Nel prologo, sfalsato a livello temporale rispetto all'inizio reale della serie, compare Sasuke nel covo di Orochimaru. All'inizio reale della puntata, Naruto e Jiraiya ritornano a Konoha e vengono ripresentati alcuni personaggi come Sakura, Konohamaru, Shikamaru, Temari e Kakashi.

L'episodio andato in onda oggi in Giappone.

Da venerdì 5 luglio la messa in onda su Italia 1 di Naruto Shippuden riparte dal primo episodio. L'orario rimane quello solito dalle ore 15:00.

Nei pressi del campo di battaglia, in una foresta, la quinta divisione guidata da Mifune si scontra contro Kimimaro e la vecchia Chiyo, entrambi rianimati da Kabuto per affrontare l'Alleanza Shinobi. Kimimaro si libera rapidamente di molte unità della divisione, tanto che Mifune ordina ai suoi di tenersi alla larga da una tale avversario pericoloso. Nel frattempo Chiyo si batte usando uno dei Samurai come marionetta, ma Kankuro arriva in tempo per tagliare i fili di chakra che lo controllano e salvare così la vita al Samurai. Osservando il burattino di Kankuro, la vecchia Chiyo inizia riflettere sui peccati commessi durante la vita, ricordando particolarmente l'inluenza che aveva sulla via che avrebbe percorso suo nipote Sasori.

L'Ottacoda informa Killer Bee che Naruto è molto più avanti di loro, quando improvvisamente arriva Motoi, mandato per assistere Bee. Mentre il duo procede verso il campo di battaglia, un piccolo contingente di Zetsu bianchi gli tende un'imboscata. Kabuto, una volta localizzato Killer Bee, decide di rianimare un particolare ninja per catturare la forza portante. Si scopre che il ninja in questione è Fukai, la precedente forza portante del demone Ottacoda. Fukai avvisa i due di non essere in controllo del suo corpo, e consiglia loro di fuggire. Tuttavia Killer Bee rileva che senza demone egli non rappresenta una minaccia. Sorprendentemente, Fukai entra nella seconda versione della trasformazione, scioccando Bee e Motoi. Il ninja rianimato rivela che una trentina d'anni prima fu sottoposto a esperimenti da Orochimaru, esperimenti che portarono alla sua morte. Durante il combattimento, con l'aiuto di Motoi, Bee riesce a trasmettere i suoi sentimenti a Fukai. Fukai dichiara di essere felice per Bee, perchè ha trovato il modo di riempire il vuoto delle forze portanti. Mentre il suo corpo si sbriciola, Fukai dice a Bee di porre fine alla guerra. Colpito dalle sue parole, Bee si precipita verso il campo di battaglia, notando come la sua guerra fosse appena iniziata.

Riuscito a fuggire dall'Alleanza dei ninja, Torune si prepara ad usare una speciale tecnica proibita. Tuttavia Shino riesce a localizzarlo grazie alla Tecnica degli Insetti Devastatori, e faccia a faccia con Torune, cerca di bloccare la tecnica proibita. Avvantaggiato dai rigidi allenamenti della Radice, Torune prevale su Shino, che per poco non viene sconfitto. Accorre in aiuto un clone di Naruto, avvertito della minaccia dal quartier generale, che riesce a salvare l'amico appena in tempo. Naruto, avvertito da Shino di non toccare la pelle di Torune per la presenza di insetti velenosi, inizia a combattere contro l'avversario, cercando di evitare contatti. Riesce a colpire Torune con il Rasengan, che tuttavia non produce risultati. Colto l'avversario con la difesa abbassata, Torune si avventa su Naruto cercando di colpirlo con un pugno, ma viene bloccato da Shino, costretto ad intervenire per salvare Naruto dal veleno degli insetti. Shino rivela di aver allevato degli insetti speciali, immuni ai veleni, e quindi riesce finalmente a bloccare e sigillare Torune.

Un nuovo episodio riassuntivo, relativo alla saga del Quartetto del Suono, dalla fuga di Sasuke dal villaggio fino al suo arrivo da Orochimaru, l'episodio si concentra, principalmente, su Naruto e Sasuke lasciando una piccola parte anche agli altri ninja decisi a salvare quest'ultimo. Nella battaglia della Valle dell'Epilogo sono state modificate alcune scene rispetto alla prima messa in onda rendendo l'episodio più fedele al manga.

L'episodio questa volta tratta la saga della ricerca di Tsunade e quella del ritorno di Itachi in maniera piuttosto sintetica, nonostante contenga qualche novità: Sasuke mentre viene picchiato da suo fratello, inizia a pensare che tutti gli allenamenti a cui si è sottoposto a Konoha non sono stati serviti a niente e da lì inizia la rottura con il Team 7.

Importante novità per la trasmissione di Naruto Shippuden su Italia 1: infatti Mercoledì 12 Giugno andrà in onda l'ultimo episodio inedito, il 260, da Giovedì 13 Giugno invece, sempre allo stesso orario dal Lunedì al Venerdì, verranno trasmessi tutti i film di Naruto Shippuden sinora inediti in Italia.

Nel tentativo di recuperare le sue pedine più potenti, Kabuto rianima alcuni soldati deboli dell'Alleanza ninja. Usa Torune Aburame per evocarli. L'Alleanza ninja si accorge che i ninja rianimati sono probabilmente di rango D. Tra di loro c'è Osoi, ex compagno di Toroi e padre di Musai, che riesce a rivelare il piano di Kabuto. Consci del piano, l'Alleanza informa immediatamente il quartier generale. Nel frattempo, Torune si reca con una squadra fuggitiva di ninja rianimati dal Terzo Raikage, sfruttando la Tecnica del Vortice di Fumo di Heiji per seminare l'Alleanza. Una volta arrivati, Daimaru usa l'Arte della Terra: Danza della Sabbia per sbarazzarsi dei sigilli, mentre Ch?kaku getta un rosario ed inizia a pregare. Sul punto di rompere il sigillo principale, arriva Temari che attacca Ch?kaku, ma Daimaru la ferma e gli dichiara il suo amore. Dopo una lunga conversazione, le forze dell'Alleanza arrivano e sigillano Daimaru, mentre Temari si lancia contro l'ultimo ninja rianimato, Torune, nascosto dietro una roccia. Torune si rivela molto abile, e Kabuto decide così di usarlo per compiere il suo piano.

Mentre Naruto è impegnato nel rigoroso controllo degli animali, un serpente evocato in precedenza da Kabuto, creato usando le cellule di Manda, attacca l'isola. Mentre lo Tsuchikage e Akatsuchi inseguono Deidara, Kurotsuchi attacca Kabuto con l'Arte della Corrosione. Intervengono anche Yamato, Aoba e Motoi per dare manforte (senza Naruto ancora ignaro di cosa stia accadendo). Kurotsuchi imprigiona Kabuto con l'Arte dell'Acqua , ma egli riesce a liberarsi effettuando la muta e catturando Yamato. Dopo essere fuggito assieme a Manda e aver sciolto la tecnica che teneva in vita Deidara, Kabuto porta il bottino a Tobi, il quale, mostrando il suo nuovo Rinnegan, si prepara a scendere in guerra.

Per non far scoprire a Naruto niente riguardo la guerra, Aoba si inventa una missione di rango S dove il compito del ragazzo consiste nel controllare tutti gli animali presenti sull' isola (che si scopre essere una tartaruga gigante). Intanto Kabuto si offre di raggiungere l' isola per catturare Naruto ed ottenere così la fiducia di Madara, il quale gli mostra il suo esercito di centomila copie di Zetsu pronto per la guerra. Tuttavia la tartaruga comincia a spostarsi per rendere difficile la sua localizzazione al nemico e Kabuto, accompagnato dal resuscitato Deidara, viene attaccato dallo Tsuchikage, giunto sul posto insieme ai suoi compagni per aiutare i ninja della Foglia.

Konan circonda Madara con un' enorme quantità di carte-bomba che fa esplodere in una vasta area. L' Uchiha riesce a sopravvivere grazie a Izanagi, sacrificando un occhio, e trafigge Konan alle spalle. Prima di finirla, Madara si fa rivelare l' ubicazione del Rinnegan tramite un' illusione creata con lo Sharingan e una volta recatosi, preleva il cadavere di Nagato. Konan rivive per l' ultima volta alcuni ricordi della vita con Jiraiya e i suoi compagni. Nel frattempo, Madara si trapianta il Rinnegan in un occhio e ricevono il messaggio di Kisame. Alba è ormai pronta per la guerra.

Tobi si dirige al Villaggio della Pioggia per impossessarsi del Rinnegan di Nagato, ma Konan è pronta a difendersi. La donna ricorda i momenti trascorsi con Yahiko, Nagato e Jiraiya ed i giorni in cui Alba, guidata da Yahiko, combatteva contro gli uomini di Hanzo. Durante lo scontro, Konan riesce a ferire Tobi ed accusa l'Uchiha di avere sfruttato Alba solo per impossessarsi del Rinnegan di Nagato, ma egli controbatte affermando il contrario, ossia che, in passato, fu proprio lui a convincere Yahiko a creare Alba ed a donare il Rinnegan a Nagato. Konan tenta di finire l'avversario ricorrendo alla sua tecnica più potente.

Dopo avere scoperto la presenza di quattro Yota in diversi campi di battaglia, Naruto informa gli altri dicendo loro che il nemico non era altro che uno Zetsu bianco con le sembianze del ragazzo, che quindi possono attaccare senza addossarsi nessuna colpa. Così facendo, gli Zetsu vengono sconfitti. Naruto ricorda quando con i suoi compagni cercò di salvare Yota fungendo da esca, mentre Shikamaru, Choji, Ino, Sakura, Kiba e Akamaru si intrufolavano nel luogo in cui Yota era detenuto. Quando Naruto accorse, venne colpito alle spalle da uno degli ANBU. Vedendo l'amico a terra, Yota reagì e attaccò con i suoi fulmini, mettendo al tappeto gli ANBU. Durante la fuga, il gruppo venne diviso dalla forte corrente di un fiume, tuttavia Yota salvò i ragazzi, a cui cancellò la memoria impedendo di ricordare. Terminato il flashback, Yota inizia a parlare nelle menti dei suoi amici, a cui dice che al loro primo incontro egli era già morto e, quindi, non hanno bisogno di scusarsi. Gli racconta che il suo clan poteva manipolare il tempo, controllarlo e venderlo, e pur essendo bravo a farlo egli morì poiché il suo corpo era fragile. Terminato il racconto Yota si ricopre di neve e si colpisce volontariamente con un fulmine, lasciando scioccati i suoi amici.