Dopo l'attacco di Orochimaru alla Foglia, Naruto, due Jonin ed un uomo anziano, noto come l'eterno Genin, vengono mandati in missione a pattugliare i confini del Paese del Fuoco. Dopo alcuni giorni senza incidenti, un gruppo di ninja nemici attraversa il confine. I due Jonin rimangono indietro per dare modo ai Genin di dare l'allarme. L'eterno Genin prova di essere capace e coraggioso riuscendo ad avere la meglio sui ninja invasori e, ricordando le battaglie sostenute assieme ai precedenti Hokage, scorge in Naruto la somiglianza con suo padre.

Nonna Gatta, la titolare dell’emporio dove gli Uchiha sono soliti rifornirsi di armi, ricorda una vecchia missione del Team 7 che consisteva nel prendere un’impronta di una zampa di Nekomata, un grosso gatto ninja. Tale incarico avrebbe completato l'enciclopedia della zampa iniziata da Sasuke ed Itachi durante la loro infanzia. Lo stesso Itachi, che assegnava le missioni al fratello, riteneva l’incarico troppo pericoloso per lui. Per poter entrare nella fortezza di Nekomata, i tre Genin della Foglia indossano delle orecchie da gatto, ma Naruto si fa smascherare all’ingresso venendo cacciato mentre Sasuke e Sakura avanzano. Dopo aver superato alcuni gatti ninja, Sasuke riesce a sconfigge Nekomata ed a prenderne l'impronta.

Liberati gli abitanti del villaggio, Jiraiya si unisce a Naruto nello scontro con il leader dei ninja della Pioggia e la creatura da esso evocata, il re delle conchiglie. I ninja della Foglia vengono intrappolati da una tecnica di arte illusoria, ma vengono liberati da un giovane abitante del villaggio. Con il supporto del suo maestro, Naruto ha il tempo di creare un Rasengan Superiore col quale riesce a sconfiggere la creatura ed il suo evocatore. Riportata la pace nel villaggio, i due si rimettono in viaggio.

Nel suo viaggio di addestramento, Jiraiya spiega a Naruto l'importanza di imparare a difendersi dalle arti illusorie, in particolar modo quelle create dallo Sharingan. Il ragazzo inizia così l'allenamento, aiutato anche dal rospo Gamariki. Naruto riesce a superare la prima fase dell'addestramento, generando un disturbo del chakra all'interno del suo corpo. Per la seconda fase, Naruto e Jiraiya si recano presso un villaggio che scoprono essere stato invaso da alcuni ninja della Pioggia. I due ninja mettono dunque in atto un piano per liberare il villaggio.

Mentre si reca al capezzale di Tsunade, Rock Lee ricorda di come ella lo abbia aiutato a riprendersi dalle ferite subite durante gli esami di selezione dei Chunin. Quando Naruto beve l'ultima bottiglia della medicina preparata da Gai per Lee, decide di approfittare di una missione, alla quale è stato assegnato assieme a Sakura ed Ino, per recuperare il fiore necessario per prepararne dell'altra. Giunto sul posto dove cresce il fiore, Naruto ne coglie uno e viene attaccato da un clone di Gaara. Sconfitto il clone, il gruppo porta a termine la missione e fa ritorno al villaggio con il fiore, permettendo a Gai di preparare delle altre medicine per Lee.

Lo struzzo smarrito che era stato catturato dal Team 7 racconta ai suoi cuccioli un episodio del suo passato. Naruto, Shino, Rock Lee e Kotetsu vengono mandati da Tsunade nel campo d'addestramento zero, divenuto una terra di nessuno in balìa degli animali, per catturare nuovamente lo struzzo che ha imparato a parlare ed a praticare le arti marziali. Lo struzzo, con l'aiuto di altri animali combattenti, mette inizialmente in difficoltà i ninja, ma, questi, assistiti da Izumo, riescono a catturarlo. Durante la ricostruzione del Villaggio della Foglia, Naruto e l'animale si incontrano nuovamente e quest'ultimo fugge dichiarando di non volersi far catturare un'altra volta.

Mentre si recano al laboratorio di ricerca per le armi ninja della Foglia, Tenten e Neji ricordano una missione durante la quale, assieme a Naruto, sono andati al laboratorio per fare scorta di armi. Tenten, capitano del team, chiede al responsabile del laboratorio di mostrarle le nuove armi in sviluppo, ma nessuna di queste impressiona la ragazza. Dopo che il team ha esplorato il magazzino segreto, dove vengono custodite le armi migliori, il laboratorio viene attaccato da due ninja. Grazie ad un prototipo di arma, denominata Jidanda, Tenten riesce a sconfiggere i due ninja.

Sakura ricorda di quando Naruto sembrava aver contratto un pericoloso virus che rischiava di contaminare l'intero villaggio. Allo scopo di contenere l'epidemia, Tsunade fece rifugiare tutta la popolazione nelle caverne e mandò una squadra di ninja a catturare Naruto. Anche Shizune, Choji, Tenten, Kiba e Shino tentarono di catturare Naruto, ma senza alcun risultato. Quando il ragazzo si rifugiò nella stanza dove era ricoverato Sasuke, quest'ultimo lo consegnò a Tsunade che si rese conto che egli non era mai stato infetto e che si trattava di un malinteso.

Ameyuri Ringo semina il panico all'interno dell'esercito dei ninja ed uccide alcuni compagni di Omoi. Quest'ultimo, desideroso di fermare le azioni della spadaccina della nebbia, riesce ad intrappolarla in una palude senza fondo e, quindi, a sconfiggerla. L'episodio si conclude con Kakashi e Gai che ricevono la notizia che Naruto e Killer Bee sono diretti verso il campo di battaglia per aiutare l'esercito dei ninja.

Gaara ricorda una missione che ha svolto assieme al Team 7 poco dopo l'attacco di Orochimaru al Villaggio della Foglia. La missione, concepita per rafforzare il legame tra la Sabbia e la Foglia, viene interrotta da alcuni ninja mandati dai capi del Villaggio della Sabbia per eliminare Gaara, ritenuto troppo pericoloso. I compagni della sua squadra ed i membri del Team 7 salvano Gaara ed insieme portano a termine la missione. Gaara realizza che, da quel momento in poi, egli riuscì ad instaurare dei legami con i suoi conterranei ed i loro alleati che gli hanno permesso di diventare la persona che è oggi.

Naruto e Sakura ricordano un'altra missione del Team 7. Mentre stanno riportando indietro uno struzzo smarrito, i membri della squadra assistono ad un combattimento fra due spadaccini per una questione di vendetta. Quando l'uomo che cerca di vendicarsi fallisce, Naruto decide di dargli lezioni. Nonostante egli si dimostri incapace di portare a termine correttamente le missioni, prova di essere molto forte e spiega di non essere riuscito a vincere la faida poiché aveva intuito qualcosa di strano nel suo avversario. Quando i due si scontrano nuovamente, quest'ultimo rivela di essersi scambiato col fratello gemello e che entrambi sono innocenti. Alcuni malviventi tentano, allora, di attaccare i due uomini, ma l'intero Team 7 li mette in fuga. Al Villaggio della Foglia, Inari e Tazuna chiedono di Sasuke e Naruto afferma che un giorno il Team 7 tornerà insieme.

Mentre la ricostruzione del villaggio ha inizio, Naruto e Sakura incontrano Inari e Tazuna che sono venuti a dare una mano. Il gruppo ricorda il loro secondo scontro con gli uomini di Gato, i quali, dopo essere stati sconfitti la prima volta dal Team 7, tentarono nuovamente di prendere il controllo del Paese delle Onde. In quell'occasione, Inari dimostrò grande coraggio, facendo da esca e salvando un gruppo di ragazzini tenuti in ostaggio, e Naruto, Sasuke e gli abitanti del paese consegnarono alle autorità i tirapiedi di Gato una volta per tutte.

Kakashi e Gai affrontano insieme i due spadaccini della nebbia Jinpachi Munashi e Kushimaru Kuriare. Sebbene all'inizio si trovino in difficoltà, i due ninja della foglia trovano la forza di reagire dopo essersi ricordati di una loro passata missione e sconfiggono finalmente i due spadaccini della nebbia.

CERGY-PONTOISE, FRANCIA – 5 novembre 2012 – Per la gioia di tutti gli aspiranti ninja, NAMCO BANDAI Games Europe svela diverse novità su NARUTO Shippuden: Ultimate Ninja Storm 3, che sarà disponibile da marzo 2013 per Xbox 360® e PlayStation®3.

Durante la riunione dei vertici del villaggio, i presenti vengono informati che Tsunade è in coma, a seguito degli sforzi compiuti per difendere gli abitanti, e che quindi è necessario sostituirla. Dopo una prima candidatura di Kakashi, il Signore Feudale decide di eleggere Danzo Sesto Hokage. Nel frattempo, Kakashi ricorda il momento in cui gli venne assegnata la guida del Team 7 e le iniziali riserve che il Jonin aveva nei confronti dei suoi componenti.