Kabuto é uno degli antagonisti principali del manga, inizialmente presentato come genin di Konoha. É un ninja medico, ex braccio destro di Orochimaru ed è stato una delle spie di Sasori della Sabbia Rossa su ordine di Orochimaru. Dopo la morte di Orochimaru, Kabuto si trapianta le cellule di quest'ultimo e si unisce all'Akatsuki, capitanata da Tobi, durante la 4ª guerra mondiale ninja, sfruttando in battaglia la tecnica della Resurrezione Impura e svelando la sua capacità di entrare in modalità eremitica. Durante lo scontro con Itachi e Sasuke scopriamo che era un orfano di guerra e fu trovato da Nonou Yakushi, passò la sua infanzia all'orfanotrofio di Konoha e dopo 3 anni venne preso dalla radice come spia, per poi unirsi ad Orochimaru.

Mentre si dirige verso il Villaggio della Foglia assieme al suo team, Sasuke riporta alla mente alcuni eventi del passato. Poco dopo lo scontro fra Gaara e Naruto, Sasuke aveva salvato la vita ad una ragazzina di nome Naho e quest'ultima si era innamorata di lui. Naruto e Sakura vennero incaricati di scortare Naho al Villaggio Shizume mentre Sasuke e Kakashi si occupavano di alcuni nemici che il duo scoprì essere stati incaricati di rapire Naho. Naruto e Sakura vennero presi in ostaggio, ma Sasuke li liberò e sconfisse il capo dei banditi infierendo su di lui per sfogare la sua frustrazione nei confronti della forza crescente di Naruto. In quel momento, tutti notarono il primo passo verso le tenebre di Sasuke.

Notando l'ottima coordinazione con Choji ed Ino, Shikamaru ricorda una missione durante la quale il Team 10 ed il Team 7 hanno collaborato per salvare degli ostaggi. Aiutati da un ex bandito, i ninja della Foglia arrivano al nascondiglio dei rapitori dove l'uomo li mette in guardia da Baji, il loro capo. Shikamaru escogita un piano che consiste nel mandare i Jonin in avanscoperta. L'ex bandito viene catturato e, all'insaputa dei ninja della Foglia, si rivela essere una spia. Shikamaru si offre come ostaggio in cambio della liberazione dell'uomo. Grazie alla coordinazione con il resto del gruppo, Shikamaru viene liberato ed i banditi sconfitti.

Naruto e Sakura, vedendo Kiba ed Akamaru lavorare insieme, ricordano un momento del loro passato. Il Team 7 viene incaricato di recuperare un tesoro rubato. Uno dei ladri utilizza su Sasuke e Naruto una tecnica che li lega assieme mentre Sakura viene catturata. Naruto e Sasuke decidono di recuperare Sakura e, nonostante le iniziali difficoltà nel lavorare assieme, riescono a trovare i ladri ed a sconfiggerli. Naruto, Sasuke e Sakura recuperano il tesoro mentre Kakashi osserva come il successo della loro missione sia dipeso dal non lasciare indietro la propria compagna.

Naruto, vedendo una foto trovata tra le macerie di Konoha, ricorda un avvenimento accaduto anni prima. Mentre correva tra le montagne, cade in un burrone dove trova un sigillo e, sbadatamente, lo toglie; tale sigillo non si rivela essere altro che un'anima sigillata di un ANBU di Konoha, dal nome Kisuke. Naruto è l'unico che, dopo aver tolto il sigillo, può interagire con l'anima liberata sotto forma di fantasma. Il ragazzo, viste le amnesie dell'innoquo fantasma, decide di aiutare a liberare il suo spirito poiché una leggenda narra che un fantasma rimane intrappolato nella vita terrena in quanto è desideroso di sbrigare delle faccende che non ha mai potuto risolvere quando era in vita. Grazie all'aiuto di Sakura, scoprono che il corpo di Kisuke è ancora in vita; perciò, si recano alla casa del padrone grazie all'indirizzo ricevuto dall'ospedale ed è lì che il fantasma recupera la memoria: era un ANBU incaricato di sorvegliare le spie di Konoha; tra questi, c'era anche un famoso stratega, chiamato Sabiru, il quale aveva proposto, alla riunione dei maggiori esponenti del Villaggio della Foglia, un piano di sicurezza, di propria ideazione, in modo da avere, così, pieno controllo su Konoha. Ed è stato lo stesso Sabiru a sigillare l'anima di Kisuke ed ad uccidere il corpo dell'ANBU in ospedale per non avere nessun intoppo nel suo piano. Ma, è dopo aver discusso con Naruto, Kakashi ed anche con l'anima di Kisuke che Sabiru confessa di aver ucciso la famiglia dell'ormai ex-ANBU; Sabiru viene catturato mentre Konoha non è più in pericolo, ora, finalmente, l'anima di Kisuke può andare nell'aldilà dove ritroverà la moglie, amante dei tulipani. Si tratta proprio degli stessi fiori che Naruto, puntualmente, in ricordo della vicenda vissuta, porta, con grande emozione, sulla tomba dei due sposi.

Dokku, venendo a conoscenza dell'accordo tra Disonasu e Kabuto, prova ad attaccarlo ma viene facilmente fermato. Disonasu inoltre si complimenta con Naruto per aver sconfitto Pain, che tempo prima l'aveva lasciato senza poteri. I ninja della Foglia e Shiseru si muovono velocemente per arrivare alla Buca ma Kabuto, usando un clone, era riuscito a prendere l'ultimo pezzo per usare Saezuri, che viene attivato poco dopo con un suono simile a quello che lei usava suonare. Kakashi arriva poco dopo e rivela il passato di Disonasu, alleato di Orochimaru, ma Kabuto evoca Deidara, Hidan e il clone della volpe, che affronterà Naruto, liberatosi usando la modalità eremitica. Shikamaru affronta Hidan, che era stato immobilizzato e si dissolve a causa della corta vita dei serpenti nel suo corpo. La puntata si conclude vedendo il potere dell'obelisco creato dall'attivazione di Saezuri.

Il team di Konohamaru chiede a Neji di parlare loro dell'eroismo di Naruto. Neji racconta una storia accaduta anni prima durante l'esame di selezione dei Chunin. Dopo la distruzione del Villaggio della Foglia da parte di Orochimaru, due ninja del Villaggio della Nuvola rapiscono Hinata per ottenere i segreti del Byakugan. Al loro inseguimento si recano Neji, Kiba e Tenten, i quali, grazie all'astuzia di Neji, riescono a portare in salvo la compagna. Quando Neji cade in una trappola magica, Hiashi Hyuuga, capo del clan e padre di Hinata, accorre in suo aiuto e sistema definitivamente il ninja della Nuvola. Il Team Konohamaru si chiede che ruolo abbia avuto Naruto in questa storia, ma Neji fornisce loro una risposta criptica sapendo in cuor suo che, senza le parole di Naruto durante il loro match nelle finali dell'esame di selezione dei Chunin, egli non si sarebbe comportato in maniera così generosa ed eroica.

Una donna ninja di nome Hanare, spia del Villaggio della Chiave, viene catturata dagli ANBU della Foglia e portata nelle camere segrete del villaggio per l'interrogatorio. Inizialmente, Inoichi non riesce ad estrarre informazioni dalla ragazza e, così, Kakashi viene incaricato di carpire i segreti della spia col suo Sharingan. L'Hokage, ritenendo che la donna non sappia niente, decide di barattarla con un Jonin della Foglia. Mentre lo scambio ha luogo, Kakashi si rende conto che la ragazza nasconde qualcosa e tenta di catturarla nuovamente, ma ella riesce a scappare. Una volta raggiunta da Kakashi, Hanare confessa di essersi resa conto, durante il suo periodo alla Foglia, di tutte le cose belle alle quali ha dovuto rinunciare facendo la spia e decide di cancellare dalla sua mente i segreti appresi sul villaggio avversario. Kakashi capisce il suo gesto e decide di lasciarla andare

Il clone della Volpe prova ad attaccare Dokku, che viene salvato da Gai e Rock-Lee. Successivamente arrivano i vecchi compagni di Naruto, che affrontano i resuscitati, mentre Kakashi affronta Kabuto. La Volpe intanto si libera per poter assorbire il chakra da Naruto, ancora incosciente, cresce di dimensione e inizia a distruggere il villaggio Hacho. Dokku prova a salvare Naruto ma entrambi vengono presi da Kabuto, che ha usato dei serpenti capaci di assorbire il chakra per fermare Naruto. Nel frattempo Shiseru pensa ad una precedente conversazione con Dokku, durante la quale pensano se adottare o no i bambini. Leo e gli altri bambini, invece, convinti di poter salvare il maestro, danno a Kabuto l'ultimo pezzo di Saezuri, e ciò permette a Disonasu, che rivela di essere un traditore, di evocare, tramite un rotolo, Saezuri.

Dopo l'attacco di Orochimaru alla Foglia, Naruto, due Jonin ed un uomo anziano, noto come l'eterno Genin, vengono mandati in missione a pattugliare i confini del Paese del Fuoco. Dopo alcuni giorni senza incidenti, un gruppo di ninja nemici attraversa il confine. I due Jonin rimangono indietro per dare modo ai Genin di dare l'allarme. L'eterno Genin prova di essere capace e coraggioso riuscendo ad avere la meglio sui ninja invasori e, ricordando le battaglie sostenute assieme ai precedenti Hokage, scorge in Naruto la somiglianza con suo padre.

Nonna Gatta, la titolare dell’emporio dove gli Uchiha sono soliti rifornirsi di armi, ricorda una vecchia missione del Team 7 che consisteva nel prendere un’impronta di una zampa di Nekomata, un grosso gatto ninja. Tale incarico avrebbe completato l'enciclopedia della zampa iniziata da Sasuke ed Itachi durante la loro infanzia. Lo stesso Itachi, che assegnava le missioni al fratello, riteneva l’incarico troppo pericoloso per lui. Per poter entrare nella fortezza di Nekomata, i tre Genin della Foglia indossano delle orecchie da gatto, ma Naruto si fa smascherare all’ingresso venendo cacciato mentre Sasuke e Sakura avanzano. Dopo aver superato alcuni gatti ninja, Sasuke riesce a sconfigge Nekomata ed a prenderne l'impronta.

Liberati gli abitanti del villaggio, Jiraiya si unisce a Naruto nello scontro con il leader dei ninja della Pioggia e la creatura da esso evocata, il re delle conchiglie. I ninja della Foglia vengono intrappolati da una tecnica di arte illusoria, ma vengono liberati da un giovane abitante del villaggio. Con il supporto del suo maestro, Naruto ha il tempo di creare un Rasengan Superiore col quale riesce a sconfiggere la creatura ed il suo evocatore. Riportata la pace nel villaggio, i due si rimettono in viaggio.

Nel suo viaggio di addestramento, Jiraiya spiega a Naruto l'importanza di imparare a difendersi dalle arti illusorie, in particolar modo quelle create dallo Sharingan. Il ragazzo inizia così l'allenamento, aiutato anche dal rospo Gamariki. Naruto riesce a superare la prima fase dell'addestramento, generando un disturbo del chakra all'interno del suo corpo. Per la seconda fase, Naruto e Jiraiya si recano presso un villaggio che scoprono essere stato invaso da alcuni ninja della Pioggia. I due ninja mettono dunque in atto un piano per liberare il villaggio.

Mentre si reca al capezzale di Tsunade, Rock Lee ricorda di come ella lo abbia aiutato a riprendersi dalle ferite subite durante gli esami di selezione dei Chunin. Quando Naruto beve l'ultima bottiglia della medicina preparata da Gai per Lee, decide di approfittare di una missione, alla quale è stato assegnato assieme a Sakura ed Ino, per recuperare il fiore necessario per prepararne dell'altra. Giunto sul posto dove cresce il fiore, Naruto ne coglie uno e viene attaccato da un clone di Gaara. Sconfitto il clone, il gruppo porta a termine la missione e fa ritorno al villaggio con il fiore, permettendo a Gai di preparare delle altre medicine per Lee.

Lo struzzo smarrito che era stato catturato dal Team 7 racconta ai suoi cuccioli un episodio del suo passato. Naruto, Shino, Rock Lee e Kotetsu vengono mandati da Tsunade nel campo d'addestramento zero, divenuto una terra di nessuno in balìa degli animali, per catturare nuovamente lo struzzo che ha imparato a parlare ed a praticare le arti marziali. Lo struzzo, con l'aiuto di altri animali combattenti, mette inizialmente in difficoltà i ninja, ma, questi, assistiti da Izumo, riescono a catturarlo. Durante la ricostruzione del Villaggio della Foglia, Naruto e l'animale si incontrano nuovamente e quest'ultimo fugge dichiarando di non volersi far catturare un'altra volta.