Naruto, esplorando le colline nere alla ricerca di un oggetto da riportare, trova un kunai con delle informazioni e viene attaccato da tre ninja del Villaggio della Cascata. Accorre in suo aiuto Iruka, che protegge il ragazzo sino all'arrivo di Kakashi. Di ritorno al villaggio, Iruka spiega a Naruto cos'è la volontà del Fuoco e, in quel momento, il ragazzo decide che un giorno diventerà il più forte Hokage mai esistito per dimostrare a tutti il suo valore. Mentre Sasuke ed il Team Falco si apprestano a partire verso Konoha, Tobi ordina a Kisame di catturare l'Ottocode. Nel frattempo, al Villaggio della Foglia, Shikaku riceve la notizia che si svolgerà un incontro d'emergenza.

Tsunade ordina a Shizune di guarire Karai, ma il Raikage si oppone perchè vuole che sia Tsunade a guarire il suo subordinato. Shizune, dunque, racconta al Raikage la storia di Tsunade. L'episodio si conclude con la guarigione di Karai e la sconfitta del gruppo Nokirazu.

Naruto spaventa i suoi compagni impersonando un demone volpe e viene ripreso da Iruka, coinvolto emotivamente dall'attacco della Volpe a Nove Code, nel quale i suoi genitori persero la vita. Il giorno successivo, Naruto non si presenta a lezione ed Iruka chiede consiglio a Kakashi, il quale, dopo avergli ricordato il momento in cui decise di diventare un istruttore, lo sprona a tentare di comprendere il ragazzo. Quando i compagni decidono di vendicarsi dello scherzo subìto, mettendo Naruto in una situazione di pericolo, Shikamaru informa Iruka che si dirige immediatamente alla ricerca del ragazzo.

Iruka, vedendo Naruto che viene festeggiato dagli abitanti del villaggio, riporta alla mente il momento in cui divenne l'istruttore della sua classe di reclute. Durante il suo primo anno all'accademia, Naruto fallisce ogni prova che il maestro gli propone e si dimostra molto geloso di Sakura ed invidioso delle lodi degli altri studenti nei confronti di Sasuke. Finite le lezioni, Naruto apprende che l'intero Clan Uchiha è stato sterminato e che Sasuke è l'unico sopravvissuto.

Nagato riporta in vita tutti coloro che erano stati uccisi durante l'attacco e, così facendo, esaurisce il suo chakra e muore. Dopo aver recuperato i corpi di Nagato e Yahiko, Konan lascia il villaggio, riponendo le sue speranze in Naruto. Dopo aver eretto un piccolo monumento alla memoria del suo maestro, Naruto ritorna alla Foglia dove, dopo anni di sofferenze ed isolamento, viene celebrato come un eroe da tutti gli abitanti del villaggio.

Terminato il suo racconto, Nagato chiede a Naruto che intenzioni abbia. Il ninja della Foglia afferma di credere negli insegnamenti del suo maestro e di voler risparmiare Nagato. Egli cita inoltre una frase dal primo libro del loro maestro e Nagato ricorda le circostanze in cui lui stesso ha ispirato Jiraiya a scriverla. Ricordando che il suo nome proviene da quello del protagonista del libro, Naruto spiega che anch'egli ha sofferto in passato come Nagato. Quest'ultimo, convinto dal ragazzo, si appresta ad utilizzare la Tecnica della Trasmigrazione del Mondo esteriore.

Nagato prosegue il suo racconto. Raggiunti i Ninja Leggendari, gli orfani vengono attaccati e, per salvare Yahiko, Nagato ricorre nuovamente al Rinnegan, il che convince Jiraiya ad allenare i ragazzi. Passati tre anni, il maestro lascia il paese ritenendo i suoi allievi ormai autosufficienti. Questi fondano un gruppo, il cui scopo è il raggiungimento della pace senza ricorrere alla violenza, che viene contattato con un pretesto da Hanzo il quale, con l'aiuto di Danzo, gli tende un'imboscata. Per salvare Konan, Yahiko si uccide gettandosi su un kunai in mano a Nagato, il quale, in preda alla rabbia, evoca il Gedo Mazo, rimanendo gravemente ferito a sua volta, con cui uccide tutti i nemici ad eccezione di Hanzo che riesce a fuggire. Nagato afferma che la morte di Yahiko è stata la sua seconda causa di dolore.

Nagato ricorda i momenti di dolore che lo hanno fatto diventare l'uomo che è adesso. Quando era bambino, i suoi genitori vennero uccisi per errore da due ninja della Foglia ed egli, accecato dal dolore, attivò per la prima volta il Rinnegan col quale uccise i due. Rimasto solo al mondo, Nagato incontrò Konan e Yahiko, anch'essi orfani a causa della guerra. Yahiko sognava di diventare forte come un Dio, in modo da poter imporre la pace e, assistendo ad uno scontro tra Hanzo ed i Tre Ninja Leggendari, Nagato decide che il sogno del suo compagno sarebbe diventato anche il suo. Consapevoli di non essere sufficientemente forti per realizzare i propri sogni, i tre orfani si mettono alla ricerca dei Ninja Leggendari per farsi allenare.

Superati altri due ostacoli, rispettivamente una trappola col gas ed un tranello ad una cascata, i Genin vengono attaccati da alcuni ninja della Pioggia esclusi dalle fasi finali degli esami di selezione dei Chunin. Sasuke interviene per salvare gli altri, sconfiggendo gli avversari col Mille Falchi. Giunti sul luogo dov'è custodita l'eredità, i ragazzi scoprono un messaggio nascosto, lasciato in realtà da Gai, che afferma che "non esistono scorciatoie nel cammino di un ninja".

Il giorno prima della prova finale degli esami di selezione dei Chunin, Naruto viene a sapere dell'eredità del Quarto Hokage e si mette sulle sue tracce per avere un vantaggio durante gli esami. Gai gli fornisce una mappa che lo conduce ad una serie di prove, organizzate dal maestro, che il ragazzo si appresta ad affrontare assieme a Sakura ed al Team 10. Ricevuto un rotolo contenente delle istruzioni, i ragazzi superano con successo la prima prova, un ragno gigante.

Sconfitto l'ultimo corpo di Pain, Naruto si dirige verso il luogo dove si trova Nagato. Intanto, Sakura cura Hinata e Katsuyu informa i ninja della Foglia della vittoria di Naruto. Inoichi Yamanaka, Shikaku Nara e Ko Hyuga raggiungono Naruto con l'intento di unirsi a lui, ma il ragazzo insiste nell'affrontare Nagato da solo e li convince a lasciarlo andare. Naruto raggiunge Nagato e, nonostante sia in preda alla collera e desideroso di vendetta, forte degli insegnamenti di Jiraiya, non attacca il ninja della Pioggia e gli chiede di raccontargli la sua storia.

Kaede Yoshino è una bambina del Villaggio della Foglia che studia in Accademia insieme a Konohamaru Sarutobi e compare solamente nell'OAV - Trova il quadrifoglio rosso cremisi!.

Minato rivela a Naruto di essere suo padre e di aver sigillato metà del chakra del Novecode all'interno del ragazzo sedici anni prima, quando la Volpe attaccò il villaggio per ordine di Tobi. Dopo aver riattivato il sigillo di Naruto, l'Hokage si congeda dal figlio riponendo la sua fiducia in lui. Ripreso il controllo, Naruto affronta il Mondo dei Deva e riesce a scoprire, tramite la modalità eremitica, la posizione di Nagato. Distraendolo con la Tecnica Superiore della Moltiplicazione del Corpo, il ninja della Foglia riesce a colpire l'ultimo corpo di Pain, durante la fase di latenza dello Shinra Tensei, con il Rasengan.

Naruto scatena la forza della Volpe manifestando dapprima quattro code e poi sei. Si attiva quindi la tecnica sigillante contenuta nel ciondolo del Primo Hokage, ma la Volpe riesce a spezzarla ed a distruggere il pendente. Intanto, Yamato, impegnato in una missione di ricerca di Kabuto assieme a Sai ed Anko, viene a sapere che Naruto ha spezzato la tecnica sigillante e si appresta a ritornare al villaggio. Pain crea una piccola luna con il suo Chibaku Tensei ed intrappola Naruto, il quale rilascia altre due code per liberarsi, arrivando ad otto. Soggiogato dalla Volpe, Naruto sta per togliere il sigillo ottagonale all'interno della sua mente per rilasciare tutto il potere del demone, quando interviene per fermarlo il Quarto Hokage.

Hinata riporta alla mente la sua infanzia e l'incontro con Naruto e decide di intervenire nello scontro tra Pain e la forza portante. Naruto le intima di scappare, ma la ragazza resta e gli confessa il suo amore a lungo tenuto nascosto. Il Team Gai arriva alle porte del villaggio e, altrove, il gruppo di Shikamaru decide di dividersi in squadre di due elementi per cercare il vero Pain. Nel frattempo, Naruto, vedendo Pain ferire gravemente Hinata di fronte ai suoi occhi, rilascia il potere della Volpe a Nove Code.