Naruto riesce a liberare Son Goku dal controllo di Tobi, ma apprende che il cercoterio è comunque legato alla Statua Diabolica. Dopo aver sigillato il Tetracoda, Tobi scatena i restanti cercoteri contro Naruto. Orgoglioso della vittoria di Naruto su Son Goku, Kurama offre al giovane molto più potere, suggerendo di fondere il loro chakra. Il cercoterio considera Naruto come un amico, e quest'ultimo si decide finalmente di spezzare il sigillo, fondendo il suo chakra con la Volpe e ottenendo una versione più potente della Modalità Chakra. In questa modalità, Naruto salva Gai e Kakashi, e poi affronta i cercoteri, a cui cerca di rimuovere il ricevitore di chakra. Toccando i cercoteri, Naruto si ritrova in un piano mentale in cui parla con tutti i Demoni, apprende i loro nomi, e gli viene donato del chakra. Nel frattempo, Kurama ricorda gli ultimi momenti passati con l'Eremita dei Sei Sentieri, quando venne creato. Kurama capisce che Naruto è colui che il Saggio predisse tempo addietro, colui che mostrerà loro la strada. Tobi si vede costretto a sigillare di nuovo tutti i Demoni, e dice a Naruto che la sua momentanea vittoria non cambierà nulla.

Naruto, Sakura e Yamato partono all'inseguimento di Sai. Kabuto piazza una trappola per tentare di depistare la copia di Yamato. Quest'ultima, però, si accorge dell'inganno ed avverte il gruppo che si era fermato per permettere a Sakura di riposarsi e di curare le ferite inferte dal chakra della Volpe. Durante la sosta, Yamato prende in disparte Naruto e gli confessa che è stato lui a ferirla.

Yamato riesce a sopprimere il chakra della Volpe e Sakura cura Naruto. Nel frattempo, Sai convince Orochimaru e Kabuto a fidarsi di lui e se ne vanno via tutti e tre. La copia di Yamato avverte quest'ultimo e, poi, li insegue. Naruto, Sakura e Yamato raggiungono il luogo del precedente scontro con Orochimaru e trovano gli oggetti di Sai per terra. Yamato ipotizza che Sai stia svolgendo una missione segreta e che Danzo abbia intenzione di far cadere il Villaggio della Foglia.

NAMCO BANDAI Games Europe, uno dei più importanti sviluppatori e produttori di videogiochi al mondo, annuncia oggi che NARUTO SHIPPUDEN ULTIMATE NINJA STORM 3: FULL BURST per PC e il DLC FULL BURST per le versioni PlayStation®3 e Xbox®360 saranno disponibili in Europa dal 25 ottobre 2013. Basato sul gameplay e il mondo di NARUTO SHIPPUDEN ULTIMATE NINJA STORM 3, la nuova versione FULL BURST riunirà una selezione di 38 costumi del titolo precedente, tutti i personaggi esistenti e un nuovo capitolo con KABUTO nella modalità SAGE!

Naruto viene scaraventato dall'altra parte del ponte, ma non riporta nessun danno. Sakura rimane spaventata alla vista di Naruto in quello stato e, ripensando a quando le promise di salvare Sasuke, gli corre incontro pregandolo di smettere, ma Naruto la colpisce. Stranamente, Kabuto cura la ferita della ragazza confessando che li considera come alleati per l'eliminazione di Alba. Yamato riesce a fermare Naruto tramite una tecnica del Primo Hokage. Nel frattempo, Sai si avvicina ad Orochimaru e gli dice di non essere suo nemico e che ha un messaggio per lui da parte di Danzo, ma Orochimaru lo colpisce.

Continua lo scontro tra Orochimaru e Naruto. Con un colpo, Naruto taglia in due parti Orochimaru ma quest'ultimo riesce a ricomporre il proprio corpo. Riappare Kabuto al quale Sakura rivela che Sasori è morto ed il modo in cui sono venuti a conoscenza del loro appuntamento presso il Ponte del Cielo e della Terra. Nel frattempo, Naruto accumula una grande quantità di chakra che poi ingerisce, per scagliare un colpo di incredibile potenza dal quale Orochimaru si difende evocando tre cancelli Rashoumon davanti a sé. I cancelli vengono comunque distrutti dal colpo ma Orochimaru riesce ugualmente a colpire Naruto con la sua spada Kusanagi.

Kabuto tenta di colpire Naruto, ma viene sbalzato all'indietro colpendo in pieno Sakura che sviene e rischia di cadere dal ponte. Nel frattempo, Sai disegna un uccello e vola verso i due combattenti, non ascoltando gli ordini di Yamato che gli imponevano di salvare Sakura. Yamato recupera la ragazza in extremis. A causa di un violento colpo di Naruto, Orochimaru rigenera il proprio corpo affermando, inoltre, che Sasuke resta il più forte nonostante Naruto abbia il chakra della Volpe. Naruto, allora, si infuria e genera la quarta coda trasformandosi completamente. Yamato, dopo avere soccorso Sakura, invia una copia di legno a seguire il combattimento.

Sakura e Shizune, sconfitti i loro avversari, si recano in aiuto di Naruto e Bee. Intanto, Tobi cerca di risucchiare Son Goku e Naruto, che è ancora all'interno del cercoterio. Bee continua a provare a tirar fuori il ragazzo, senza successo, mentre a Naruto viene l'idea di utilizzare la Tenica Superiore della Moltiplicazione del Corpo, per farsi vomitare da Son. Il piano riesce e Naruto torna nuovamente libero, con Bee che festeggia. Il Tetracoda riesce a dire a Naruto che il suo ricevitore chakra si è spostato dal petto al collo a causa della trasformazione nella "Seconda versione". Naruto, appreso ciò, si fionda a rimuoverlo, entrando nella modalità chakra della Volpe e scusandosi in anticipo con Son Goku. Tobi, vista la situazione, prova ad intralciare Naruto muovendo le catene del cercoterio. Nel frattempo, Kurama ricorda i successi conseguiti in passato da Naruto, e pensa che se egli vuole davvero salvare tutti i cercoteri, deve agire come ha sempre fatto. Naruto prova a togliere il ricevitore, con l'aiuto di un clone rimasto all'interno del Tetracoda riuscendoci.

Son Goku parla con Naruto, dicendogli che la loro non è un'alleanza, anche se è stato salvato dal ragazzo, a meno che Naruto non gli mostri che può veramente fidarsi. Nel frattempo, Kurama medita sul fatto se conosce veramente Naruto, pensando che nessuno eguaglierà mai la potenza di un cercoterio. Il demone riflette su tutta la vita del ragazzo, sui suoi tentativi di rompere il sigillo per liberarsi dal corpo di Naruto, che non è mai stato soggiogato dalla sua volontà, e sulle numerose vittorie ottenute.

Naruto, provocato da Orochimaru e da Kabuto, inizia a far fuoriuscire il chakra della Volpe. Dopo che la prima coda si è completamente formata, Naruto colpisce Orochimaru scaraventandolo nella foresta. Una volta ripreso, Orochimaru riconosce in Yamato la persona su cui aveva effettuato esperimenti tempo prima e nella quale risiede parte del DNA del Primo Hokage. Sempre più infuriato, Naruto sviluppa altre due code.

Dopo che Sai si è accertato che non ci sia nessuno intorno al ponte, Yamato si trasforma in Sasori (sotto forma di Hiruko) e si reca all'incontro. Arrivata la spia, che si rivela essere Kabuto, Yamato inizia una conversazione aspettando il momento giusto per catturarlo. Quando quest'ultimo sta per agire, appare Orochimaru che lo smaschera e Kabuto rivela di non essere più sotto il comando di Sasori, ma che ha sempre seguito di sua volontà Orochimaru. A Yamato non rimane altra scelta che far intervenire Naruto, Sakura e Sai, rimasti nascosti.

Il Team Kakashi esegue una simulazione della cattura della spia (interpretata per l'occasione da Yamato). Sai, pur di catturare il "nemico", non esita a mettere in difficoltà Naruto lasciandolo bloccato da un serpente da lui creato. Il ninja si dedica all'inseguimento ed alla cattura della finta spia. Terminata la prova, Sai spiega a Sakura che, per lui, è più importante preoccuparsi del compimento della missione che dei compagni di squadra. Egli è anche curioso di conoscere il motivo per cui Naruto voglia salvare a tutti i costi Sasuke. Sakura gli spiega che, per Naruto, Sasuke è come un fratello. Sai risponde che suo fratello è morto e che da tempo non è in grado di provare emozioni. Il giorno seguente, il Team Kakashi raggiunge il ponte.

Sakura osserva Sai disegnare e si accorge che possiede un vero talento artistico. Parlando con lui, la ragazza scopre anche che il ninja non ha mai dato un titolo alle sue opere. Naruto e Sakura iniziano a comprendere il motivo per cui Sai possiede un carattere così particolare. La squadra si rimette in cammino. Yamato è molto cauto circa eventuali trappole poste sul percorso e, per questo motivo, decide di lasciare la strada principale ed attraversare la foresta. Accampandosi per la notte, Yamato crea una casa di legno utilizzando l'Arte del legno. All'interno, il team si riunisce per riflettere sulle differenti tattiche da utilizzare durante la cattura della spia.

Naruto, Sakura, Sai e Yamato partono da Konoha per catturare la spia infiltrata da Alba nel covo di Orochimaru. Iniziano i primi litigi fra Naruto, Sakura ed il nuovo compagno: Sai insulta sia Naruto sia Sasuke scatenando l'ira dei componenti della squadra. A quel punto, Yamato decide di far riposare tutti alle terme per aiutarli a migliorare il loro lavoro di squadra, ma la faccenda si rivela più complessa del previsto.

Dopo avere ucciso lo Zetsu Bianco usando il Susanoo del suo Sharingan ipnotico eterno, Sasuke si dirige sul campo di battaglia alla ricerca di Naruto. Nel frattempo, mentre Kakashi e Gai apprendono che Tobi sta usando una grande quantità di chakra per avere il pieno controllo dei cercoteri, Naruto viene contattato dall'Ottacoda, che gli rivela che Tobi sta già gestendo il Pentacoda. Appreso ciò, il Nove Code esprime il suo disprezzo per come è stato trattato dagli esseri umani, ricordando Madara e il clan Uzumaki, da Mito, la moglie del Primo Hokage, a Kushina, madre di Naruto e moglie del Quarto Hokage. Improvvisamente, il Quattrocode inghiotte Naruto, che incontra il cercoterio all'interno del suo stesso corpo. Questi rivela il suo nome, Son Goku, e rivela in vero nome della Volpe a Nove Code, Kurama. Dopo una breve discussione su come sono stati trattati i cercoteri nel corso del tempo, il Quattrocode vede in Naruto un qualcosa di diverso, e vuole sapere dal ragazzo se il suo desiderio di aiutare i cercoteri sarebbe rimasto intatto. Dopodiché, chiede a Naruto di liberarlo dalla catene.