Yamato spiega che la loro missione è di catturare una spia di Orochimaru. Sai spiega a Naruto che ha combattuto contro di lui solo per cercare di capire quanto fosse forte, dopodiché fa irritare sia Naruto sia Sakura insultandoli. Il Team Kakashi incomincia i preparativi per partire. Sai riceve una busta contenente informazioni su una missione segreta affidatagli da Danzo; viene rivelato anche il motto della Radice. Nel frattempo, Sakura racconta a Tsunade del comportamento strano di Sai, ma Danzo interrompe la loro conversazione per chiedere a Tsunade se ha selezionato un ninja degno di essere a capo di Sai. Jiraiya, Tsunade e Kakashi si riuniscono per spiegare a Yamato la situazione in cui, attualmente, si trova Naruto riguardo alla Volpe a Nove Code. Il Team Kakashi esce poco dopo dal villaggio per la nuova missione.

Naruto, Choji e Shikamaru cercano di catturare Sai, ma quest'ultimo riesce a fuggire. Homura Mitokado e Koharu Utatane, preoccupati che il Kyuubi di Naruto possa cadere nelle mani di Alba, contestano l'idea di Tsunade di inviare Naruto in missioni al di fuori del villaggio, intimandole di limitare il suo raggio d'azione. Tsunade rifiuta la proposta e promette che proteggerà Konoha con la sua stessa vita se Naruto venisse catturato a causa sua.

Il Team Kakashi ed il Team Gai ritornano a Konoha. Mentre Kakashi viene portato in ospedale, Sakura racconta a Tsunade quello che Sasori le ha raccontato prima di morire. Quattro giorni sono già trascorsi ed adesso Naruto e Sakura, con sei giorni rimanenti per arrivare al ponte Tenchi, si preparano ad organizzare un nuovo team per andare all'incontro. Naruto si precipita in giro per Konoha con lo scopo di trovare qualcuno adatto ad unirsi nel suo team, così, incontra molti dei suoi vecchi amici e chiede loro di unirsi a lui nella nuova squadra. Proprio nel momento in cui Choji accetta la proposta, Shikamaru, Choji e Naruto vengono attaccati da Sai, desideroso di testare le abilità di Naruto.

Deidara scampato all'esplosione del suo clone, inizia a cercare il braccio e l'anello persi durante il combattimento. Nel frattempo, Zetsu e Tobi arrivano sul luogo in cui è deceduto Sasori per poter recuperare il suo anello. Tobi esprime il desiderio di unirsi ad Alba, anche perché spera di poter prendere il posto di Sasori. Zetsu e Tobi, successivamente, cercano di recuperare anche l'anello di Deidara poiché lo credono morto ma, quando ritrovano l'arto del loro compagno, il ninja riappare. Gaara viene accolto con gioia da tutta la popolazione del Villaggio della Sabbia. Ogni onore viene riservato anche al ritorno della salma di Chiyo. I ninja della Foglia ripartono quindi verso casa. Nel frattempo, Danzo fornisce nuove istruzioni a Sai ordinandogli di unirsi al Team Kakashi per sostituire Sasuke.

Chiyo prova a resuscitare Gaara, ma non possiede chakra a sufficienza per la realizzazione del suo intento. Naruto offre, quindi, a Chiyo il proprio chakra per riportare in vita l'amico. Chiyo, prima di morire, dice di essere fiduciosa in Naruto e nella nuova generazione di ninja e pensa che loro riusciranno a guidare i propri villaggi verso un futuro migliore. Nel momento in cui Gaara si riprende, attorno a lui ci sono tutti i ninja arrivati dal Villaggio della Sabbia. Tutti i presenti, assieme, iniziano a pregare per l'ormai defunta Chiyo.

Naruto urla a Tobi che non avrà mai i due cercoteri mancanti mentre Bee tenta subito l'attacco, ignaro del potere del Rinnegan impiantato negli occhi delle ex-forze portanti. Naruto, che si è accorto della situazione, spiega il potere di questo occhio a Bee, lo stesso che aveva Pain e che ha già affrontato. I due si vedono tuttavia costretti a fuggire e a trovare riparo per pianificare una strategia vincente: Naruto spiega che probabilmente sono presenti dei bastoncini neri sui corpi dei redivivi per il controllo a distanza e esce allo scoperto intenzionato ad afferrarne uno, senza tuttavia avere successo. Bee decide di trasformarsi nell'Ottocode per eliminare la vegetazione circostante, che permette alla squadra di Tobi di avere un certo vantaggio grazie al Rinnegan; al quartier generale, i ninja capiscono la difficile situazione di Naruto e Bee, così Shikaku decide di mandare in loro aiuto le divisioni uno, due, tre e cinque non appena libere. Nel frattempo, sul campo di battaglia, Bee e l'Ottocode provano a sigillare le forze portanti, ma esse passano repentinamente alla "Seconda versione" diventando ancora più forti. Naruto viene furiosamente attaccato dai nemici e non riesce più a muoversi: Tobi ne approfitta e, mentre sta per risucchiarlo nella sua dimensione con il semplice tocco della mano, Kakashi e Gai intervengono per salvarlo.

Mentre Naruto inizia a perdere il controllo sopraffatto dal chakra della volpe, Kakashi, utilizzando un sigillo ricevuto da Jiraiya, ne sopprime il chakra evitando il peggio. Grazie al Byakugan di Neji, il Team Gai trova Deidara che si era nascosto. Incapace di combattere, Deidara mangia un frammento di argilla, concentra tutto il suo chakra e fa esplodere un suo clone creando una enorme esplosione che però viene fermata in tempo da Kakashi, spostandola in un'altra dimensione sempre con il suo nuovo Sharingan. Sakura si accerta successivamente della morte di Gaara; Naruto quindi incolpa Chiyo accusandola di aver causato a Gaara molte sofferenze sigillandogli il demone nel suo corpo. Chiyo, quindi, sceglie di morire per far tornare in vita Gaara utilizzando la sua tecnica.

Il Team Gai, Sakura e Chiyo si muovono velocemente verso Naruto e Kakashi seguendo lo stesso percorso utilizzato precedentemente dai due. Nel frattempo, Kakashi riutilizza il suo Sharingan ipnotico che è in grado di risucchiare in un'altra dimensione Deidara. Tuttavia, riesce solo a staccargli una parte del suo braccio. Kakashi effettua un altro tentativo, però, Deidara riesce a scappare dirigendosi verso degli alberi. Naruto, poco dopo, lo attacca riuscendo a farlo cadere dall'uccello di argilla e continua ad affrontarlo, ma, dopo avere sferrato il colpo finale, scopre di avere combattuto contro una copia. La rabbia di Naruto aumenta ed inizia a liberarsi dal suo corpo il chakra della Volpe.

Sasori, poco prima di morire, rivela a Sakura ed a Chiyo il luogo dove si sarebbe dovuto incontrare con una spia infiltrata presso Orochimaru. Nel frattempo, Naruto e Kakashi inseguono Deidara e sono ormai pronti alla lotta. Lo scontro fra il Team Gai ed i cloni si fa sempre più faticoso. Neji analizza la situazione e stabilisce che, continuando a lottare, le persone reali si stancano mentre i cloni restano immutati. Rock Lee intuisce che i cloni erano una replica esatta dei loro corpi, ma solo nel momento in cui loro avevano rimosso i sigilli. Il loro corpo e le loro esperienze, però, si sono evoluti durante il combattimento e, quindi, i corpi reali ed i cloni, a quel punto, sono diventati differenti. Tutti si impegnano al massimo delle loro forze e ciò permette al team di aggiudicarsi lo scontro.

Chiyo, per salvare Sakura, decide di utilizzare su di lei l' ultima dose rimasta di antidoto. Sasori tenta di uccidere Chiyo, ma questa, con le sue ultime due marionette, quelle dei genitori di Sasori, riesce a colpirlo nel suo unico punto debole, la parte che produce il suo chakra. Chiyo poi riesce a salvare Sakura utilizzando una tecnica di reincarnazione (Tensei ninjutsu) di sua invenzione, dando alla ragazza parte della sua energia vitale. Sasori, prima di morire, decide di rivelare alle due kunoichi che entro dieci giorni si sarebbe dovuto incontrare con una sua spia che lavora presso Orochimaru, al Ponte del Cielo e della Terra. Kakashi, nel frattempo è pronto ad utilizzare la sua nuova tecnica: lo Sharingan Ipnotico.

La battaglia tra Sakura, la Vecchia Chiyo e Sasori è iniziata. Sasori, attacca le due ninja con del fuoco e poi con dell'acqua. Successivamente Sasori ferisce nuovamente Sakura con la sua coda ma l'antidoto è ancora attivo e la ragazza non viene avvelenata. Sakura riesce a colpire e a distruggere Sasori ma il suo cuore non è stato eliminato e riesce a ricomporre il proprio corpo. A questo punto Chiyo decide di utilizzare le sue 10 marionette. Sasori ribatte sfoderando 100 marionette. Mentre Chiyo tiene impegnate le marionette del nipote, Sakura attacca Sasori bloccandone il corpo. Chiyo, viene colpita da una marionetta nemica. Sakura nota che Sasori ha impiantato il proprio cuore all'interno del corpo di una delle marionette accanto a Chiyo e sta cercando di ucciderla. Sakura si getta contro Sasori ricevendo il colpo in pieno petto.

Le ex-forze portanti comandate da Tobi si scagliano contro Naruto e Killer Bee; Utakata, entrando in contatto telepatico con Naruto, gli spiega come è stato sconfitto da Pain. Dopo il dialogo tra i due, Naruto afferma di voler fermare entrambi i Madara, sorprendendo Tobi: l'uomo che Kabuto aveva resuscitato per convincerlo ad unirsi a lui era infatti proprio Madara. L'uomo mascherato, ormai alle strette, afferma che i ninja lo possono chiamare come vogliono poiché a lui interessa solo il successo del progetto Occhio di Luna. Naruto, per tutta risposta, gli dice che gli strapperà la maschera di dosso e che avere dentro di sé la Volpe non lo rende infelice.

Sakura, dopo avere distrutto la marionetta del Kazekage, rivela a Chiyo di essersi curata le ferite grazie all'antidoto prodotto precedentemente per salvare Kankuro. L'effetto dell'antidoto la rende immune al veleno per tre minuti. Nel frattempo, Naruto e Kakashi elaborano una strategia da usare contro Deidara mentre quest'ultimo cerca di dividere i due senza, però, riuscirci. Sasori vuole concludere il duello contro Sakura e Chiyo ed utilizza un'altra marionetta umana: il proprio corpo. Inizia, così, la parte finale del combattimento.

Sakura inizia uno scontro serrato con Sasori che le scaglia contro cubi e piramidi fatti di sabbia ferrifera. Sakura, grazie alla sua incredibile forza, riesce a difendersi distruggendo, però, la volta della caverna e buona parte di essa. Il Team Gai, sentito il boato del crollo, si impegna maggiormente nel combattimento, ma senza ottenere risultati. Sasori, per porre fine allo scontro, crea un fitto roveto spinoso con la sabbia e lo scaglia contro Sakura. La giovane ninja ha un lungo flashback sugli insegnamenti della sua maestra Tsunade. Al termine dell'attacco, Sakura cade a terra ferita dal veleno presente nella sabbia. Sasori lancia all'attacco la sua marionetta mentre Chiyo è bloccata da una roccia. Poco prima di subire l'attacco finale, Sakura si rialza di scatto e distrugge la marionetta.

Sasori contrattacca con la Sabbia d'acciaio, tecnica più potente della sua marionetta umana: Chiyo e Sakura sono costrette a difendersi sacrificando un braccio di Chiyo (meccanico) e le due marionette, paralizzate dalla sabbia. Successivamente viene spiegata tramite alcuni flashback l'infanzia di Sasori, di come abbia perso i genitori e di come abbia deciso di creare le sue prime due marionette uguali a loro. Sakura si offre come "marionetta" al posto di quelle distrutte, e così inizia un'altra fase del combattimento.