Continua lo scontro tra Sasuke e Naruto che si scontrano usando le loro tecniche più potenti, il Rasengan contro il Mille Falchi, respingendosi a vicenda. Sasuke immobilizza Naruto e cerca di colpirlo con la tecnica dei Mille Falchi. Naruto gli racconta di come Sasuke sia per lui come un fratello maggiore. Grazie al segno maledetto Sasuke sfonda il petto di Naruto con la sua tecnica ma Naruto usa il potere della volpe per liberarsi e con il suo potere la sua ferita si rimargina subito.

Sasuke a causa della rabbia che prova verso Naruto, riesce a far evolvere il suo Sharingan fino a manifestare 3 tomoe. Grazie al nuovo potere, Sasuke è in grado di vedere perfettamente il movimento di Naruto prima che questi lo colpisca e, in questo modo, riesce a non farsi mai colpire. Naruto sviene in seguito ad un colpo molto violento. La Volpe a nove code sigillata dentro di lui si sveglia, dando a Naruto un potentissimo chakra visibile a occhio nudo a forma di volpe a Naruto nasce la prima coda (questo fa quindi supporre che questa sia 1/9 della potenza della volpe a 9 code) inoltre Naruto ha le orecchie di chakra. Naruto non lascia scampo a Sasuke che, costretto, usa una mossa estrema, il segno maledetto al secondo livello.

Sasuke fa evolvere il suo Sigillo Maledetto a livello 2. I due utilizzano quindi per la seconda volta le loro tecniche più potenti: il Mille Falchi di Sasuke contro il Rasengan di Naruto. L'energia sprigionata dalla contrapposizione dei colpi racchiude i due in una sfera di chakra nero. Sasuke colpisce Naruto, mentre questi riesce solo a graffiare il copri-fronte di Sasuke. Sasuke potrebbe ora uccidere Naruto, che nel frattempo è svenuto, ma non lo fa poiché vuole ottenere il potere dello Sharingan ipnotico a modo suo e se ne va verso il rifugio di Orochimaru. Sul finale si vede Zetsu dell'Organizzazione Alba, che ha osservato il combattimento.

Kakashi riporta Naruto a casa. Tsunade dice a Shikamaru che la missione è fallita, ma che la cosa più importante è che tutti siano tornati vivi. Naruto rinnova a Sakura la sua promessa di riuscire a riportare al villaggio Sasuke, che nel frattempo ha raggiunto Orochimaru. Jiraiya si offre di allenare Naruto per tre anni, per farlo diventare più forte. Tre anni è il tempo necessario prima che Orochimaru possa trasferirsi nel corpo di Sasuke. Sul finale si vede una conversazione di Alba dove dicono che ritorneranno tra tre anni e che cercheranno la Volpe a Nove Code di Naruto.

Sakura è depressa per via del tradimento di Sasuke, così decide di cercare il Villaggio del Suono da sola. Però, viene scovata da Naruto e Jiraiya e quest'ultimo sta partendo per una missione nel Paese del Suono, quindi decide di portarsi con sé anche i due ragazzi.

I tre arrivano in una città e Jiraiya decide di andarci, mentre ordina ai due di rimanere fuori. Il Sennin viene attaccato da un gruppo di ladri, ma se la cava, mentre Naruto e Sakura incontrano un ninja che fugge da tre tipi. Portano in salvo il ninja e si rifugiano in una capanna. Lì si scopre che il ninja è una donna, di nome Sasame, e che è diretta anch'essa nel Villaggio del Suono. D'improvviso vengono di nuovo attaccati dai tre.

Naruto riesce a liberarsi dai 3 ninja con l'aiuto di Jiraiya. Mentre si recano al rifugio di Orochimaru, si fermano a pranzare e Sasame mette del sonnifero nei loro the e così si addormentano. Sasame chiama i tre ninja facenti parte del clan Fuuma, che per ristabilire la potenza del loro clan ormai scomparso si affidano a Orochimaru, e tentano di ucciderli, ma Jiraiya aveva intuito la trappola. I ninja del clan Fuuma vengono sconfitti e Sasame viene perdonata (il suo vero intento era rivedere suo cugino Arashi che si trova da Orochimaru).

Naruto,Sakura e Jiraiya riescono ad intrufolarsi nel rifugio di Orochimaru ma quando arriva il momento di separarsi finiscono con il cadere nelle trappole del malvagio Sennin. Sakura incontra Kabuto e i due iniziano a combattere.

Naruto interviene in aiuto di Sakura e combatte con Kabuto che però alla fine si rivela solo un altro componente del clan Fuuma.

Si scopre che né Orochimaru né Sasuke si trovano nel rifugio segreto, la trappola è stata organizzata dai servitori del malvagio Sennin appartenenti al Clan Fuuma. Tornati al villaggio, Sakura chiede a Tsunade di prenderla come allieva e l'Hokage accetta.

Mentre Jiraiya riparte per un'altra missione, lasciando Naruto scontento, qualcosa sta accadendo alla prigione di massima sicurezza del villaggio dove i due fratelli detenuti Vento e Fulmine vengono irretiti da Mizuki. Tsunade si accorge che Mizuki potrebbe avere avuto tale incarico da Orochimaru e manda Asuma e Kurenai a interrogarlo. Naruto per caso sente tutto. Ma essi vengono accolti dai prigionieri in silenziosa rivolta, capeggiati da Mizuki, e quando Naruto arriva li trova a terra svenuti.

Kurenai e Asuma sono tratti in salvo e portati in ospedale, mentre un gruppo capeggiato da Shizune insegue i fuggitivi grazie al fiuto del maialino Tonton, ma cadono in una trappola di Mizuki e Tonton torna solo al villaggio. Naruto, che in ospedale ha sentito che Orochimaru è coinvolto, parte al salvataggio di Shizune impaziente di battersi con lui e salvare Sasuke. Intanto Mizuki e i fratelli si rifugiano da Tsubaki, la sua fidanzata, dove lui mostra un aspetto piuttosto insano e ossessivo, la colpisce e se ne vanno. Iruka si ricongiunge a Naruto, trovano Shizune e continuano a inseguirli ma cadono in un'imboscata dentro un canyon, dove scoprono che quella Shizune è in realtà Mizuki e così i due sono costretti a dare battaglia.

Visto che con i fratelli poco si può fare, Naruto e Iruka inseguono ancora Mizuki nel bosco, mentre l'uno va avanti e ingaggia battaglia, Naruto è costretto a fermarsi a causa di Tuono e Fulmine e deve trovare un modo per liberarsene. Flashback sulla giovinezza e amicizia di Iruka e Mizuki, col primo che è titubante ad attaccare un compagno ma si sblocca. Naruto sta per essere sconfitto ma viene salvato da Shikamaru e i suoi compagni.

Naruto insegue Mizuki mentre Shikamaru, Choji e Ino cercano di tenere a bada i fratelli. Mizuki porta Iruka in un edificio dove spiega la sua frustrazione di non essere mai stato riconosciuto al villaggio nonostante la sua bravura. Flashback su una missione completata a scapito di un compagno, sull'esame non superato proprio per quell'episodio. Poi entra dentro per sfidare Iruka nell'oscurità dove Mizuki è in vantaggio. Naruto raggiunge l'edificio, che però esplode e crolla sotto i suoi occhi.

Naruto ritrova Iruka incolume. Arriva Tsubaki che supplica Iruka e Naruto di lasciarla venire con loro in modo da poter salvare il suo amato. Intanto quest'ultimo ruba delle sostanze dal laboratorio del clan Nara. Tsubaki confida loro che il furto del rotolo proibito era per Orochimaru. Nel frattempo Shikamaru, Choji e Ino continuano a trattenere i due fratelli. Mizuki, seguendo le indicazioni dategli in passato da Orochimaru, arriva in un covo segreto dove prepara una pozione, la beve e si trasforma.

Mizuki, dopo essersi trasformato ed aver acquisito velocità e forza, combatte contro Iruka e Naruto. Uzumaki riesce a parare lo shuriken lanciato da Mizuki contro Iruka, rievocando a parti invertite ciò che successe nello scontro precedente con Mizuki. Intanto, Ino, Shikamaru e Choji, sono allo stremo delle forze nel combattimento contro i fratelli Tuono e Fulmine, ma fortunatamente in loro soccorso arriva Tsunade che riesce ad ammansire i fratelli. Di seguito, Mizuki sviluppa ulteriormente la sua forza ma a scapito della velocità, cosa che permetterà a Iruka di architettare un piano e con l'aiuto di Naruto, a sconfiggere il traditore.

Il Team 8 (Shino, Kiba, Hinata) e Naruto partono in missione alla ricerca dei Bikochu, rari insetti capaci di rintracciare Sasuke grazie al loro olfatto prodigioso. Però non sono i soli.

I ninja del Team 8 si accorgono di essere inseguiti, ma per il momento decidono di non ingaggiare battaglia e di non dire nulla a Naruto, per non agitarlo. Hinata, preoccupata di essere d'ostacolo al gruppo riesce a localizzare un Bik?ch?, permettendo a Naruto di catturarlo. Prima che il Team 8 potesse lasciare la foresta, Hinata viene sequestrata e i rapitori chiedono come riscatto il Bikochu.

Si scopre che i rapitori appartengono al clan Kamizumo, acerrimo rivale del clan Aburame. Il loro scopo è di usare un Bikochu per ritrovare il rotolo proibito, in modo da poter ristabilire l'onore del clan. I compagni di Hinata nascondono il Bikochu e tentano di salvarla, ma cadono in una trappola. Intanto, Hinata tenta di scappare.

Hinata riesce a liberarsi e va in soccorso dei suoi compagni, che erano stati catturati. La ragazza utilizza una speciale tecnica di Difesa Assoluta inventata da lei che è in grado di respingere gli attacchi dei ninja del clan Kamizumo. Una volta liberati gli altri, Naruto sconfigge definitivamente il nemico. Quando nasce il Bikochu, egli annusa l'odore sbagliato e quindi la missione è fallita.

Naruto, Neji e Tenten sono inviati da Tsunade, su richiesta di Shima (un emissario) nel Paese degli Uccelli per uccidere un fantasma, Noroimusha, che sta terrorizzando la popolazione locale. Durante il viaggio, Shima li informa che il Daimyo è morto, e che Sagi, suo figlio, sta dubitando delle sue capacità a causa della morte prematura di sua sorella Toki. Arrivati al paese, entrano subito in contatto con il fantasma Noroimusha e lo inseguono: Neji scopre che in realtà nell'armatura del fantasma non c'è la presenza di nessun essere vivente.

Anko svela che la Zona Proibita, chiamata Isola del Demone, è uno dei tanti rifugi di Orochimaru. Il gruppo raggiunge l'isola e scopre il laboratorio dove sono presenti le cavie degli esperimenti del Sennin. Naruto, Ino e Shino cadono in una trappola, invece Anko riesce ad aggirarla.