Boruto, Kawaki e Buntan si infiltrano nella fortezza del Clan Funato, mentre Sarada e Mitsuki riescono a trovare Denki e la sua squadra e organizzano un piano per salvare le persone catturate dai pirati.

Il Team 7 guidato da Sarada e Kagura che tiene sotto scorta alcuni "Nuovi Sette Spadaccini della Nebbia" vanno verso l'Isola di Dotojima per aiutare il Team 5 capitanato da Denki dai Pirati Ninja sotto il comando di Araumi Funato.

Boruto e Kagura cercano di fermare gli assalitori che intendono liberare il capitano di una ciurma di pirati ninja.

Il Daikokuten era l'unica abilità innata oculare che apparetevena in passato all'ex partner di Kaguya Otsutsuki e ex leader de facto dei Kara, Isshiki Otsutsuki. Attualmente quest'occhio è posseduto da Kawaki.

Il Jougan è un'abilità innata oculare che era conosciuto in origine solamente ai membri del Clan alieno degli Otsutsuki. Attualmente l'unico personaggio che possiede questa abilità innata è Boruto Uzumaki .

Il Team 7 composto da Sarada, Boruto, Mitsuki e Kawaki ha il compito di scortare Katasukead una cerimonia che si svolge nel Paese dell'Acqua e Boruto avrà così l'occasione per andare a trovare il nipote di Yagura l'ex forza portante di Isobu e Quarto Mizukage della Nebbia: Kagura Karatachi.

Il Team 5 capitanato da Denki ha il compito di trasportare dei robot su un'isola del Paese dell'Acqua per scopi minerari, purtroppo Denki non ha molta forza per trasportare gli imballaggi e finisce per per essere ridicolizzato da tutti. Riuscirà il nostro Denki a farsi accettare da tutti sia come ninja sia come capitano della squadra 5?

Il Team 15 composto da Tsubaki, Namida e Wasabi indagano sulla scena del furto ad opera di alcuni ladri ai danni di un gruppo di mercanti. Nel corso della puntata Wasabi trova una traccia ancora fresca dei presunti e la porta a una terribile conclusione: uno dei ladri era il suo vecchio compagno di corso per samurai anche lui un samurai come lei proveniente dal Paese del Ferro.

Shikdai capisce che la missione era in realtà non era di livello D ma di livello S quindi ordina ai suoi sottoposti di rientrare a Konoha per fare rapporto, ma Kawaki non ci sta e disobbedisce agli ordini di Shikadai e aiuta Mozuku a tornare a casa con il rotolo.

Kawaki inzia a credere che il rango di genin non sia adatto per lui. Il Settimo Hokage affida al Team 10 e a suo figlio adottivo Kawaki la missione di scortare Mozuku del Paese del Mollusco fino a casa sua, mentre il Team 7 è impegnato in un'altra missione e si scontra contra dei ninja sconosciuti.

Kawaki è tormentato di perdere la sua nuova famiglia e i suoi amici di Konoha per mano di Code e quindi usa la tecnica del sopprimento del chakra tipica del Clan Otsutsuki e dei ninja sensitivi per fuggire da Konoha con il fine di convincere Code a risparmiare Konoha, ma Boruto fugge da Konoha per fermare il fratello.

Naruto decide di far di diventare un ninja suo figlio adottivo Kawaki e per questo motivo che anziché iscriverlo all'Accademia Ninja gli assegna una missione di rango D, tuttavia Kawaki sembra non essere molto collaborativo con i suoi compagni di missione.

Il Team 7 capitanate questa volta da Sarada che è diventata chunin venne assegnata una missione che ha lo scopo di aiutare Mirai a salvare Konohmaru che stato catturato da un nemico sconosciuto.

Denki della Squadra 15 usa la tecnologia ninja contro la Samurai della Squadra di Izuno.

Kakashi viaggia per un paese che si ritiene il vecchio luogo di nascita di Hagoromo, lì trova una città semi deserta e il sovrano ridotto in miseria con sua figlia. Il ninja copiatore ed Hokage emerito decide di addestrarla assieme ad un orfano, mentre delle misteriose operazioni militari attaccano il Pease del Fuco.