Mentre è in corso la prima notte della guerra, l'attenzione si sposta sull'accampamento dei ninja medici. Per evitare infiltrazioni nemiche il quartier generale ingaggia una squdra di sensitivi per controllare se il chakra del ferito è quello nemico oppure di un ninja dell'alleanza ninja. In particolare Neji Hyuga entra nella tenda di Sakura per farsi curare le ferite esterne, ma nei dintorni c'è un ninja che desta sospetto e infatti arriva la prima vittima e quindi tutti i ninja medici cominciano a sopettare l'uno dell'altro. Questo tipo sospetto alla fine si rivela essere un ninja che cercava Sakura per dichiarare il suo amore per lei ricevendo un rifiuto, intanto continuano gli assassinii. Infine il sospetto era Neji, questo perchè lo Zetsu bianco quando aveva rubato il chakra del primo ha potuto riprodurlo in maniera originale e perfetta utilizzando una speciale tecnica della traformazione ma Sakura lo abbatte subito con uno stratagemma legato alla ferita di Tonton (il maialino di Tsunade). Nel frattempo, il quartier generale deve rivedere con attenzione i piani e Itachi e Nagato fanno la loro comparsa.

Naruto e la Volpe discutono sulla guerra. In particolare, la Volpe accusa Naruto di ingenuità chiedendogli come crede di poter porre fine ad una guerra con le sue forze, mettendolo di fronte al fatto che, in fin dei conti, non è riuscito a fermare neppure l'amico Sasuke. Naruto e la Volpe riportano alla memoria la prima volta che Naruto si è scontrato con Sasuke, ai tempi dell'accademia, momento che rappresenta anche la prima volta che il ragazzino si è accorto dell'odio che alberga dentro Sasuke. Naruto, però, non si lascia scoraggiare e persevera nel suo obiettivo di fermare la guerra, cambiare Sasuke e cambiare persino la Volpe.

Zetsu nero trovati i Daimyo li attacca ma arriva in protezione una squadra capitanata dalla Mizukage. Tsunade e il Raikage, saputo che Naruto e Bee sono scappati, si muovono di persona per raggiungerli. Madara con lo scopo di recuperare la giara con dentro i fratelli Oro e Argento fa la sua comparsa evocando la Statua Demoniaca e creando parecchio trambusto. Dopo pochi minuti Madara riesce nel suo intento e scappa nuovamente teletrasportandosi, mentre la sua creatura scompare essendo una evocazione. Intando, calata la notte, Kabuto richiama nelle tombe una parte dei corpi da lui controllati. Intanto al quartier generale si fa il punto della situazione: l'alleanza ninja ha perso 40 mila uomini su 80 mila mentre i nemici ne han persi 50 mila su 100 mila. Madara, parecchio eccitato per aver con se il potente chakra dei fratelli Oro e Argendo, ha in mente di completare la sua creatura per poi poter concludere definitivamente la battaglia il giorno seguente. Naruto intanto, insieme a Bee, stanno arrivando il più velocemente possibile sul campo di battaglia!

Naruto, che, in precedenza, aveva percepito la presenza di Kinkaku e Ginkaku sul campo di battaglia, esce dalla stanza dell'allenamento per capire cosa sta succedendo. Gli bloccano la strada Iruka ed altri ninja della Foglia per impedirgli di scappare: Naruto entra in modalità eremitica e sente la sofferenza dei suoi amici decidendo subito di andare a combattere malgrado Iruka gli spieghi che la guerra è iniziata proprio per proteggere lui e Bee. Dopo la fuga di Naruto, Iruka chiede a Bee di seguirlo per proteggerlo; quest'ultimo afferma che Iruka è una persona molto importante e speciale per il ragazzo e che quest'ultimo tiene molto al suo parere, ma, al tempo stesso, non può, come Iruka già sapeva, fare a meno di scendere in battaglia per salvare i suoi amici. Bee accetta il compito di guardia del corpo di Naruto e le due forze portanti, insieme, distruggono una barriera rigenerante a trentasei strati che doveva tenerli bloccati.

Naruto attacca Tobi, mentre Kakashi, ancora confuso, viene spronato da Gai ad unirsi alla battaglia. L'uomo mascherato scatena una pioggia di giganteschi ricevitori chakra che riescono ad immobilizzare l'Ottocoda e Bee e, nel frattempo, riesce ad evitare l'attacco di Naruto entrando totalmente nell'altra dimensione. Tuttavia Tobi realizza che Kakashi non solo è in grado di teletrasportare il Rasengan nella stessa dimensione, ma anche il clone di se stesso. Messo alle strette, Tobi viene colpito dal Rasengan di Naruto in pieno volto, attacco che manda in frantumi la maschera e rivela l'identità dell'uomo: Obito Uchiha. Naruto apprende da Gai che Obito, creduto morto durante la Terza Grande Guerra Ninja, fu amico e compagno di squadra di Kakashi. Nel frattempo, quest'ultimo, incredulo, chiede spiegazioni ad Obito; egli dice che tutte le azioni effettuate finora le ha fatte a causa della morte di Rin. Naruto cerca di motivare Kakashi devastato mentre Obito viene raggiunto da Madara Uchiha.

Al fine di trovare una chance di vittoria, Choza, padre di Choji, offre una mano a Shikamaru e ad Ino per sigillare il maestro Asuma mentre Choji è ancora bloccato e traumatizzato dal fatto che non riesce a sfoderare la sua rabbia contro il suo avversario. In un flashback, che mostra Choji quando era appena un Genin nel momento in cui aveva ricevuto gli orecchini secondo la tradizione dal suo clan, Choza, parlando con Asuma, gli confessa che il figlio è troppo debole e codardo e che verrà sconfitto subito in missione; il maestro, però, lo smentisce dicendogli che Choji è un ninja colmo di gentilezza e che, un giorno, questa si trasformerà in forza e sarà indispensabile per la protezione del villaggio. Choji, pensando a questo evento ed al suo giuramento fatto davanti al padre come 16º capo del Clan Akimichi, si riprende ed assume un atteggiamento fisico e psicologico diverso dal normale: si trasforma, infatti, in farfalla senza l'ausilio della pillola calorica diventando magro ed alto e, con grande determinazione, riesce, finalmente, a colpire in pieno Asuma spedendolo alla squadra di sigillo. Prima di essere sigillato, Asuma afferma che la squadra Ino-Shika-Cho è completa e che non ha più niente da imparare. Infine, Choji, pieno di coraggio, prende il comando e giura di porre fine alla battaglia.

La Squadra dieci, composta da Shikamaru, Choji ed Ino, incontra nuovamente un vecchio nemico, Kakuzu, resuscitato grazie alla Resurrezione Impura. Mentre i tre sono pronti allo scontro, consapevoli del pericoloso avversario, Shikaku ordina ai tre di lasciare al team di Darui il compito di sigillare il redivivo e di occuparsi di un'altra persona, cioè il loro maestro Asuma Sarutobi, deceduto dopo lo scontro contro Hidan. Il trio sembra molto preparato all'inizio dello scontro, soprattutto Shikamaru ed Ino che, sotto l'ordine del loro stesso maestro, eseguono tecniche per concludere al più presto la battaglia; nell'istante in cui il loro maestro è in procinto di capitolare ancora una volta, Choji gli sferra un pugno con la Tecnica dell'Espansione Parziale, ma, al momento dell'impatto, quest'ultimo si ferma perché il suo cuore è troppo gentile e nobile e non potrebbe mai colpire uno dei suoi compagni, ma, anzi, sarebbe disposto a sacrificarsi per la loro incolumità.

I ninja resuscitati sono all'inseguimento della squadra capitanata da Kankuro. L'ex-leader del Villaggio della Pioggia, Hanzo la Salamandra, è tra i ninja resuscitati e utilizza un veleno paralizzante per fermare gli avversari. Prima che le cose peggiorino Mifune e i suoi samurai giungono in salvataggio del gruppo. Mentre Chiyo e Kimimaro affrontano i samurai, Mifune sfida Hanzo, con il quale aveva già duellato in passato. Durante lo scontro Hanzo comprende di aver abbandonato i valori in cui credeva e sceglie di redimersi utilizzando il suo veleno contro sé stesso, permettendo così all'esercito di sigillarlo.

​Ino vede improvvisamente Sakura cadere dal cielo. Al suo risveglio la ragazza sembra però aver perso la memoria e anche le cose che riesce a ricordare risultano alquanto strane. I suoi amici allora s'impegnano per farle ritornare la memoria ma quando accade Sakura capisce di non essere la ragazza che loro credono di conoscere.

Il Quarto Raikage per fermare Kinkaku ordina a Mabui di inviare l'orcio d'ambra a Darui. Intanto, quest'ultimo riceve l'ordine da Shikaku di resistere fino all'arrivo della formazione Ino-Shika-Cho che avrà il compito di sigillare Kinkaku proprio nell'orcio d'ambra. Grazie allo stratagemma della formazione Ino-Shika-Cho, questi ultimi riescono a sigillare Kinkaku, ma proprio dopo la battaglia appare Kakuzu che rivela ai ragazzi che Kabuto ha fra i suoi "resuscitati" anche il loro maestro Asuma.

L'attacco di Naruto viene prontamente contrastato da Tobi, che afferma che la statua diabolica non può essere ostacolata da nessuno. Il gruppo, quindi, decide di attaccare in massa; tuttavia Tobi riesce nuovamente a cavarsela, e riesce anche ad annullare il Kamui di Kakashi, lasciando quest'ultimo in confusione. Naruto si divide dal gruppo e prova ad attaccare in solitaria, fallendo, poiché riesce appena a tener testa a Tobi. Kakashi sferra un nuovo attacco contro Tobi, e con l'aiuto di Naruto, i due riescono a scalfire la maschera del ninja. Frustrato da tale situazione, Tobi erige una barriera a protezione della statua diabolica, mentre Kakashi cerca di capire le abilità del ninja mascherato; egli capisce che entrambi possiedono tecniche identiche, e chiede a Tobi dove ha ottenuto lo Sharingan. Quest'ultimo afferma di averlo ottenuto durante la battaglia al Ponte Kannabi, notizia che lascia Kakashi incredulo. Tobi prosegue col dire che il mondo non ha più speranza, ma Naruto rigetta l'idea del nemico, mentre Kurama comanda al giovane di prepararsi.

Inizia lo scontro fra Darui, Samui e Atsui contro i fratelli Kinkaku e Ginkaku. Il Raikage è preoccupato e vorrebbe intervenire nel combattimento in quanto è consapevole della forza dei due fratelli, ma Tsunade gli consiglia di lasciare il tutto ai suoi soldati e di rimanere alla base per poter comandare l'esercito. Mentre i Kage discutono, i due fratelli rilasciano quattro dei cinque tesori dell'Eremita delle Sei Vie e sigillano sia Atsui che Samui. Darui, tuttavia, riesce a sfuggire alle manovre dei due avversari e, dopo essersi impadronito di alcuni degli oggetti magici, riesce a sigillare Ginkaku. Per la rabbia, Kinkaku, che come il fratello possiede dentro di sé una parte del chakra della Volpe a Nove Code, si trasforma nella seconda versione della Volpe, provvista di sei code, e si prepara ad affrontare l'intera divisione di Darui.

Zetsu Nero cerca di rapire i Daimyo rifugiati in una fortezza protetta da vari ninja dell'alleanza shinobi ma si rivela una trappola per catturare eventuali assalitori. Zetsu riesce comunque a sfuggirvi e continua la sua ricerca dei Daimyo. Intanto, comincia il combattimento tra la prima compagnia guidata da Darui e gli Zetsu bianchi. Altrove il terzo Tsuchikage raggiunge il reggimento di Gaara per affrontare il secondo Tsuchikage Muu.

Kabuto non vuole lasciare all'alleanza shinobi il tempo di pensare e richiama sul campo di battaglia quattro dei più forti Kage della storia: Muu, il Secondo Tsuchikage, S, il Terzo Raikage (padre dell'attuale Raikage), il secondo Mizukage ed il Quarto Kazekage (padre di Gaara). In particolare, Muu è un ninja dalle capacità straordinarie in grado di rendersi invisibile ai ninja sensoriali.

Suigetsu e Jugo, accortisi della scarsa sorveglianza, riescono ad evadere con successo dalla prigionia dei samurai. Intanto, la terza divisione dell'alleanza shinobi, capitanata da Kakashi, si scontra con i sette spadaccini della Nebbia, implacabili grazie alle loro straordinarie abilità; Zabuza su tutti che, con il suo Velo di Nebbia, crea non pochi problemi. Tuttavia, grazie ad una strategia ideata da Kakashi in collaborazione con gli altri shinobi, il ninja riesce a mettere fine a questo scontro inframezzato da flashback che riguardano i due nemici/rivali. Infine, un individuo capace di rendersi invisibile si avvicina alla quarta divisione, ma Gaara è attento e si prepara all'ormai prossimo contatto col nemico.