Naruto continua a fare progressi e Yamato decide di spiegargli i rapporti tra i cinque chakra fondamentali: il vento di Naruto è debole contro il fuoco di Sasuke, ma è forte contro il fulmine di quest'ultimo. Kakuzu resiste all'attacco di Choji, ma viene colpito alle spalle da Kakashi che lo trafigge con il Mille Falchi. Tuttavia, resta vivo e mostra una delle sue abilità: egli possiede quattro maschere sulla schiena che fuoriescono, acquisiscono un corpo autonomo e sono in grado di attaccare. Una delle maschere muore appena esce, ma Kakuzu attacca i ninja della Foglia con vento, fulmine e fuoco.

Kakuzu era un ninja traditore del Villaggio della Cascata ed il partner di Hidan. La prima sillaba del nome Kakuzu è anche il simbolo di kakugy: l'alfiere dello shogi; lo stesso vale per il nome del suo compagno Hidan.

L'Organizzazione Alba ha ormai terminato di estrarre il Gatto a Due Code e, così, Hidan e Kakuzu si rimettono in viaggio alla ricerca della Volpe a Nove Code. Naruto, nel frattempo, sta continuando l'allenamento con Yamato. Il Team 10, insieme a Kakashi, tende un'imboscata ai due membri di Alba. Shikamaru riesce ad immobilizzare i due con il controllo dell'ombra, ma Kakuzu riesce a liberarsi utilizzando nuovamente le fibre che fuoriescono dal suo corpo; tuttavia, viene colpito da un attacco di Choji.

Al funerale di Asuma prendono parte tutti i ninja, eccetto Shikamaru che, accecato dalla rabbia, inizia a prepararsi per vendicare il maestro. Una mattina, lui, Ino e Choji partono per scovare il duo di Alba e, nonostante le proteste di Tsunade, al trio si aggrega anche Kakashi.

Naruto continua l'allenamento che si rivela sempre più arduo e complicato. Egli scopre che, per creare la sua nuova tecnica, ha bisogno di un'altra copia. Intanto, Alba sta sigillando il Gatto a Due Code e Pain coglie l'occasione per spiegare che l'obiettivo finale dell'organizzazione è conquistare il mondo. Il Villaggio della Foglia viene a sapere del decesso di Asuma.

Kabuto chiede a Sasuke se si fidi davvero di Itachi e gli propone di unirsi a lui per distruggere il Villaggio della Foglia. Il giovane Uchiha rifiuta seccamente e l'ex sottoposto di Orochimaru spiega che lui e Itachi sono simili: entrambi hanno infatti lavorato come spie per il loro villaggio ottenendo in cambio solo disonore e perdendo la propria identità. A questo punto Itachi rivela al fratello l'esistenza della tecnica Izanami, il complementare di Izanagi che utilizzerà per bloccare l'Edo Tensei. Kabuto, che dice di essere l'unico ad avvicinarsi all'Eremita dei Sei Sentieri, attacca i due fratelli e comincia a parlare loro della sua infanzia, dicendo di non aver avuto niente di suo sin dalla più tenera età.

Ormai, Asuma sembra prossimo alla morte, ma i due membri di Alba vengono fermati dal team composto da Choji, Ino, Raido ed Aoba. Hidan e Kakuzu vengono contattati da Pain che ordina loro di raggiungere gli altri per sigillare l'ultimo cercoterio catturato e questi se ne vanno. Nonostante le ferite, Asuma augura ai suoi ex-allievi di diventare più forti e sussurra qualcosa a Shikamaru per poi fumarsi la sua ultima sigaretta e morire.

Hidan è ancora vivo e Kakuzu gli ricuce la testa al corpo (grazie a delle specie di fibre che fuoriescono dalle sue mani) ed inizia a colpire violentemente Asuma che sviene. Anche Shikamaru è allo stremo delle forze e Kakuzu ne approfitta per attaccarlo. Izumo e Kotetsu intervengono in suo aiuto, ma vengono sopraffatti facilmente dalla superiorità dell'avversario. Nel frattempo, Hidan tenta di sferrare il colpo di grazia ad Asuma che lo evita e colpisce in pieno proprio Hidan, il quale era già rientrato nel cerchio ed Asuma accusa il colpo. Hidan si trafigge ancora ferendo gravemente il Jonin.

Nonostante sia stato colpito in pieno, Hidan non sembra affatto soffrire, ma è Asuma stesso ad accusare il colpo: Hidan è in grado di "condividere" il dolore con l'avversario (a condizione che abbia bevuto il suo sangue e sia dentro il cerchio). Shikamaru riesce, comunque, ad intrappolarlo con le sue tecniche permettendo, così, al suo maestro di decapitarlo mentre Kakuzu continua ad osservare tranquillo il combattimento.

Mentre gli altri gruppi sono alla ricerca del duo, il team di Asuma localizza la loro posizione e tende un'imboscata ad Hidan ferendolo gravemente, ma questi è ancora vivo e sembra non provare dolore. Allora, Asuma inizia a combattere contro Hidan mentre Shikamaru lo supporta con le ombre. Izumo e Kotetsu tengono sott'occhio Kakuzu che osserva il combattimento del compagno senza intervenire. Hidan riesce a ferire Asuma e, dopo avere bevuto il sangue perso dall'avversario, disegna un cerchio per terra e vi si posiziona all'interno mentre Asuma lo colpisce in pieno con una tecnica di fuoco.

Kakashi spiega a Naruto che il Rasengan è una tecnica incompleta, infatti, il suo maestro (il Quarto Hokage) aveva creato la tecnica con lo scopo di fonderla con il chakra elementale e confessa al ragazzo che lo reputa l'unico in grado di sorpassare l'Hokage. Naruto, incoraggiato da tali parole, inizia la terza ed ultima fase dell'addestramento. Intanto, Hidan e Kazuzu arrivano al punto di scambio dove riscuotono il denaro della taglia di Chiriku.

Le venti squadre continuano la ricerca ed il team composto da Asuma, Shikamaru, Izumo e Kotetsu giunge al tempio del Fuoco dove trovano i cadaveri dei monaci, eccetto quello di Chiriku. Saputo che su quest'ultimo pende una taglia, Shikamaru intuisce che lo stanno portando ad una stazione di scambio e, così, avvertono le altre 19 squadre di recarsi nelle cinque stazioni del Paese mentre un vecchio monaco avverte Asuma del pericolo dato che anche lui ha una taglia, superiore di 5 milioni di ryo a quella di Chiriku. Intanto, Kakashi, dopo avere portato Naruto a rifocillarsi da Ichiraku, mostra al ragazzo una cosa interessante: il Jonin esegue un Rasengan.

Hidan e Kakuzu portano con sé il cadavere di Chiriku per riscattare la taglia. Tsunade invia venti squadre alla loro ricerca per fermarli e Naruto continua ad allenarsi nel tagliare una cascata usando un gran numero di copie giorno e notte, sotto la sorveglianza di Kakashi e Yamato. Una notte, Sakura, seduta sul proprio letto a guardare una vecchia foto del Team 7, pensa a Sasuke, a Naruto ed alle parole di Yamato versando, infine, una lacrima. Il giorno seguente, Naruto riesce, finalmente, a tagliare la cascata completando, così, la seconda fase dell'addestramento.

Appena concluso lo scontro, arriva Zetsu a prelevare il corpo di Nii Yugito. Hidan e Kakuzu si dirigono verso il Paese del Fuoco in cerca di un'altra forza portante. Giungono al tempio del Fuoco dove vengono affrontati da Chiriku che, però, ha la peggio. Kakuzu decide di vendere il cadavere per intascare la sua taglia di 30 milioni di ryo. Nel frattempo, Naruto riprende l'allenamento con Kakashi e Yamato e, dopo avere nuovamente tagliato le foglie con le copie, passa alla seconda fase: tagliare una cascata creata da Yamato.

Mentre il villaggio si sta riprendendo dall'invasione, giunge un rapporto da Jiraiya e Kakashi (partiti per spiare un eventuale spostamento di Alba ai confini del Paese) nel quale viene affermato che due ninja stanno sconfiggendo i Paesi confinanti: si tratta proprio di Hidan e Kakuzu. Questi, nel frattempo, riescono a sconfiggere Nii Yugito, trasformata in Demone Gatto, e Kakuzu, alla fine dello scontro, afferma che il loro prossimo obiettivo sarà il Paese del Fuoco.