, invece, riesce a bloccare la trasformazione con la sua forza di volontà ed incita Sora a fare altrettanto.

Il sigillo di Sora è stato tolto e, così, comincia a fuoriuscire il chakra della Volpe. Naruto ed Asuma li raggiungono, ma, ormai, Sora ha perso il controllo ed appare la prima coda. Asuma riconosce Furido: egli non è altri che Kazuma, il padre di Sora, che credeva di aver ucciso. Arrivano anche il team di Asuma, Rock Lee e Kiba, ma non sono in grado di contrastare il ragazzo, ormai apparentemente inarrestabile per il formarsi di altre due code che sembra intenzionato a distruggere il villaggio.

Furido svela a Sora il suo segreto, ovvero che quando la Volpe a Nove Code attaccò il villaggio, egli riuscì ad impadronirsi di una parte del chakra rilasciato dal demone e lo sigillò dentro Sora diventando quasi una forza portante. Intanto, Asuma riesce a liberarsi ed a fermare Kitane in tempo, così, le tecniche di resurrezione vengono annullate. Nel frattempo, Naruto sconfigge Fuka. Furido scioglie il sigillo di Sora, cosicché quest'ultimo distrugga il villaggio.

Sora si oppone al piano di Furido, il quale, però, lo mette facilmente al tappeto. Intanto, Naruto è in difficoltà contro Fuka mentre Kitane intrappola Asuma e fugge. Sakura è alle prese con l'illusione di Fuen, ma riesce a liberarsi e ad uccidere quest'ultima, di conseguenza, la barriera eretta intorno al villaggio scompare. Anche Yamato uccide, senza difficoltà, Fudou e, di conseguenza, anche gli zombie iniziano a scomparire.

Si scopre che gli zombie sono tutti ninja vittime dei predoni, resuscitate per combattere contro Konoha. Asuma arriva alla centrale elettrica dove i predoni riportano in vita i cadaveri dei quattro ex-guardiani ninja e scopre, così, che il piano dei predoni è quello di utilizzare una potente tecnica del fulmine in combinazione con i quattro ninja per poter radere al suolo Konoha. Quindi, Asuma inizia a combattere contro Kitane, uno di loro. Intanto, Naruto, Sakura e Yamato si trovano a combattere rispettivamente con Fuka, Fuen e Fudou mentre gli altri sono alle prese con gli zombie. Nel frattempo, Shikamaru è nell'ufficio dell'Hokage a pensare ad una strategia per sconfiggere i nemici.

Tsunade rilascia il Byakugou e si lancia all'attacco di Madara sostenuta dagli altri Kage, anche se insieme non riescono ad annientare l'Uchiha. Nel frattempo, Choza rivela a Dan che Madara è tornato in vita con l'Edo Tensei, e che i cinque Kage sono impegnati nello scontro. Inoltre, Choza dice a Dan che Tsunade è divenuta Hokage del Villaggio della Foglia, sbalordendo il ninja rianimato. Al campo di battaglia, Tsunade colpisce Madara, e Gaara coglie l'occasione per sigillare il ninja. Quando tutto sembra finito, Madara usa l'Arte del Legno per trafiggere Tsunade, colta di sorpresa. Intanto, Dan continua a parlare con Choza, preoccupato per la sua Tsunade. Altrove, Itachi cerca di fermare Sasuke per continuare da solo la ricerca di Kabuto. Il ninja raggiunge il luogo cui si nasconde quest'ultimo, ma viene raggiunto anche dal fratello. I fratelli Uchiha e Kabuto si preparano allo scontro.

Mentre Naruto insegue Sora, il villaggio viene attaccato dai quattro predoni che riescono a penetrare all'interno senza alcuna difficoltà. Successivamente, creano un'enorme barriera distruggendo buona parte di Konoha e compaiono degli individui simili a ninja zombie. Preoccupato dallo svolgersi degli eventi, Asuma raggiunge Naruto e Sora mettendolo di fronte al fatto di essere stato usato dai quattro predoni. Sora, sconvolto da questa rivelazione, fugge di nuovo. Asuma intima a Naruto di inseguire Sora mentre egli si prepara a contrastare gli aggressori di Konoha.

Gli ANBU riescono a catturare Danzo per interrogarlo: egli doveva incontrare un ninja infiltrato nel Villaggio della Pioggia che, in realtà, stava raccogliendo informazioni su Danzo stesso per i due consiglieri. Questi propone a Tsunade di eliminare Sora in quanto potenziale pericolo per il villaggio mentre egli viene sorpreso a spiare e coglie l'occasione per chiedere ad Asuma se ha ucciso suo padre. Alla risposta affermativa del Jonin, Sora si scatena mostrando un'incredibile forza e viene fermato da Naruto che viene colpito per proteggere Sora e sviene. In ospedale, Naruto sogna ancora Sora che scatena il potere del Demone Volpe al tempio del Fuoco. Intanto, Furido racconta a Sora la storia di suo padre che voleva un Paese governato dal Signore Feudale e, quindi, era contro l'Hokage. Sora gli crede e tenta di assassinare Tsunade, ma viene fermato da Naruto.