Sakura ricorda di quando Naruto sembrava aver contratto un pericoloso virus che rischiava di contaminare l'intero villaggio. Allo scopo di contenere l'epidemia, Tsunade fece rifugiare tutta la popolazione nelle caverne e mandò una squadra di ninja a catturare Naruto. Anche Shizune, Choji, Tenten, Kiba e Shino tentarono di catturare Naruto, ma senza alcun risultato. Quando il ragazzo si rifugiò nella stanza dove era ricoverato Sasuke, quest'ultimo lo consegnò a Tsunade che si rese conto che egli non era mai stato infetto e che si trattava di un malinteso.

Ameyuri Ringo semina il panico all'interno dell'esercito dei ninja ed uccide alcuni compagni di Omoi. Quest'ultimo, desideroso di fermare le azioni della spadaccina della nebbia, riesce ad intrappolarla in una palude senza fondo e, quindi, a sconfiggerla. L'episodio si conclude con Kakashi e Gai che ricevono la notizia che Naruto e Killer Bee sono diretti verso il campo di battaglia per aiutare l'esercito dei ninja.

Gaara ricorda una missione che ha svolto assieme al Team 7 poco dopo l'attacco di Orochimaru al Villaggio della Foglia. La missione, concepita per rafforzare il legame tra la Sabbia e la Foglia, viene interrotta da alcuni ninja mandati dai capi del Villaggio della Sabbia per eliminare Gaara, ritenuto troppo pericoloso. I compagni della sua squadra ed i membri del Team 7 salvano Gaara ed insieme portano a termine la missione. Gaara realizza che, da quel momento in poi, egli riuscì ad instaurare dei legami con i suoi conterranei ed i loro alleati che gli hanno permesso di diventare la persona che è oggi.

Naruto e Sakura ricordano un'altra missione del Team 7. Mentre stanno riportando indietro uno struzzo smarrito, i membri della squadra assistono ad un combattimento fra due spadaccini per una questione di vendetta. Quando l'uomo che cerca di vendicarsi fallisce, Naruto decide di dargli lezioni. Nonostante egli si dimostri incapace di portare a termine correttamente le missioni, prova di essere molto forte e spiega di non essere riuscito a vincere la faida poiché aveva intuito qualcosa di strano nel suo avversario. Quando i due si scontrano nuovamente, quest'ultimo rivela di essersi scambiato col fratello gemello e che entrambi sono innocenti. Alcuni malviventi tentano, allora, di attaccare i due uomini, ma l'intero Team 7 li mette in fuga. Al Villaggio della Foglia, Inari e Tazuna chiedono di Sasuke e Naruto afferma che un giorno il Team 7 tornerà insieme.

Mentre la ricostruzione del villaggio ha inizio, Naruto e Sakura incontrano Inari e Tazuna che sono venuti a dare una mano. Il gruppo ricorda il loro secondo scontro con gli uomini di Gato, i quali, dopo essere stati sconfitti la prima volta dal Team 7, tentarono nuovamente di prendere il controllo del Paese delle Onde. In quell'occasione, Inari dimostrò grande coraggio, facendo da esca e salvando un gruppo di ragazzini tenuti in ostaggio, e Naruto, Sasuke e gli abitanti del paese consegnarono alle autorità i tirapiedi di Gato una volta per tutte.

Kakashi e Gai affrontano insieme i due spadaccini della nebbia Jinpachi Munashi e Kushimaru Kuriare. Sebbene all'inizio si trovino in difficoltà, i due ninja della foglia trovano la forza di reagire dopo essersi ricordati di una loro passata missione e sconfiggono finalmente i due spadaccini della nebbia.

CERGY-PONTOISE, FRANCIA – 5 novembre 2012 – Per la gioia di tutti gli aspiranti ninja, NAMCO BANDAI Games Europe svela diverse novità su NARUTO Shippuden: Ultimate Ninja Storm 3, che sarà disponibile da marzo 2013 per Xbox 360® e PlayStation®3.

Durante la riunione dei vertici del villaggio, i presenti vengono informati che Tsunade è in coma, a seguito degli sforzi compiuti per difendere gli abitanti, e che quindi è necessario sostituirla. Dopo una prima candidatura di Kakashi, il Signore Feudale decide di eleggere Danzo Sesto Hokage. Nel frattempo, Kakashi ricorda il momento in cui gli venne assegnata la guida del Team 7 e le iniziali riserve che il Jonin aveva nei confronti dei suoi componenti.

Naruto, esplorando le colline nere alla ricerca di un oggetto da riportare, trova un kunai con delle informazioni e viene attaccato da tre ninja del Villaggio della Cascata. Accorre in suo aiuto Iruka, che protegge il ragazzo sino all'arrivo di Kakashi. Di ritorno al villaggio, Iruka spiega a Naruto cos'è la volontà del Fuoco e, in quel momento, il ragazzo decide che un giorno diventerà il più forte Hokage mai esistito per dimostrare a tutti il suo valore. Mentre Sasuke ed il Team Falco si apprestano a partire verso Konoha, Tobi ordina a Kisame di catturare l'Ottocode. Nel frattempo, al Villaggio della Foglia, Shikaku riceve la notizia che si svolgerà un incontro d'emergenza.

Tsunade ordina a Shizune di guarire Karai, ma il Raikage si oppone perchè vuole che sia Tsunade a guarire il suo subordinato. Shizune, dunque, racconta al Raikage la storia di Tsunade. L'episodio si conclude con la guarigione di Karai e la sconfitta del gruppo Nokirazu.

Naruto spaventa i suoi compagni impersonando un demone volpe e viene ripreso da Iruka, coinvolto emotivamente dall'attacco della Volpe a Nove Code, nel quale i suoi genitori persero la vita. Il giorno successivo, Naruto non si presenta a lezione ed Iruka chiede consiglio a Kakashi, il quale, dopo avergli ricordato il momento in cui decise di diventare un istruttore, lo sprona a tentare di comprendere il ragazzo. Quando i compagni decidono di vendicarsi dello scherzo subìto, mettendo Naruto in una situazione di pericolo, Shikamaru informa Iruka che si dirige immediatamente alla ricerca del ragazzo.

Iruka, vedendo Naruto che viene festeggiato dagli abitanti del villaggio, riporta alla mente il momento in cui divenne l'istruttore della sua classe di reclute. Durante il suo primo anno all'accademia, Naruto fallisce ogni prova che il maestro gli propone e si dimostra molto geloso di Sakura ed invidioso delle lodi degli altri studenti nei confronti di Sasuke. Finite le lezioni, Naruto apprende che l'intero Clan Uchiha è stato sterminato e che Sasuke è l'unico sopravvissuto.

Nagato riporta in vita tutti coloro che erano stati uccisi durante l'attacco e, così facendo, esaurisce il suo chakra e muore. Dopo aver recuperato i corpi di Nagato e Yahiko, Konan lascia il villaggio, riponendo le sue speranze in Naruto. Dopo aver eretto un piccolo monumento alla memoria del suo maestro, Naruto ritorna alla Foglia dove, dopo anni di sofferenze ed isolamento, viene celebrato come un eroe da tutti gli abitanti del villaggio.

Terminato il suo racconto, Nagato chiede a Naruto che intenzioni abbia. Il ninja della Foglia afferma di credere negli insegnamenti del suo maestro e di voler risparmiare Nagato. Egli cita inoltre una frase dal primo libro del loro maestro e Nagato ricorda le circostanze in cui lui stesso ha ispirato Jiraiya a scriverla. Ricordando che il suo nome proviene da quello del protagonista del libro, Naruto spiega che anch'egli ha sofferto in passato come Nagato. Quest'ultimo, convinto dal ragazzo, si appresta ad utilizzare la Tecnica della Trasmigrazione del Mondo esteriore.

Nagato prosegue il suo racconto. Raggiunti i Ninja Leggendari, gli orfani vengono attaccati e, per salvare Yahiko, Nagato ricorre nuovamente al Rinnegan, il che convince Jiraiya ad allenare i ragazzi. Passati tre anni, il maestro lascia il paese ritenendo i suoi allievi ormai autosufficienti. Questi fondano un gruppo, il cui scopo è il raggiungimento della pace senza ricorrere alla violenza, che viene contattato con un pretesto da Hanzo il quale, con l'aiuto di Danzo, gli tende un'imboscata. Per salvare Konan, Yahiko si uccide gettandosi su un kunai in mano a Nagato, il quale, in preda alla rabbia, evoca il Gedo Mazo, rimanendo gravemente ferito a sua volta, con cui uccide tutti i nemici ad eccezione di Hanzo che riesce a fuggire. Nagato afferma che la morte di Yahiko è stata la sua seconda causa di dolore.