Nagato ricorda i momenti di dolore che lo hanno fatto diventare l'uomo che è adesso. Quando era bambino, i suoi genitori vennero uccisi per errore da due ninja della Foglia ed egli, accecato dal dolore, attivò per la prima volta il Rinnegan col quale uccise i due. Rimasto solo al mondo, Nagato incontrò Konan e Yahiko, anch'essi orfani a causa della guerra. Yahiko sognava di diventare forte come un Dio, in modo da poter imporre la pace e, assistendo ad uno scontro tra Hanzo ed i Tre Ninja Leggendari, Nagato decide che il sogno del suo compagno sarebbe diventato anche il suo. Consapevoli di non essere sufficientemente forti per realizzare i propri sogni, i tre orfani si mettono alla ricerca dei Ninja Leggendari per farsi allenare.

Superati altri due ostacoli, rispettivamente una trappola col gas ed un tranello ad una cascata, i Genin vengono attaccati da alcuni ninja della Pioggia esclusi dalle fasi finali degli esami di selezione dei Chunin. Sasuke interviene per salvare gli altri, sconfiggendo gli avversari col Mille Falchi. Giunti sul luogo dov'è custodita l'eredità, i ragazzi scoprono un messaggio nascosto, lasciato in realtà da Gai, che afferma che "non esistono scorciatoie nel cammino di un ninja".

Il giorno prima della prova finale degli esami di selezione dei Chunin, Naruto viene a sapere dell'eredità del Quarto Hokage e si mette sulle sue tracce per avere un vantaggio durante gli esami. Gai gli fornisce una mappa che lo conduce ad una serie di prove, organizzate dal maestro, che il ragazzo si appresta ad affrontare assieme a Sakura ed al Team 10. Ricevuto un rotolo contenente delle istruzioni, i ragazzi superano con successo la prima prova, un ragno gigante.

Sconfitto l'ultimo corpo di Pain, Naruto si dirige verso il luogo dove si trova Nagato. Intanto, Sakura cura Hinata e Katsuyu informa i ninja della Foglia della vittoria di Naruto. Inoichi Yamanaka, Shikaku Nara e Ko Hyuga raggiungono Naruto con l'intento di unirsi a lui, ma il ragazzo insiste nell'affrontare Nagato da solo e li convince a lasciarlo andare. Naruto raggiunge Nagato e, nonostante sia in preda alla collera e desideroso di vendetta, forte degli insegnamenti di Jiraiya, non attacca il ninja della Pioggia e gli chiede di raccontargli la sua storia.

Kaede Yoshino è una bambina del Villaggio della Foglia che studia in Accademia insieme a Konohamaru Sarutobi e compare solamente nell'OAV - Trova il quadrifoglio rosso cremisi!.

Minato rivela a Naruto di essere suo padre e di aver sigillato metà del chakra del Novecode all'interno del ragazzo sedici anni prima, quando la Volpe attaccò il villaggio per ordine di Tobi. Dopo aver riattivato il sigillo di Naruto, l'Hokage si congeda dal figlio riponendo la sua fiducia in lui. Ripreso il controllo, Naruto affronta il Mondo dei Deva e riesce a scoprire, tramite la modalità eremitica, la posizione di Nagato. Distraendolo con la Tecnica Superiore della Moltiplicazione del Corpo, il ninja della Foglia riesce a colpire l'ultimo corpo di Pain, durante la fase di latenza dello Shinra Tensei, con il Rasengan.

Naruto scatena la forza della Volpe manifestando dapprima quattro code e poi sei. Si attiva quindi la tecnica sigillante contenuta nel ciondolo del Primo Hokage, ma la Volpe riesce a spezzarla ed a distruggere il pendente. Intanto, Yamato, impegnato in una missione di ricerca di Kabuto assieme a Sai ed Anko, viene a sapere che Naruto ha spezzato la tecnica sigillante e si appresta a ritornare al villaggio. Pain crea una piccola luna con il suo Chibaku Tensei ed intrappola Naruto, il quale rilascia altre due code per liberarsi, arrivando ad otto. Soggiogato dalla Volpe, Naruto sta per togliere il sigillo ottagonale all'interno della sua mente per rilasciare tutto il potere del demone, quando interviene per fermarlo il Quarto Hokage.

Hinata riporta alla mente la sua infanzia e l'incontro con Naruto e decide di intervenire nello scontro tra Pain e la forza portante. Naruto le intima di scappare, ma la ragazza resta e gli confessa il suo amore a lungo tenuto nascosto. Il Team Gai arriva alle porte del villaggio e, altrove, il gruppo di Shikamaru decide di dividersi in squadre di due elementi per cercare il vero Pain. Nel frattempo, Naruto, vedendo Pain ferire gravemente Hinata di fronte ai suoi occhi, rilascia il potere della Volpe a Nove Code.

Kakashi Hatake è un jonin del Villaggio della Foglia e il leader del Team 7. Kakashi è conosciuto in tutto il mondo per il suo uso dello Sharingan, dandogli il soprannome di "Ninja copia" e "Kakashi dello Sharingan".

Obito Uchiha era un Chunin di Konohagakure appartenente al Clan Uchiha e membro del Team Minato. Per qualche ragione, dopo la sua "presunta" morte durante la Terza Guerra Mondiale Ninja, assume l'identità di Tobi diventando un criminale internazionale. Gioca un importante ruolo nella formazione dell'Akatsuki, diventandone di fatto il capo. Per portare avanti i suoi piani di dominazione globale, ha fatto credere, sia ai propri avversari che ai propri alleati, di essere il leggendario shinobi Madara Uchiha.

Mentre Inoichi Yamanaka e gli altri cercano il vero corpo di Pain, Naruto tenta di respingere gli attacchi dei corpi rimasti. Il Mondo dei Preta riesce ad assorbire l'energia naturale dal ragazzo e, non essendo in grado di controllarla, si trasforma in un rospo, rimanendo pietrificato. In quel momento, il Mondo Divino uccide Fukasaku prima che riesca a portare a compimento la tecnica illusoria che stava preparando assieme a Shima ed immobilizza Naruto al suolo. Pain spiega a Naruto la sua concezione di pace ed i motivi che lo spingono a catturare i cercoteri. Hinata Hyuga, che sta osservando il combattimento con il suo Byakugan, si dimostra molto preoccupata.

Naruto prosegue la sua battaglia contro Pain riuscendo a sconfiggere diversi corpi del suo avversario. Quando la modalità eremitica raggiunge il suo limite, Pain tenta di prendere il controllo dello scontro ma Naruto richiama un clone dal Monte Myoboku e riesce a ritornare in modalità eremitica. Il ragazzo atterra il Mondo dei Preta e sconfigge il Mondo Naraka ma, prima che riesca ad attaccare anche il Mondo dei Deva, questo lo respinge con uno Shinra Tensei. Naruto si rende conto di non poter utilizzare sui corpi rimasti le arti marziali o le arti magiche e di dover quindi ricorrere alle arti illusorie con l'aiuto dei rospi.

Il Villaggio della Foglia è stato raso al suolo, ma gli abitanti, grazie all'aiuto dell'Hokage e di Katsuyu, sopravvivono. Naruto, assieme ai rospi Shima, Fukasaku, Gamabunta, Gamaken e Gamahiro, inizia il suo scontro con le sei vie di Pain distruggendo il Mondo degli Asura ed atterrando il Mondo dei Preta. Adirato dallo scoprire che anche Pain è stato allievo di Jiraiya, il ninja della Foglia sfodera la sua nuova tecnica, la versione migliorata del Rasenshuriken.

Mentre gli scontri proseguono, Deva-Pain raggiunge Tsunade e discute con lei del dolore e del costo della pace. Nel frattempo, il Mondo Umano riesce a scoprire la posizione di Naruto da Shizune strappandole l'anima. Il Mondo Animale richiama, allora, tutti gli altri al di fuori del villaggio per permettere al Mondo Divino di distruggerlo utilizzando lo Shinra Tensei. Intanto, Naruto e Fukasaku vengono a sapere dell'attacco al Villaggio della Foglia e, una volta pronti per la battaglia, vengono richiamati da Shima al villaggio assieme a Gamakichi, Gamabunta e Gamaken.

Mentre è alle prese con i soccorsi agli abitanti del villaggio, Konohamaru assiste, di nascosto, all'interrogatorio di due Chunin da parte di Mondo Naraka. Il giovane viene scoperto, ma, in suo aiuto, interviene Ebisu, il quale, tenendo impegnato il nemico, cerca di far fuggire il proprio allievo. Quando il Jonin sta per essere ucciso, il ragazzo interviene e, dopo un breve scontro, colpisce Naraka con una tecnica insegnatagli da Naruto, il Rasengan. Intanto, Naruto, al monte Myoboku, tenta di accumulare l'energia naturale in movimento fallendo.