Nei volumi 3 e 4 di Boruto: Naruto Next Generations andò in scena l'arco dei banditi Mujina. Con una durata complessiva di cinque capitoli, si pensava che anche l'anime, come annunciato al Jump Festa del 2020, avrebbe narrato queste storie. Finora non è stato così, dato che lo Studio Pierrot ha preparato altri episodi filler.

Boruto Uzumaki è un genin del Villaggio della Foglia, membro del Clan Uzumaki e del Clan Hyuuga. Boruto è il figlio di Naruto Uzumaki e di Hinata Hyuuga, e il fratello maggiore di Himawari. Dopo essersi diplomato all'accademia, viene assegnato al  nuovo Team 7 insieme a Sarada Uchiha e Mitsuki. 

Benga scoprendo dell'evasione si mette alla caccia di Boruto e compagni, compromettendo il loro piano, mentre Sarada viene salvata da Kedama che le rivela dell'alta marea sotto la prigione.
Il team 7 riesce a liberare Kokuri e sopraffare Benga ma quest'ultimo libera Tsukyio, che prima di raggiungere i ragazzini uccide il capocarceriere.

Il Team 7 con Kokuri si preparano all'evasione ma vengono visti da Kedama; Mitsuki parlando con lui scoprirà essere un uomo rassegnato che non rivelerà niente a nessuno. Più tardi Sarada viene scoperta da Benga e messa al tappeto prima che possa fare la sua parte per la riuscita dell'evasione, scena vista nuovamente da Kedama ed ora è combattuto sull'avvertire Boruto o meno.

Kawaki è un umano modificato con la tecnologia scientifica ninja dell'Oraganizzazione Kara. Da giovane Kawaki viveva con un padre violento e quest'tultimo vendette suo figlio a Jigen che ne divenne il padre adottivo. Kawaki viene ritrovato privo di sensi dal Team Konohamaru e Katasuke Tono dopo che questi si sono scontrati con Koji Kashin.

Il team 7 scopre che Kokuri è una brava persona trovatasi a sua insaputa immischiata con la banda Mujina e che li ha derubati per poi donare il denaro in beneficienza. Mentre i documenti per il rilascio dell'uomo sono quasi ultimati il direttore Mujo si ammala e Benga, con combutta con Tsukyio, prende il suo posto e si prepara a spostare Kokuri dove dei detenuti della banda Mujina potranno ucciderlo: a Boruto non resta che far evadere l'uomo.

Toneri Otsutsuki è un diretto discendente di Hamura Otsutsuki. Appartenente al Clan Otsutsuki, non possiede gli occhi. Due anni dopo la fine della quarta grande guerra ninja, per motivi sconosciuti la luna si sta avvicinando sempre più alla terra.

Urashiki Otsutsuki è un uomo misterioso, discendente del Clan Otsutsuki. Viene rivelato da Urashiki stesso che, per millenni, insieme a Momoshiki e Kinshiki, gli unici altri sopravvissuti del Casato Principale del Clan Otsutsuki, si nascose tra i mondi e le dimensioni, continuamente in viaggio. I tre inoltre, spiavano in segreto l'operato di Toneri Otsutsuki. 

Il Paese degli Antenati era una piccola nazione che esisteva più di un millennio fa. Compare solo nell'anime. Il paese era composto da numerosi villaggi agricoli circondati da piccole foreste, inoltre il paese conteneva una grande lago.

Ormai chiaro trovarsi nella loro cella, Boruto e Mitsuki scoprono chi è l'assalitore di Kokuri, che verrà successivamente messo in isolamento. Nel frattempo Tsukyio sa che Sarada non è una studentessa giornalista.

Dopo l'aggressione a Kokuri il Team 7 cerca di farlo spostare nella cella di Boruto e Mitsuki e dopo qualche impedimento e prova da superare i ninja riescono nel loro intento. Nel frattempo si cerca di scoprire chi sia il detenuto aggressore.

Boruto e Mitsuki si infiltrano come detenuti nel castello Hozuki per proteggere nella prigione Kokuri, un uomo che potrebbe fornire informazioni sul leader della famigerata banda criminale Mujina. Anche Sarada si infiltra come studentessa.

Kinshiki Otsutsuki è un uomo misterioso, discendente del Clan Otsutsuki, proveniente da un altro pianeta. Sulla Luna, Toneri commenta che la Nue è stata sigillata e che Jougan non si presenterà ancora per un po', tuttavia è solo questione di tempo prima che le divinità scendano di nuovo su questa terra.

Momoshiki Otsutsuki è un uomo misterioso, discendente del Clan Otsutsuki e proveniente da un altro pianeta. Sulla Luna, Toneri commenta che la Nue è stata sigillata e che Jougan non si presenterà ancora per un po', tuttavia è solo questione di tempo prima che le divinità scendano di nuovo su questa terra. Contemporaneamente in una dimensione parallela, Momoshiki e Kinshiki si preparano per la partenza. Sasuke entra nella dimensione di ghiaccio di Kaguya per continuare le sue ricerche

Hamura Otsutsuki era il secondo genito della principessa Kaguya Otsutsuki e fratello minore di Hagoromo Otsutsuki. Come suo fratello, è stato uno dei primi esseri viventi a nascere con il chakra.