Naruto cerca di attirare l'attenzione su di sé, creando caos e confusione nel Villaggio della Foglia.

Konohamaru, nipote del Terzo Hokage, decide di seguire Naruto per superare la fama di suo nonno.

Naruto, Sakura e Sasuke sono membri del Team 7 dell'Accademia dei Ninja. Naruto farà di tutto per attirare l'attenzione di Sakura la quale, invece, preferisce Sasuke.

Naruto e Sakura, sfruttando la passione di Kakashi per il libro di Jiraiya "Le Tattiche della Pomiciata", riescono a togliere al loro ex-maestro i campanelli ed a vincere la sfida. Nel frattempo lo scontro fra Deidara e Gaara continua; il primo tenta di colpire il nemico con degli attacchi di argilla esplosiva, il secondo cerca di catturare l'avversario con le sue tecniche di sabbia.

La squadra 7 continua l'esercitazione di sopravvivenza. Il gruppo scopre qual'è il modo di superare il test.

Dopo sette missioni classificate D, al Team 7 viene data la possibilità di affrontare una missione di livello C: proteggere un costruttore di ponti, Tazuna. Un attacco da parte di ninja sconosciuti fa precipitare la situazione, portando la missione ad un livello di pericolosità superiore (livello B).

Il Team 7 è costretta ad affrontare il potentissimo ninja Zabusa Momochi, inviato da Gato per uccidere Tazuna.

La battaglia contro Zabusa prosegue. Naruto si impegna a non aver più timore delle battaglie ed è determinato a dimostrare a Sasuke di non essere un vigliacco.

Naruto e Sasuke liberano Kakashi dalla Prigione Acquatica di Zabusa, e la battaglia continua.

Dopo la battaglia contro Zabusa, il Team 7 continua la sua missione di protezione del costruttore di ponti Tazuna. Nel frattempo i componenti della squadra iniziano un allenamento in preparazione alle future battaglie.

Il Team 7 viene a conoscenza della storia di Kaiza, un eroe locale, e di Inari, suo figlio.

Gli scagnozzi di Gato stanno per rapire Tsunami e uccidere Inari, intanto il Team 7 (tranne Naruto) inizia a combattere contro Zabusa e Haku.

Haku rivela la sua abilità innata (Kekkei Genkai) a Sasuke. La battaglia fra il Team 7 ed il duo Zabusa/Haku si intensifica.

Naruto finalmente si riunisce al Team 7, ma viene intrappolato negli specchi diabolici di Haku insieme a Sasuke.

Kakashi intensifica il suo combattimento contro Zabusa, finché Naruto e Sasuke si liberano dagli specchi di Haku.

Continua la battaglia tra Naruto e Sasuke contro Haku, che si dimostra troppo veloce per gli avversari. Naruto lottando, rimane privo di chakra e crolla a terra svenuto, così rimane solo Sasuke a lottare e messo alle strette, libera finalmente la sua abilità innata: lo Sharingan. Sasuke ora riesce a percepire i movimenti di Haku che decide di finire Naruto, ma Sasuke usando il suo corpo para gli spiedi. Naruto osserva inorridito Sasuke crollare esanime a terra e per la rabbia sprigiona una potenza inaudita: lo spirito della Volpe a Nove Code.

Il potere del Cercoterio rimargina tutte le ferite di Naruto e attacca Haku, riuscendo a rompere tutti gli specchi diabolici. Con un pugno stende completamente Haku rompendogli la maschera. Haku rivela a Naruto il motivo per il quale è diventato il braccio destro di Zabusa. Nel frattempo Kakashi e Zabusa continuano la loro battaglia all'ultimo sangue.

Haku si sacrifica per salvare Zabusa e Kakashi si prepara all'attacco finale.

Gli abitanti del villaggio si preparano a combattere contro Gato, intanto Zabusa comprende la genuinità del legame che c'era fra lui e Haku e decide di compiere la sua ultima missione: uccidere Gato.

Viene annunciato l'esame dei Chunin a cui possono partecipare tutti i Genin dei villaggi dei vari paesi.

Il Team 7 capisce di avere dei potentissimi rivali per l'esame Chunin.

L'eccentrico Rock Lee sfida Sasuke Uchiha prima dell'inizio dell'esame Chunin. Il giovane ninja riesce a mettere facilmente in difficoltà Sasuke solo con le arti marziali, nonostante questi utilizzi lo Sharingan.

Tutti i Genin di Konoha sono impegnati nel test d'introduzione per determinare chi possa effettivamente continuare l'esame.

Tutti i candidati devono sostenere il primo test dell'esame Chunin che consiste in una prova scritta. Sasuke comprende che il reale scopo del test è individuare chi riesca a barare senza farsi scoprire dagli esaminatori. Mentre Naruto, non avendo capito l'inghippo, è in crisi, Sakura risponde a tutte le domande con poca difficoltà. Invece Sasuke, una volta individuato uno dei Chunin infiltrati, sfrutta lo Sharingan per copiare il movimento della mano del ninja per copiare tutte le risposte.

Naruto attende con ansia l'esposizione del decimo problema, non avendo saputo rispondere agli altri nove.

Gli allievi che hanno superato il primo test degli esami di selezione dei Chunin si apprestano ad affrontare il secondo.

L'esaminatrice Anko spiega le regole del secondo test degli esami di selezione dei Chunin.

I Team Genin continuano la ricerca dei due rotoli del cielo e della terra all'interno della Foresta della Morte. Nel frattempo il Team 7 è inseguito da un nemico molto potente.

Naruto ed il resto del Team 7 continuano la loro battaglia contro Orochimaru all'interno della Foresta della Morte. Per salvarsi Sasuke decide di consegnare al nemico il Rotolo ma Naruto glielo impedisce e poi esprime la delusione per il comportamento da coniglio dimostrato dal suo compagno. Orochimaru evoca un altro serpente gigante e, contro di lui, Naruto rivela la forza dello Spirito del Volpe a nove code sorprendendo Orochimaru. Quando il serpente attacca Sasuke Naruto riesce a fermarlo con le braccia ma, per aver salvato Sasuke, viene bloccato dal nemico che usa il sigillo pentastico sul sigillo del 4 Hokage facendo svenire Naruto. Per fortuna le parole di Naruto fanno riprendere fiducia a Sasuke che, ripensando a suo fratello, decide di continuare a lottare.

Sasuke cerca di sconfiggere il Kusanin con il Triplice attacco del Mulino Sharingan combinato alla tecnica del Drago di Fuoco e, proprio quando pensa di esserci riuscito, l'uomo rivela le sue vere sembianze: si tratta in realtà di Orochimaru.

Sakura ha passato la notte ad assistere Naruto e Sasuke, ancora svenuti. All’alba viene sorpresa dal gruppo di Dosu che ha intenzione di eliminare tutto il team 7.

Rock Lee e Sakura si alleano per riuscire a sconfiggere i Genin del Suono e proteggere Naruto e Sasuke.

I ragazzi del Team 10 prendono coraggio ed tentano di aiutare Sakura a tenere a bada i ninja del Suono. Non riescono e in loro soccorso arrivano anche Neji e Tenten, che non hanno però bisogno di intervenire in quanto il Segno Maledetto prende il sopravvento su Sasuke, che dimostra una personalità totalmente diversa, perversa, e riesce a calmarsi solo quando Sakura lo fronteggia.

Gli altri Genin continuano la ricerca dei rotoli. Nel frattempo il Team 8 scopre la grande potenza di Gaara. Il giovane ninja è in grado di controllare la Sabbia, e senza battere ciglio fa fuori con la massima facilità 3 ninja più grandi del villaggio della Pioggia.

Naruto pensa di aprire il rotolo. Kabuto si unisce al Team 7 per riuscire a raggiungere la torre al centro della Foresta della Morte.