Il Team 7 e Kabuto combattono contro i ninja della Pioggia dopo essere riusciti a smascherare le loro tecniche illusorie.

Il Team 7 recupera l'ultimo rotolo e completa la seconda fase dell'esame Chunin. Tuttavia, i Genin restanti devono affrontare un esame preliminare per riuscire ad entrare nella terza fase dell'esame Chunin.

Viene scoperta la vera identità di Kabuto, ossia quella di un traditore di Konoha. Nel frattempo inizia l'incontro tra Sasuke e Yoroi Akado.

  Prosegue lo scontro tra Sasuke e Yoroi Akado. Sasuke resiste, nonostante il forte dolore provocato dal Sigillo Maledetto. Sasuke è in difficoltà e ricordandosi di Rock Lee nel loro precedente scontro, usa lo stesso calcio che il ragazzo usò contro di lui e che Sasuke aveva copiato con lo Sharingan, che sfrutta per una nuova tecnica inventata da lui. Kakashi decide di aiutare Sasuke alla fine dello scontro creando un ulteriore sigillo attorno al Sigillo Maledetto.

Misuri e Kankuro si preparano alla sfida per le eliminatorie. Sasuke e Kakashi incontrano Orochimaru, che decide di venire allo scoperto.

Kankuro riesce a sconfiggere Misumi grazie alla tecnica del marionettista. Naruto non è molto d’accordo, ma il maestro Kakashi gli fa notare che rientra tutto nelle regole. Intanto sta per cominciare lo scontro tra Ino e Sakura.

La battaglia tra Sakura e Ino si intensifica man mano che vengono svelati i legami di amicizia e rivalità tra le due ragazze. Lo scontro si conclude in parità.

Le sfide preliminari continuano con lo scontro tra Temari e Tenten e con la sfida tra Shikamaru Nara e Kin Tsuchi.

Naruto ha finalmente la possibilità di combattere contro Kiba Inuzuka del Team 8 e durante lo scontro dimostra il suo notevole miglioramento rispetto all'accademia. Ma Kiba e il suo cane Akamaru sono molto forti agendo in coppia

Lo scontro tra Naruto e Kiba continua. Naruto riesce a liberarsi di Akamaru facendolo colpire dallo stesso Kiba grazie ad un trucco geniale. Naruto vince lo scontro con la sua nuova tecnica.

Neji Hyuga ed Hinata Hyuga combattono per difendere il proprio onore e quello delle rispettive famiglie.

Hinata è decisa a dimostrare il proprio valore a Neji, continuando a combattere.

Rock Lee viene sorteggiato per combattere contro il potente e pericoloso Gaara della Sabbia. Durante lo scontro Rock Lee si libera dei pesi che aveva sulle gambe e diventa rapidissimo. Rock Lee usa il Loto frontale su Gaara.

L'attacco di Rock Lee è andato a vuoto e Gaara inizia a colpirlo ripetutamente con la sabbia. Rock Lee, ormai prossimo alla sconfitta, sceglie di sbloccare le porte del chakra giocandosi il tutto per tutto.

Rock Lee finalmente mostra la sua tecnica migliore: l'apertura delle Otto Porte. Gaara si prepara per una prova di forza sanguinaria. Rock Lee colpisce Gaara con la potentissima tecnica, ma lui risponde stritolando il braccio e la gamba sinistra di Rock Lee con la sabbia, vincendo lo scontro: I medici dicono che a causa delle ferite provocate da Gaara, Rock Lee non sarebbe più potuto essere un ninja.

L'ultimo incontro dei preliminari del terzo esame vede come sfidanti Choji Akimichi e Dosu Kinuta. Naruto scopre che avrà un nuovo maestro per prepararsi al terzo esame per diventare Chinin.

Naruto, per prepararsi al terzo esame Chunin, inizia ad allenarsi con Ebisu, con alcune conseguenze inaspettate.

Ebisu viene "sconfitto" da una persona sconosciuta, che si rivela essere l'eremita dei rospi Jiraiya. Questo decide di allenare Naruto.

Il villaggio della sabbia e quello del suono vogliono attaccare il villaggio della foglia. Nel frattempo, Jiraiya cerca di insegnare una nuova tecnica a Naruto, il quale, però, non fa molti progressi.

Naruto continua ad allenarsi, mentre Ino e Sakura vanno in ospedale a trovare Sasuke. Le due ragazze scoprono, però, che Sasuke è scappato. Naruto fa alcuni progressi nell'apprendimento della tecnica del richiamo.

Jiraiya, per stimolare Naruto nell'apprendimento della nuova tecnica, lo pone in una situazione di pericolo. Il ragazzo, in preda al panico, sfrutta il chakra della Volpe a Nove code e riesce ad eseguire la tecnica del richiamo.

Naruto riesce a evocare Gamabunta, il più potente tra i rospi evocabili, che però non si lascia comandare molto facilmente.

Naruto, dimesso dall'ospedale, va a trovare Rock Lee. Nella sua stanza trova Gaara che sta cercando di ucciderlo. Il ragazzo della Sabbia racconta qualcosa del suo passato triste. Lui ha dentro di sé il demone tasso della Sabbia, inoltre da quando compì 6 anni, suo padre ha tentato di ucciderlo così tante volte che lui stesso aveva perso il conto. Inoltre Gaara dice che non trovava uno scopo nella sua vita quando era piccolo e isolato da tutti e scelse di odiare tutti e di amare solo se stesso e che la sua ragione di vita era fare del male agli altri.

Inizia la finale degli esami Chunin. Naruto incontra Konohamaru che insiste ad accompagnarlo. Passando per finti passaggi segreti, i due si perdono e Naruto arriva in ritardo al combattimento, rischiando di essere eliminato dalla sfida.

Inizia lo scontro tra Naruto e Neji.

Nonostante gli sforzi, Naruto non riesce a colpire Neji. Il ragazzo, infatti, sta usando la tecnica della difesa assoluta. Scopriamo intanto anche la ragione dell’odio di Neji verso Hinata, ed un pezzo di storia del Clan Hyuga.

Dopo aver subito la tecnica delle 64 chiusure, Naruto prova a risvegliare il chakra della volpe a nove code, e tra lo stupore generale, ci riesce. Dopo uno scontro incredibile, tuttavia si vede Neji davanti a un Naruto a terra, ma all'improvviso il vero Naruto salta fuori dal sottosuolo e colpisce Neji finendolo; il Naruto a terra era solo una copia per ingannare l'avversario.

Terminato lo scontro tra Naruto e Neji, tutti attendono l'arrivo di Sasuke, che deve disputare il prossimo incontro.

Sasuke non è ancora arrivato. I giudici decidono quindi di far partire l'incontro successivo ovvero quello tra Kankuro e Shino ma il ninja della Sabbia stranamente si ritira così tocca a Temari e Shikamaru. Quest'ultimo non ha molta voglia di combattere. Dopo vari colpi Shikamaru intrappola Temari nel suo Controllo dell'Ombra, infatti si capisce che il ragazzo non ha fatto altro che spingere Temari nel punto desiderato per bloccarla e per farlo ha sfruttato il tunnel creato da Naruto per battere Neji, ma nonostante avesse praticamente vinto il "Genio svogliato" si arrende dicendo che si era rotto le scatole di combattere.

Dopo una trepidante attesa, arriva finalmente Sasuke, pronto a combattere contro Gaara. Naruto e Shikamaru vedono Gaara uccidere due Jonin del villaggio dell'erba.

Inizia il combattimento fra Sasuke e Gaara. Sasuke sembra avere la meglio.

Gaara rimane nella sua sfera di sabbia per proteggersi e usa il Terzo Occhio per controllare Sasuke ma, quest'ultimo, a sorpresa, dimostra il perché del suo ritardo, sfodera la tecnica personale di Kakashi, il Mille Falchi, con cui sfonda la sabbia e colpisce Gaara che, vedendosi sanguinare la prima volta, deraglia e, dal buco che ha formato, Sasuke vede un occhio di Gaara diverso dal solito (giallo con un rombo nero all'interno) che preoccupa Sasuke. Il segnale per l'invasione è partito.

Il Kazekage (Orochimaru mascherato) prende in ostaggio l'Hokage. Nel frattempo ha inizio l'invasione del villaggio della Foglia.

Pakkun (evocato da Kakashi), Naruto, Sakura e Shikamaru inseguono Sasuke come viene loro ordinato. Intanto, Orochimaru, utilizzando la tecnica della resurrezione, mette in difficoltà il Terzo Hokage richiamando in proprio aiuto il Primo ed il Secondo Hokage (stava per evocare anche il Quarto Hokage ma viene fermato dal Terzo Hokage che lo impedisce).

Continua l'inseguimento di Sasuke, ma il quartetto si accorge presto di avere a loro volta degli inseguitori. Shikamaru rimane indietro per tentare di bloccarli tendendo loro una trappola.

Lo scontro fra Orochimaru, aiutato dai corpi dei primi due Hokage, ed il Terzo Hokage entra nel vivo. il Terzo Hokage evoca la scimmia Enma. Sasuke, intanto, raggiunge il gruppo di Gaara.

Lo scontro continua. Intanto Sasuke raggiunge i fuggitivi ed è costretto a combattere contro Temari per poter poi raggiungere Kankuro e Gaara.

Sarutobi, utilizzando la tecnica del Quarto Hokage, riesce a sigillare su di sé le anime del Primo e Secondo Hokage e tenta anche di sigillare Orochimaru. Jiraiya va in aiuto delle sentinelle impegnate contro i serpenti giganti. Nel frattempo, Shino arriva in aiuto di Sasuke e si sostituisce a lui nel combattimento contro Kankuro. Sasuke parte quindi all'inseguimento di Temari e Gaara.

Lo scontro tra Shino e Kankuro finisce in parità. Nel frattempo Gaara svela la sua vera identità a Sasuke. Lo scontro fra Sarutobi ed Orochimaru resta in situazione di stallo.

Lo scontro fra Sasuke e Gaara entra nel vivo e Sasuke pensa di aver finalmente capito perché Itachi non l'ha ucciso, per non essere tormentato dal senso di colpa di aver ucciso tutto il clan. La battaglia fra Sarutobi ed Orochimaru resta in stallo.

Finalmente Naruto, Sakura e Pakkun raggiungono i duellanti, appena in tempo per bloccare la mossa finale di Gaara. Naruto si sostituisce a Sasuke nel combattimento contro Gaara

Lo scontro fra Naruto e Gaara entra nel vivo. Nel frattempo la battaglia fra il Terzo Hokage ed Orochimaru resta in situazione di stallo.

Proprio quando Naruto sembra avere la meglio con la sua tecnica della Moltiplicazione, Gaara completa la trasformazione nel demone Tasso. Naruto a sua volta, riesce finalmente ad evocare Gamabunta (stupendo Sasuke), dando così inizio allo scontro fra il Tasso e il Rospo.

Naruto e Gamabunta, attraverso una trasformazione combinata, prendono le sembianze di Kyuubi (volpe a nove code). In questo modo riescono a svegliare il medium spirituale del Tasso (Gaara) e quindi a sopraffare il demone; intanto, ha inizio il contrattacco (terza fase del piano di evacuazione) del villaggio della Foglia. Nel frattempo il Terzo Hokage, avendo quasi esaurito le sue forze capisce che non può strappare l'anima a Orochimaru, perciò decide di usare la poca forza che gli rimane per sigillargli le braccia, così da impedirgli di usare ancora le Arti Magiche e le Tecniche proibite. Poco prima di spegnersi l'Hokage rivede Orochimaru come il suo giovane allievo.

Tutto il villaggio della Foglia è in lutto per la morte del Terzo Hokage, sacrificatosi nel tentativo di usare la tecnica del Sigillo del Diavolo contro Orochimaru. Quest'ultimo resta in vita ma perde l'utilizzo delle braccia (e quindi delle arti magiche). Gaara è allo stremo delle forze dopo il combattimento con Naruto, quest'ultimo dice a Gaara che sa quanto abbia sofferto perché ha provato le stesse cose quando era bambino, ma ora che aveva degli amici era disposto a tutto pur di salvarli. Queste parole toccano profondamente Gaara, ma Temari e Kankuro lo prendono e lo portano via. Durante il ritorno, Gaara pensa a Naruto, dicendo che un giorno anche lui avrebbe amato e poi si scusa per la prima volta nella sua vita, con i suoi fratelli.

Naruto e Sasuke sono impegnati rispettivamente nei loro allenamenti e quest'ultimo, ripensando a Gaara contro Naruto, inizia a sentirsi inferiore all'amico. Intanto Itachi Uchiha e Kisame varcano i confini della Foglia contrastati prima da Asuma e Kurenai ed in seguito da Kakashi.

Itachi sfodera una delle sue migliori armi, la tecnica della luna insanguinata attraverso lo Sharingan ipnotico e Kakashi non riesce a contrastarlo. Gai arriva in aiuto del gruppo, ma Itachi e Kisame, dopo aver rivelato di essere in caccia di Kyuubi (volpe a nove code) interrompono la battaglia e riprendono le ricerche di Naruto che, nel frattempo, sta per partire con Jiraiya alla ricerca di Tsunade, il terzo Ninja Leggendario (Densetsu no Sennin).

Jiraiya e Naruto si mettono in marcia, giungono al paese di Shikuba e soggiornano in un albergo per la notte. Intanto Sasuke, saputo che Itachi ha fatto ritorno per dare la caccia a Naruto, inizia a cercarli. Itachi, infine, riesce a scoprire dove risiede Naruto. Il ragazzo è solo nella stanza d'albergo perché Jiraiya si è allontanato.