Mentre i 5 Kage discutono su gravi minacce future in Sarada cresce il desiderio di diventare Hokage... idea totalmente opposta a quella di Boruto.

Tutti insieme i ninja sconfiggono Shin e una volta rientrati Sarada scopre che Sakura ha partorito fuori dal Villaggio aiutata da Karin e che quel cordone ombelicale al covo era proprio di Sakura, a conferma di essere la sua vera madre.

Essendo Shin una cavia di Orochimaru, i ninja si recano da quest'ultimo per riuscire a scovare il nemico. Lì Sarada scopre che Karin è sua madre.

Durante i problemi familiari fra padre e figlia l'uomo misterioso, di nome Shin, attacca di nuovo con tanti bambini uguali al seguito. Alla battaglia si unisce Sakura ma alla fine viene rapita dal nemico.

Dei misteriosi aggressori dotati di Sharingan prendono di mira Sarada, che è in viaggio con Naruto per incontrare Sasuke.

Sarada sente molto la mancanza di suo padre e siccome non le vede mai inizia ad avere dei dubbi.

Boruto ricorda la nomina di suo padre ad Hokage, quando Himawari si arrabbiò e risvegliò involontarimante il Byakugan.

Sarada si trova alle prese con il pupazzo smarrito di una bambina.

E' tempo di esami all'Accademia: essendo Iwabe bravo nei ninjutsu ma carente nella teoria mentre Denki bravo nello studio ma impacciato nella pratica, i 2 collaborano e si impegnano a fondo per colmare le proprie lacune. Il giorno dell'esame vi è un incendio ed i 2 lo spengono saltando la prova ma le loro gesta vengono ricompensate.

Mentre le vite di Boruto e compagni tornano alla normalità in una lontana dimensione qualcuno, collegato a Kaguya Otsutsuki, si prepara a venire sulla Terra.

Boruto fa breccia nel buon cuore di Sumire, ricordandole i suoi bei momenti all'Accademia e mostrandole il legame affettivo fra lei e la Nue. Quest'ultima si sacrifica per far uscire illesi Sumire Boruto e Mitsuki dalla dimensione parallela e tutto si risolve per il meglio.

La bestia demoniaca chiamata Nue, che si ciba di chakra negativo, viene liberata e l'artefice di tutto è Sumire, figlia di un defunto membro della Radice e sacrificata alla distruzione del Villaggio. Boruto e Mitsuki affrontano la ragazza, intenzionata a portare a termine la sua missione.

Osservando Boruto Mitsuki rivive dei vecchi ricordi e trovandosi ancora più connesso con l'amico gli rivela sapere chi si cela dietro l'attacco dei fantasmi: intanto il letto di Sumire, ferita all'ospedale, è vuoto.

Un uomo mascherato, apparentemente causa degli attacchi del fantasma, fa la sua comparsa ma i ninja non riescono a catturarlo. Il mostro che compare sempre nel fantasma annuncia l'arrivo della Nue grazie al chakra negativo delle persone deboli.

I casi di attacco da parte della misteriosa aura (ribattezzata fantasma) diventano così frequenti da trasformarlo in un serio problema. L'Hokage ed i suoi uomini vicini scoprono avere a che fare con vecchi esperimenti della Radice con le cellule di Hashirama.