Kawaki inzia a credere che il rango di genin non sia adatto per lui. Il Settimo Hokage affida al Team 10 e a suo figlio adottivo Kawaki la missione di scortare Mozuku del Paese del Mollusco fino a casa sua, mentre il Team 7 è impegnato in un'altra missione e si scontra contra dei ninja sconosciuti.

Kawaki è tormentato di perdere la sua nuova famiglia e i suoi amici di Konoha per mano di Code e quindi usa la tecnica del sopprimento del chakra tipica del Clan Otsutsuki e dei ninja sensitivi per fuggire da Konoha con il fine di convincere Code a risparmiare Konoha, ma Boruto fugge da Konoha per fermare il fratello.

Naruto decide di far di diventare un ninja suo figlio adottivo Kawaki e per questo motivo che anziché iscriverlo all'Accademia Ninja gli assegna una missione di rango D, tuttavia Kawaki sembra non essere molto collaborativo con i suoi compagni di missione.

Il Team 7 capitanate questa volta da Sarada che è diventata chunin venne assegnata una missione che ha lo scopo di aiutare Mirai a salvare Konohmaru che stato catturato da un nemico sconosciuto.

Denki della Squadra 15 usa la tecnologia ninja contro la Samurai della Squadra di Izuno.

Kakashi viaggia per un paese che si ritiene il vecchio luogo di nascita di Hagoromo, lì trova una città semi deserta e il sovrano ridotto in miseria con sua figlia. Il ninja copiatore ed Hokage emerito decide di addestrarla assieme ad un orfano, mentre delle misteriose operazioni militari attaccano il Pease del Fuco. 

Sarada si scontra con la sua migliore amica Chocho, mentre Kawaki osserva lo scontro insieme a Shinki e ad altri ninja della Sabbia.

Wasabi  del Team 15 giudata da Hanabi sfida Iwabe e la puntata finisce in cui Wasabi sconfigge definitivamente Iwabe.

Inoijin sfida il misterioso genin della foglia Houki, mentre Boruto e Mitsuki indagano di sottobanco su misteriosi tizi e su un presunto rapimento di Amado.

Boruto e i suoi hanno un giorno di riposo e intendono usarlo per allenarsi in vista della finale degli esami dei chunin. In questi esami la tecnologia ninja è ammessa.

Naruto dà al via ai nuovi esami di selezione per diventare chunin e la cosa sembra far felice Boruto e i suoi amici.

Naruto tiene  un summit dei Kage in videoconferenza nel suo ufficio per decidere come salvare Boruto dalla sua lenta trasformazione in un semplice corpo di Momoshiki e come sconfiggere l'unico superstite dei Kara: Code. 

Boruto,Naruto,Sasuke e Kawaki tornano al villaggio sani e salvi, intanto a Konoha Amado rivela a Shikamaru che l'unico superstite degli interni dei Kara Code ha un potere che è superiore persino quello di Isshiki. La puntata finisce in cui l'anima di Isshiki esce dalla mano di Code e in quell'occasione l'Otsutsuki incorona Code come erede naturale degli Otsutsuki, mentre a Konoha Boruto è diventato una star.

La lista completa degli episodi di Naruto della 1^ Serie.

Isshiki muore difronte a Kawaki, ma poco dopo Momoshiki prende per un breve tempo il controllo Boruto e distrugge il Riggegan a Sasuke. La puntata finisce in cui Boruto riprende i sensi e costringe Momoshiki a "dormire" nuovamente e Kurama dice addio alla sua forza portante prima di evaporare.