Kakashi Hatake è un jonin del Villaggio della Foglia e il leader del Team 7. Kakashi è conosciuto in tutto il mondo per il suo uso dello Sharingan, dandogli il soprannome di "Ninja copia" e "Kakashi dello Sharingan".

Obito Uchiha era un Chunin di Konohagakure appartenente al Clan Uchiha e membro del Team Minato. Per qualche ragione, dopo la sua "presunta" morte durante la Terza Guerra Mondiale Ninja, assume l'identità di Tobi diventando un criminale internazionale. Gioca un importante ruolo nella formazione dell'Akatsuki, diventandone di fatto il capo. Per portare avanti i suoi piani di dominazione globale, ha fatto credere, sia ai propri avversari che ai propri alleati, di essere il leggendario shinobi Madara Uchiha.

Mentre Inoichi Yamanaka e gli altri cercano il vero corpo di Pain, Naruto tenta di respingere gli attacchi dei corpi rimasti. Il Mondo dei Preta riesce ad assorbire l'energia naturale dal ragazzo e, non essendo in grado di controllarla, si trasforma in un rospo, rimanendo pietrificato. In quel momento, il Mondo Divino uccide Fukasaku prima che riesca a portare a compimento la tecnica illusoria che stava preparando assieme a Shima ed immobilizza Naruto al suolo. Pain spiega a Naruto la sua concezione di pace ed i motivi che lo spingono a catturare i cercoteri. Hinata Hyuga, che sta osservando il combattimento con il suo Byakugan, si dimostra molto preoccupata.

Naruto prosegue la sua battaglia contro Pain riuscendo a sconfiggere diversi corpi del suo avversario. Quando la modalità eremitica raggiunge il suo limite, Pain tenta di prendere il controllo dello scontro ma Naruto richiama un clone dal Monte Myoboku e riesce a ritornare in modalità eremitica. Il ragazzo atterra il Mondo dei Preta e sconfigge il Mondo Naraka ma, prima che riesca ad attaccare anche il Mondo dei Deva, questo lo respinge con uno Shinra Tensei. Naruto si rende conto di non poter utilizzare sui corpi rimasti le arti marziali o le arti magiche e di dover quindi ricorrere alle arti illusorie con l'aiuto dei rospi.

Il Villaggio della Foglia è stato raso al suolo, ma gli abitanti, grazie all'aiuto dell'Hokage e di Katsuyu, sopravvivono. Naruto, assieme ai rospi Shima, Fukasaku, Gamabunta, Gamaken e Gamahiro, inizia il suo scontro con le sei vie di Pain distruggendo il Mondo degli Asura ed atterrando il Mondo dei Preta. Adirato dallo scoprire che anche Pain è stato allievo di Jiraiya, il ninja della Foglia sfodera la sua nuova tecnica, la versione migliorata del Rasenshuriken.

Mentre gli scontri proseguono, Deva-Pain raggiunge Tsunade e discute con lei del dolore e del costo della pace. Nel frattempo, il Mondo Umano riesce a scoprire la posizione di Naruto da Shizune strappandole l'anima. Il Mondo Animale richiama, allora, tutti gli altri al di fuori del villaggio per permettere al Mondo Divino di distruggerlo utilizzando lo Shinra Tensei. Intanto, Naruto e Fukasaku vengono a sapere dell'attacco al Villaggio della Foglia e, una volta pronti per la battaglia, vengono richiamati da Shima al villaggio assieme a Gamakichi, Gamabunta e Gamaken.

Mentre è alle prese con i soccorsi agli abitanti del villaggio, Konohamaru assiste, di nascosto, all'interrogatorio di due Chunin da parte di Mondo Naraka. Il giovane viene scoperto, ma, in suo aiuto, interviene Ebisu, il quale, tenendo impegnato il nemico, cerca di far fuggire il proprio allievo. Quando il Jonin sta per essere ucciso, il ragazzo interviene e, dopo un breve scontro, colpisce Naraka con una tecnica insegnatagli da Naruto, il Rasengan. Intanto, Naruto, al monte Myoboku, tenta di accumulare l'energia naturale in movimento fallendo.

Al monte Myoboku, Fukasaku prova ad unirsi a Naruto per poter utilizzare la modalità eremitica in movimento mentre, al Villaggio della Foglia, il nuovo Mondo Animale di Pain attacca il reparto interrogatorio. Nel frattempo, Fukasaku si rende conto che la Volpe a Nove Code non gli consente di fondersi con Naruto e, al villaggio, Ibiki Morino fronteggia le evocazioni di Pain, ma quest'ultimo sembra avere la meglio.

Kakashi ingaggia in battaglia Deva-Pain al quale si unisce anche Asura-Pain. Choza e Choji raggiungono Kakashi con alcuni rinforzi, ma questi ultimi vengono subito abbattuti. Kakashi è costretto ad utilizzare il Kamui per salvare Choji da un attacco di Pain esaurendo, così, il suo chakra. Il Jonin sviene ed ha una visione dei suoi vecchi compagni e di suo padre. Nel frattempo, Katsuyu rivela a Tsunade che Kakashi è morto.

Mentre Konan e Pain tentano di scoprire dove si trova Naruto, Danzo informa Homura e Koharu dell'invasione. Questi ultimi cercano di convincere Tsunade a non fare affidamento su Naruto, ma l'Hokage si arrabbia intimando loro di credere nella forza portante. Intanto, mentre Shizune informa Tsunade delle sue scoperte, uno dei corpi di Pain, Tendo, attacca Iruka che viene aiutato da Kakashi.

Pain e Konan irrompono nel Villaggio della Foglia in cerca di Naruto mentre quest'ultimo sta ultimando il suo addestramento al monte Myoboku. Intanto, i servizi segreti della Foglia cercano di estrarre informazioni dal ninja della Pioggia catturato e Shizune studia gli inserti metallici nel corpo di Pain. Nel frattempo, Sakura e Shikamaru soccorrono alcuni abitanti del villaggio mentre l'Hokage viene informata dell'identità degli invasori ed ordina di far richiamare Naruto.

Naruto utilizza la Tecnica Superiore della Moltiplicazione del Corpo per imparare ad accumulare l'energia naturale ed entra, per la prima volta, in modalità eremitica. Intanto, mentre al Villaggio della Nuvola viene organizzata la ricerca di Killer Bee, il Raikage ordina al Squadra Samui, formato da lei stessa e due allievi di Bee, Karui ed Omoi, di far sapere al Villaggio della Foglia che saranno loro stessi ad occuparsi di Sasuke e di informarli, inoltre, della sua intenzione di riunire tutti i Kage per un summit.

Naruto prosegue l'addestramento per imparare ad usare la modalità eremitica, tuttavia esiste il rischio che l'eccessiva acquisizione di energia naturale possa trasformarlo in un rospo. Fukasaku aiuta Naruto ad evitare che questo avvenga e successivamente gli consegna il primo libro scritto da Jiraiya, riportando alla mente del ragazzo il suo maestro deceduto. Intanto, i membri dell'Organizzazione Alba scoprono che quello riportato da Sasuke non è il vero corpo di Killer Bee e Pain e Konan si dirigono verso il Villaggio della Foglia.

L'interrogatorio del ninja della Pioggia catturato e l'autopsia del corpo di Pain recuperato procedono mentre Naruto aiuta Shikamaru e Shiho a decodificare il messaggio di Jiraiya. I tre scoprono che il codice fa riferimento al libro "Le tattiche della pomiciata" scritto da Jiraiya. Una volta decodificato il messaggio, riferiscono a Tsunade e Fukasaku che il significato è "Quello vero non è tra loro" e Fukasaku si offre di insegnare a Naruto l'uso della modalità eremitica.

Naruto è molto abbattuto per la morte del maestro. L'Hokage ordina a Shikamaru di decifrare il codice lasciato da Jiraiya sulla schiena di Fukusaku. Shikamaru chiede a Naruto, ma il ninja è ancora sconvolto a causa della morte del maestro. Così Shikamaru dice all'amico di continuare a lottare e che, da oggi, saranno loro a fare da maestri alle generazioni successive. Naruto decide così di aiutare Shikamaru a decifrare il codice.