Dopo due anni, Tsunade vorrebbe riorganizzare gli esami combinati dei Chunin a Konoha. Tuttavia, Gaara propone di realizzarli nel Villaggio della Sabbia, in modo da presentarsi come Kazekage. Le vere intenzioni di Tsunade sono quelle di sapere come risponderà l'Organizzazione Alba, visto che Gaara è un Jinchuriki, e di sondare le intenzioni delle altre nazioni mentre quella di Gaara è quella di far uscire allo scoperto i nemici interni. I due Kage raggiungono l'accordo di organizzare una prova dell'esame in ciascun villaggio. Tsunade invita le cinque nazioni principali agli esami, ma i villaggi della Nuvola, della Roccia e della Nebbia non accettano l'invito. Kakashi viene inviato al Villaggio della Pioggia, sia per portare l'invito sia per ottenere informazioni su tale Paese.

Al Villaggio della Pioggia, Kakashi Hatake manda un rotolo di invito ad Hanzo, ucciso da Pain. Konan informa il suo capo che la Foglia e la Sabbia hanno iniziato gli esami e manda una loro squadra a partecipare. Shibuki chiede alla forza portante Fu (demone a sette code del Villaggio della cascata) di nascondere la sua identità. Mentre Tsunade, letta l'insolita risposta di Hanzo, dice a Shizune di tenerlo d'occhio, la squadra di Ajisai, Ameno, Fu, Kazami e Sajin arrivano per visitare il Villaggio della Foglia e iniziare il primo esame.

Mentre la sua squadra aspetta in fila per il primo esame, Konohamaru dice a Neji che Naruto non parteciperà ai nuovi esami durante l'allenamento, a differenza dei suoi vecchi compagni. Come ospiti, Shikamaru e Temari dicono ai genin separati in tre stanze, che chiunque totalizzi più di 100 punti nel test di scrittura di 30 minuti fallirà. Mentre i genin in ogni stanza fanno il test, Sakura e Neji scoprono che ogni squadra può guadagnare un massimo di 100 punti per superare l'esame.

Neji usa il Byakugan per aiutare i suoi compagni di squadra durante la prima fase degli esami di selezione per diventare chunin, mentre due uomini conversano con Tsunade sui piani di Danzo.

Temari sconfigge un uomo misterioso con la maschera per slavare Kankuro, mentre Kurenai e Asuma ammoniscono molti ninja della foglia per essere stati scontrosi con Fu. Intanto Kakashi riesce a informare Tsunade che è riuscito ad invitare Hanzo del Villaggio della Pioggia. La puntata finisce in cui Fu salva le vite di Ino, Sakura e Choji.

Tsunade incarica Gai Maito di proteggere Gaara a seguito di una soffiata relativa ad tentativo di uccidere il Quinto Kazekage durante gli Esami dei Chunin, mentre il Team Gai affronta una squadra misteriosa che ha l'intento di uccidere Neji, Tenten e Rock Lee. La puntata finisce in cui il Team Shira della Sabbia salva il Team Gai.

Rock Lee scopre che all'interno di quella squadra ninja proveniente dal Villaggio della Sabbia c'è un ragazzo di nome Shira che è un artista marziale come egli e lo vuole sfidare ad una combattimento leale per testare la sua forza.

Rock Lee e Shira si scontrano attivando entrambi la sesta porta del chakra dando entrambi il loro massimo. La puntata finisce in cui Rock Lee vince lo scontro, poiché ha dimostrato di essere più veloce.

Un gruppo di ninja di dell'Erba dall'aspetto poco amichevole tenta un'imboscata lampo al Team 8 guidata in questi esami da Shino Aburame, ma senza successo ed ora è costretto a prolungare lo scontro con il Team di Hinata, Shino e Kiba. Riusciranno i ninja di Konoha a sconfiggere tale gruppo dell'Erba?

Il team dei ninja dell'Erba cadono nella trappola di Shino e vengono eliminati in pochi secondi. La puntata finisce in il Team 8 può proseguire il suo viaggio con il suo rotolo.

Tenten del Team Guy e Ajisai del Team della Pioggia sono intrappolati sottoterra, mentre i loro rispettivi compagni continuano a combattere. Riuscirà Tenten a salvare sia la sua vita e quella di Ajsai?

Tenten e  Ajisi mettono da parte, temporaneamente, le loro missioni per tentare di fuggire dalle rovine di un'antica città sotterrana, mentre le le loro rispettive squadre cercano disperatamente le loro compagne.

Ino ricorda i momenti in cui si allenava con Tsunade nelle arti mediche per superare la sua acerrima rivale Sakura, mentre la Yamanaka corre insieme a Choji e Sakura durante la seconda fase degli esami di selezione per diventare Chunin. L'episodio finisce in cui un gruppo di ninja guidati da una kunoichi della Sabbia di nome Ameno intercetta i ninja di Konoha e si prepara ad attaccarli.

Ino utilizza una tecnica segreta che riesce a rilevare la presenza dei ninja della Sabbia. L'episodio finisce in cui i due team fanno pace e vanno per le loro proprie strade.

Ino, Sakura e Choji affrontano un'altra squadra di ninja della Sabbia guidata questa volta da un'altra kunoichi di nome Saya che sembra essere una marionettista ninja.  

Ino, Choji e Sakura rimangono intrappolate in una tenica della ninja marionettista della sabbia, mentre Jiraiya è in ospedale a causa di Naruto.  La puntata finisce in cui il Team di Ino riesce a sconfiggere i nemici.

Un uomo di nome Fugi pianifica con un monaco di nome Hoichi di sigillare il Shikaku e insieme a lui Gaara, mentre il Kazekage della Sabbia usa la tecnica del terzo occhio per guardare i partecipanti degli esami dei chunin di nascosto.  

Sia molti ninja di Konoha sia molti ninja della Sabbia non partecipanti agli Esami dei Chunin vanno alla ricerca di Gaara. La puntata finisce in cui Gaara viene catturato da Hoichi che lo vuole sigillare.  

Neji, Rock Lee e Tenten non proseguono il loro viaggio per aiutare Gaara e Fu dalle grinfie di Houchi, il quale ha intenzione di prendere entrambe le due forze portanti.

Gaara appare davanti a tutti i ninja della Sabbia, ordinando loro di far proseguire gli Esami dei Chunin, dopo aver sventato un attentato. La puntata finisce in cui Fu viene raggiunta da Hidan e Kakuzu che la vogliono catturare per via del suo cercoterio.