Nel prologo, sfalsato a livello temporale rispetto all'inizio reale della serie, compare Sasuke nel covo di Orochimaru. All'inizio reale della puntata, Naruto e Jiraiya ritornano a Konoha e vengono ripresentati alcuni personaggi come Sakura, Konohamaru, Shikamaru, Temari e Kakashi.

Naruto scopre di essere rimasto l'unico genin della sua fascia d'età. Kakashi ripropone a Naruto e Sakura la sfida dei campanelli. Nel frattempo al Villaggio della Sabbia, dove Gaara è diventanto il nuovo Kazekage, arrivano due membri di Alba: Deidara e Sasori.

Inizia la sfida dei campanelli. Naruto e Sakura dimostrano di essere migliorati molto in forza, tecnica, ma soprattutto scaltrezza. Nel frattempo Deidara, membro di Alba, invade da solo il villaggio della Sabbia alla ricerca del Kazekage, che vuole rapire. Gaara interviene per difendere se stesso ed il proprio villaggio. Ha così inizio lo scontro tra i due.

Naruto e Sakura, sfruttando la passione di Kakashi per il libro di Jiraiya "Tattiche paradisiache", riescono a togliere al loro ex-maestro i campanelli ed a vincere la sfida. Nel frattempo, lo scontro fra Deidara e Gaara continua; il primo tenta di colpire il nemico con degli attacchi di argilla esplosiva, il secondo cerca di catturare l'avversario con le sue tecniche di sabbia.

Deidara riesce a sfuggire dalla Gabbia di sabbia di Gaara, ma quest'ultimo riesce ad intrappolargli il braccio nella sabbia ed a staccarglielo. Nel frattempo, Kankuro ricorda come il fratello sia riuscito a superare la sua crisi ed a decidere di non trasformarsi più nel demone Shukaku. Deidara, nel tentativo di distrarre Gaara, lancia una gigantesca bomba contro il Villaggio della Sabbia.

La bomba fatta cadere da Deidara sul Villaggio della Sabbia viene neutralizzata da Gaara, il quale crea un gigantesco scudo di sabbia per contenere l'esplosione consumando, però, molto chakra. Deidara approfitta del momento di distrazione per attaccare Gaara attivando dei piccoli ragni di argilla esplosiva precedentemente immessi nella sua sabbia.

Deidara riesce a colpire Gaara ed a farlo svenire. Successivamente, lo rapisce e lo trasporta fuori dal villaggio. Kankuro decide di seguire Gaara per provare a liberarlo riuscendo a raggiungere Deidara e Sasori all'alba. Kankuro sfodera le sue armi migliori, ma gli attacchi con le marionette sembrano inefficaci contro Sasori.

Tsunade, dopo avere ricevuto il messaggio di aiuto da parte del Villaggio della Sabbia, invia immediatamente il Team Kakashi in missione per aiutarli. Kankuro, durante il combattimento, viene avvelenato da Sasori; privo di sensi, viene riportato al Villaggio della Sabbia dalla squadra di ricognizione.

Al Team Kakashi si aggiunge Temari, incontrata sulla strada per il Villaggio della Sabbia. Naruto, durante il viaggio, rivela agli altri componenti della squadra che lui è la Forza Portante del demone Kyuubi. Nel frattempo Baki si reca dai due anziani del villaggio, Chiyo ed Ebizo, informandoli dell'attacco di Sasori e richiedendo il loro aiuto.

Gaara viene portato da Deidara e Sasori nel covo di Alba, nel Paese del Fiume; Il capo dell'organizzazione convoca le immagini dei membri per poter procedere all'estrazione del demone dal corpo di Gaara. Nel frattempo Tsunade manda il Team Gai a supporto del Team Kakashi; quest'ultimo giunge al villaggio di Suna, dove ormai Kankuro giace moribondo.

Il Team Kakashi arriva giusto in tempo per salvare Kankuro: Sakura, utilizzando le tecniche insegnate da Tsunade, riesce ad estrarre il veleno dagli organi di Kankuro ed a creare tre dosi di antidoto contro il veleno. Quando Kankuro riprende conoscenza, consegna a Kakashi un pezzo di tessuto del vestito di Sasori dando modo a Kakashi di far annusare il frammento di tessuto ai suoi cani, i quali si mettono immediatamente alla ricerca di Sasori.

Naruto, Sakura e Kakashi partono dal Villaggio della Sabbia per raggiungere il covo di Alba: a loro si aggiunge Chiyo che decide di partecipare alla missione in quanto nonna di Sasori. Nel frattempo, il Team Gai incontra Pakkun che indica loro dove si trova il covo di Alba. Il gruppo si affretta per poter essere di supporto al Team Kakashi. L'organizzazione, però, manda incontro ai due team, spiati da Zetsu, Kisame Hoshigaki ed Itachi Uchiha.

Lo scontro tra il Team Gai e Kisame ha inizio. Nel frattempo Kakashi spiega a Naruto, Sakura e Chiyo il pericolo dello Sharingan Ipnotico di Itachi ed alcuni suoi punti deboli. Il Team Gai viene rapidamente sottomesso da Kisame e Gai si ritrova a combatterlo da solo. Kakashi guida l'attacco, e si lancia per primo, contro Itachi. Naruto segue Kakashi eliminando una copia di Itachi, ma si ferma in quanto i suoi compagni svaniscono lasciandolo da solo contro tre Itachi.

Naruto capisce di essere finito in un'illusione creata da Itachi. Continua lo scontro fra Gai e Kisame. Il ninja della Foglia, trascinato sott'acqua, sembra in difficoltà, ma, grazie all'apertura di sei delle otto porte, riesce a salvarsi ed a ribaltare le sorti dell'incontro. Nel frattempo, Naruto, ricordando gli insegnamenti di Jiraiya, tenta di liberarsi dall'illusione.

Naruto, grazie all'intervento di Chiyo e Sakura, riesce ad uscire dalla tecnica illusoria di Itachi. Nel frattempo, Gai, utilizzando la tecnica dell'Asa Kujaku (Pavone del mattino) riesce a sconfiggere Kisame. Naruto, contemporaneamente, riesce a sconfiggere Itachi con la sua personale versione migliorata del Rasengan, l'Oodama Rasengan (Rasengan Superiore); tuttavia, i due team scoprono che i membri di Alba sconfitti non sono Itachi e Kisame, ma un ninja sconosciuto e Yura, un Jonin del Villaggio della Sabbia.

Una volta battuti i rispettivi avversari, il Team Kakashi ed il Team Gai si rimettono in marcia verso il covo di Alba. Chiyo rivela, incrementando l'urgenza di salvare Gaara, che, nel tentativo di controllare la forza dei cercoteri, questi venivano sigillati all'interno di corpi umani (chiamati jinchuriki: forze portanti) e che l'umano utilizzato da contenitore muore nel momento in cui il biju viene estratto dal suo corpo. Nel frattempo, gli anziani del Villaggio della Sabbia impediscono a Kankuro di organizzare una squadra per cercare Gaara, con la motivazione che l'ultima volta che era successo un evento del genere il villaggio era rimasto senza difese ed era stato attaccato. Zetsu, nel frattempo, si libera dei cadaveri dei due contenitori utilizzati da Itachi e Kisame mangiandoseli.

Il Team Gai e il Team Kakashi finiscono la loro pausa e si dirigono in direzione del covo di Alba. Naruto mostra una forte passione nella missione e nella premura di raggiungere Gaara. Chiyo nota questo e Kakashi spiega che anche Naruto è un Jinch?riki e che conosce bene la sofferenza che ha attraversato nella sua vita Gaara. Chiyo, a sua volta, spiega che è stata lei il ninja che ha chiuso Shukaku all'interno di Gaara, con lo scopo di proteggere il Villaggio della Sabbia. Nel frattempo, i membri dell'organizzazione Alba finiscono di estrarre Shukaku da Gaara. Il Team Gai e il Team Kakashi si incontrano finalmente di fronte all'entrata del covo di Alba. Deidara e Sasori li aspettano.

Il Team Gai ed il Team Kakashi scoprono che il covo di Alba è protetto da una barriera, generata da cinque sigilli che impediscono l'apertura di un accesso al covo. Così, i quattro membri del Team Gai si recano a rimuovere i quattro sigilli di protezione attaccati nel bosco mentre Kakashi rimuove la nota sull'ingresso del covo. Quando la barriera viene disattivata, Sakura può distruggere l'enorme masso posizionato all'entrata ed il Team Kakashi con Chiyo entrano nel covo. I membri di Alba, nel frattempo, avevano lasciato il covo, ad eccezione di Deidara e Sasori che erano rimasti in attesa degli intrusi.

Ogni membro del team Gai deve affrontare una propria copia, con le stesse caratteristiche sia fisiche che tecniche; quindi non è loro possibile correre in aiuto del Team Kakashi, che deve a sua volta dividersi. Naruto e Kakashi inseguono Deidara, scappato con il cadavere di Gaara, mentre Chiyo e Sakura restano a fronteggiare Sasori, il quale si toglie il manto scoprendo la sua vera forma, una marionetta a forma di scorpione.

Sakura e Chiyo iniziano il combattimento contro Hiruko, la diciottesima marionetta di Sasori. Hiruko è una marionetta che non viene comandata dall'esterno, ma dall'interno in modo da proteggere meglio il suo manovratore, in questo caso Sasori. Chiyo conosce bene questa marionetta anche se l'anziana teme che Sasori ne abbia leggermente modificato la forma e le armi. Sakura e Chiyo si lanciano contro Hiruko e, una volta evitati tutti gli attacchi, Sakura distrugge la marionetta. Sasori è, quindi, costretto ad uscire allo scoperto. Nel frattempo, Naruto, carico di collera, tenta di attaccare Deidara che, però, lo evita e gli dice che anche lui finirà come Gaara e che non c'è speranza nemmeno per Sakura e Chiyo in quanto il maestro Sasori è molto forte. Kakashi, nel frattempo, studia la situazione.

Con la sua marionetta distrutta, Sasori è costretto a mostrarsi a Chiyo e Sakura. Chiyo rimane sorpresa nel vedere che il suo aspetto è lo stesso di vent'anni prima quando lasciò il villaggio. Con un po' di nostalgia, Sasori - utilizzando un rotolo - richiama il Terzo Kazekage, il quale è stato trasformato in una marionetta umana. Utilizzando quest'ultimo come arma, Sasori riesce ad intrappolare Sakura in una nube di gas velenoso. Nel frattempo, Kankuro, Ebizo ed il team di Temari cercano di raggiungere il covo di Alba per soccorrere Gaara.

Sakura viene confinata nella nube tossica del Terzo Kazekage ed immobilizzata da cappi lanciati dallo stesso. Nel frattempo, il Team Gai combatte ancora con le proprie copie, ma nessuno sembra in grado di sconfiggerle definitivamente. Chiyo non sa cosa fare per salvare la sua alleata, la quale fa esplodere una carta-bomba per dissipare il fumo e liberarsi. Il combattimento prosegue e Chiyo sfodera le prime due marionette create da Sasori, la madre ed il padre del ragazzo.

Sasori contrattacca con la Sabbia d'acciaio, tecnica più potente della sua marionetta umana: Chiyo e Sakura sono costrette a difendersi sacrificando un braccio di Chiyo (meccanico) e le due marionette, paralizzate dalla sabbia. Successivamente viene spiegata tramite alcuni flashback l'infanzia di Sasori, di come abbia perso i genitori e di come abbia deciso di creare le sue prime due marionette uguali a loro. Sakura si offre come "marionetta" al posto di quelle distrutte, e così inizia un'altra fase del combattimento.

Sakura inizia uno scontro serrato con Sasori che le scaglia contro cubi e piramidi fatti di sabbia ferrifera. Sakura, grazie alla sua incredibile forza, riesce a difendersi distruggendo, però, la volta della caverna e buona parte di essa. Il Team Gai, sentito il boato del crollo, si impegna maggiormente nel combattimento, ma senza ottenere risultati. Sasori, per porre fine allo scontro, crea un fitto roveto spinoso con la sabbia e lo scaglia contro Sakura. La giovane ninja ha un lungo flashback sugli insegnamenti della sua maestra Tsunade. Al termine dell'attacco, Sakura cade a terra ferita dal veleno presente nella sabbia. Sasori lancia all'attacco la sua marionetta mentre Chiyo è bloccata da una roccia. Poco prima di subire l'attacco finale, Sakura si rialza di scatto e distrugge la marionetta.

Sakura, dopo avere distrutto la marionetta del Kazekage, rivela a Chiyo di essersi curata le ferite grazie all'antidoto prodotto precedentemente per salvare Kankuro. L'effetto dell'antidoto la rende immune al veleno per tre minuti. Nel frattempo, Naruto e Kakashi elaborano una strategia da usare contro Deidara mentre quest'ultimo cerca di dividere i due senza, però, riuscirci. Sasori vuole concludere il duello contro Sakura e Chiyo ed utilizza un'altra marionetta umana: il proprio corpo. Inizia, così, la parte finale del combattimento.

La battaglia tra Sakura, la Vecchia Chiyo e Sasori è iniziata. Sasori, attacca le due ninja con del fuoco e poi con dell'acqua. Successivamente Sasori ferisce nuovamente Sakura con la sua coda ma l'antidoto è ancora attivo e la ragazza non viene avvelenata. Sakura riesce a colpire e a distruggere Sasori ma il suo cuore non è stato eliminato e riesce a ricomporre il proprio corpo. A questo punto Chiyo decide di utilizzare le sue 10 marionette. Sasori ribatte sfoderando 100 marionette. Mentre Chiyo tiene impegnate le marionette del nipote, Sakura attacca Sasori bloccandone il corpo. Chiyo, viene colpita da una marionetta nemica. Sakura nota che Sasori ha impiantato il proprio cuore all'interno del corpo di una delle marionette accanto a Chiyo e sta cercando di ucciderla. Sakura si getta contro Sasori ricevendo il colpo in pieno petto.

Chiyo, per salvare Sakura, decide di utilizzare su di lei l' ultima dose rimasta di antidoto. Sasori tenta di uccidere Chiyo, ma questa, con le sue ultime due marionette, quelle dei genitori di Sasori, riesce a colpirlo nel suo unico punto debole, la parte che produce il suo chakra. Chiyo poi riesce a salvare Sakura utilizzando una tecnica di reincarnazione (Tensei ninjutsu) di sua invenzione, dando alla ragazza parte della sua energia vitale. Sasori, prima di morire, decide di rivelare alle due kunoichi che entro dieci giorni si sarebbe dovuto incontrare con una sua spia che lavora presso Orochimaru, al Ponte del Cielo e della Terra. Kakashi, nel frattempo è pronto ad utilizzare la sua nuova tecnica: lo Sharingan Ipnotico.

Sasori, poco prima di morire, rivela a Sakura ed a Chiyo il luogo dove si sarebbe dovuto incontrare con una spia infiltrata presso Orochimaru. Nel frattempo, Naruto e Kakashi inseguono Deidara e sono ormai pronti alla lotta. Lo scontro fra il Team Gai ed i cloni si fa sempre più faticoso. Neji analizza la situazione e stabilisce che, continuando a lottare, le persone reali si stancano mentre i cloni restano immutati. Rock Lee intuisce che i cloni erano una replica esatta dei loro corpi, ma solo nel momento in cui loro avevano rimosso i sigilli. Il loro corpo e le loro esperienze, però, si sono evoluti durante il combattimento e, quindi, i corpi reali ed i cloni, a quel punto, sono diventati differenti. Tutti si impegnano al massimo delle loro forze e ciò permette al team di aggiudicarsi lo scontro.

Il Team Gai, Sakura e Chiyo si muovono velocemente verso Naruto e Kakashi seguendo lo stesso percorso utilizzato precedentemente dai due. Nel frattempo, Kakashi riutilizza il suo Sharingan ipnotico che è in grado di risucchiare in un'altra dimensione Deidara. Tuttavia, riesce solo a staccargli una parte del suo braccio. Kakashi effettua un altro tentativo, però, Deidara riesce a scappare dirigendosi verso degli alberi. Naruto, poco dopo, lo attacca riuscendo a farlo cadere dall'uccello di argilla e continua ad affrontarlo, ma, dopo avere sferrato il colpo finale, scopre di avere combattuto contro una copia. La rabbia di Naruto aumenta ed inizia a liberarsi dal suo corpo il chakra della Volpe.

Mentre Naruto inizia a perdere il controllo sopraffatto dal chakra della volpe, Kakashi, utilizzando un sigillo ricevuto da Jiraiya, ne sopprime il chakra evitando il peggio. Grazie al Byakugan di Neji, il Team Gai trova Deidara che si era nascosto. Incapace di combattere, Deidara mangia un frammento di argilla, concentra tutto il suo chakra e fa esplodere un suo clone creando una enorme esplosione che però viene fermata in tempo da Kakashi, spostandola in un'altra dimensione sempre con il suo nuovo Sharingan. Sakura si accerta successivamente della morte di Gaara; Naruto quindi incolpa Chiyo accusandola di aver causato a Gaara molte sofferenze sigillandogli il demone nel suo corpo. Chiyo, quindi, sceglie di morire per far tornare in vita Gaara utilizzando la sua tecnica.

Chiyo prova a resuscitare Gaara, ma non possiede chakra a sufficienza per la realizzazione del suo intento. Naruto offre, quindi, a Chiyo il proprio chakra per riportare in vita l'amico. Chiyo, prima di morire, dice di essere fiduciosa in Naruto e nella nuova generazione di ninja e pensa che loro riusciranno a guidare i propri villaggi verso un futuro migliore. Nel momento in cui Gaara si riprende, attorno a lui ci sono tutti i ninja arrivati dal Villaggio della Sabbia. Tutti i presenti, assieme, iniziano a pregare per l'ormai defunta Chiyo.

Deidara scampato all'esplosione del suo clone, inizia a cercare il braccio e l'anello persi durante il combattimento. Nel frattempo, Zetsu e Tobi arrivano sul luogo in cui è deceduto Sasori per poter recuperare il suo anello. Tobi esprime il desiderio di unirsi ad Alba, anche perché spera di poter prendere il posto di Sasori. Zetsu e Tobi, successivamente, cercano di recuperare anche l'anello di Deidara poiché lo credono morto ma, quando ritrovano l'arto del loro compagno, il ninja riappare. Gaara viene accolto con gioia da tutta la popolazione del Villaggio della Sabbia. Ogni onore viene riservato anche al ritorno della salma di Chiyo. I ninja della Foglia ripartono quindi verso casa. Nel frattempo, Danzo fornisce nuove istruzioni a Sai ordinandogli di unirsi al Team Kakashi per sostituire Sasuke.