Venuti a conoscenza dei poteri dei Zetsu bianchi tramite Shikaku (che a sua volta aveva ricevuto notizie da Sakura e Shizune), Naruto e Bee li affrontano e sconfiggono grazie alle nuova abilità di Naruto. 

Gaara afferma di aver capito quali fossero le intenzioni di suo padre: nel flashback seguente viene ripercorsa l'infanzia dell'ex forza portante, dalla sua nascita, all'uccisione dello zio Yashamaru

Naruto e Killer Bee incontrano Itachi e Nagato. Kabuto utilizza il suo controllo sugli ex membri di Alba per cominciare lo scontro, tuttavia, nel bel mezzo della battaglia, Itachi utilizzando il Mangekyou Sharingan fa uscire dalla bocca di Naruto il corvo che gli aveva affidato tempo addietro. L'animale porta, nell'occhio sinistro, lo Sharingan Ipnotico di Shisui Uchiha, miglior amico di Itachi, capace di utilizzare uno dei più potenti genjutsu del clan Uchiha: Koto Amatsukami. Grazie a questa tecnica, che consiste nel colpire il nemico tramite un genjutsu talmente potente da modificare la volontà del bersaglio senza che questi se ne accorga, Itachi riesce a liberarsi dal controllo di Kabuto e a colpire Nagato con l'Amaterasu, sebbene il ninja affermi che aveva progettato di utilizzare questa tecnica in modo da costringere Sasuke, una volta incontratosi con Naruto, a difendere il Villaggio della Foglia (perchè Sasuke avrebbe dovuto prendere i suoi occhi per avere il Mangekyou Sharingan Eterno). Nagato riesce successivamente a riprendersi e, cogliendo alla sprovvista le due forze portanti, utilizza il potere di Preta Pain e riprende il controllo del suo corpo.

Nagato, sotto il completo controllo di Kabuto, utilizza il potere di Naraka e Ashura Pain per strappare l'anima di Naruto e Killer Bee, ma itachi utilizza il Susano'o per liberare le due forze portanti. Kabuto decide di ricorrere al Chibaku Tensei per catturarli. Itachi suggerisce di utilizzare le tecniche a lungo raggio più forti di cui dispongono (Yasaka Magatama, Bijuudama, Rasenshuriken) per distruggere il nucleo della tecnica di Nagato. Nascosto dalla polvere sollevata dall'esplosione, Itachi riesce a sigillare Nagato tramite la Spada Totsuka del suo Susano'o; l'ex leader di Alba, con le sue ultime parole, chiede a Naruto di portare a termine ciò che lui non è stato degno di concludere. Itachi decide di dirigersi a fermare Kabuto, e affida alle due forze portanti Tobi: alle proteste di Naruto, Itachi gli ricorda che anche se è diventato più forte non deve perdere di vista il valore del lavoro con gli altri, per poi distruggere il corvo con l'occhio di Shisui dicendo che per battere Sasuke a Naruto basta la sua anima.

Il Secondo Mizukage ed il Terzo Raikage si liberano dalla sabbia di Gaara, attaccando la sua divisione. Il Secondo ed il Terzo Tsuchikage danno vita ad uno scontro avvicente, con il primo in vantaggio. Il Secondo Mizukage invece evoca la sua Vongola, capace di creare miraggi, ed i membri della Divisione non riescono a colpire nè il Mizukake nè la Vongola, nonostante i consigli dell'ex-Kage. A causa di problemi alla schiena, Onoki era prossimo a farsi colpire dal suo vecchio maestro, ma viene salvato da Naruto, che, in combinazione con Gaara, riesce a colpire Muu. Dopo che Onoki aumenta il peso del nemico per bloccarne i movimenti, Gaara sigilla il resuscitato. Shikaku avvisa Gaara e Onoki di quel che sta succedendo contro il Secondo Mizukage, mentre Naruto si dirige verso il Terzo Raikage. Sul campo di battaglia, i ninja dell'Alleanza sono esausti, e inizialmente Gaara è in difficoltà; riesce però ad individuare la Vongola e sarà Onoki a sconfiggerla con il pugno di terra, ma viene poi colpito dalla pistola acquatica del Secondo Mizukage.

Temari e la sua divisione utilizzano l'Arte del Vento ma non riescono a fermare il Terzo Raikage, così interviene Dodai, che spiega ai ninja che servono tecniche molto più potenti. Sopraggiunge Naruto sul luogo e, al terzo tentativo, riesce a colpire il Raikage con il suo Rasenshuriken; neanche questo attacco però riesce a sconfiggerlo, così Kabuto passa all'attacco. Dopo aver fatto breccia nelle difese dell'Allenza, il Raikage attacca Naruto, che non era riuscito ad utilizzare il Bijuu Rasengan, ma Dodai riesce a salvarlo e a guadagnare tempo. Naruto, dopo aver scoperto che il Raikage è stato ucciso solo dopo 3 giorni e 3 notti di combattimento, ha così la possibilità di parlare con l'Otto code della ferita sul petto: capisce che usando la Modalità Eremitica, che permette di ampliare la portata delgli attacchi, poteva far ritorcere la tecnica della Mano Portatrice d'inferno contro il Raikage, facendo capire che l'ex-Kage era l'unico a poter trafiggire la sua difesa perfetta, comparabile, secondo Naruto, a quella di Gaara.

L'Onoki colpito dal Secondo Mizukage si rivela essere un clone di sabbia. Gaara riesce così anche a bloccare il Mizukage, ma subito dopo la sabbia esplode. Onoki spiega che il Mizukage aveva usato la tecnica dell'esplosione infinita (Jokey Boy), col quale crea un clone d'acqua e olio che, sfruttando i cambiamenti della temperatura, riesce ad esplodere più volte. Mentre il Mizukage è senza energie, il clone, molto veloce, ingaggia un lungo scontro con la Quarta Divisione e Gaara; quest'ultimo riesce, tramite un clone di sabbia, a inserire all'interno del Jokey Boy la polvere d'oro del padre, e unendola alla sabbia lo rende una statua d'oro e impedirgli ulteriori movimenti. Intanto Muu si riprende dall'attacco di Naruto: il maestro di Onoki, infatti, immediatamente dopo essere stato colpito dal Rasengan Planetario, si era diviso in due esseri, e soltanto uno di essi è stato sigillato. Gaara, raggiunto da un clone di Naruto, riesce infine a sigillare il Mizukage, che crede sia il Kazekage l'uovo d'oro dei Kage.

Kabuto Yakushi evoca con la Tecnica della Resurrezione il quartetto del suono ossia Jirobo, Kidomaru, Sakon/Ukon e Tayuya. Questi erano stati precedentemente sconfitti da Choji, Neji, Kiba grazie all'aiuto di Kankuro e Shikamaru grazie all'aiuto di Temari. I redivivi si presentano più forti e con un segno maledetto molto più potente rispetto a quello che possedevano durante la vita. Nonostante ciò, i rispettivi ninja di Konoha che li avevano sconfitti, lo fanno nuovamente ma apparentemente, perché il quartetto essendo stato rievocato, è immortale. In combinazione usano la tecnica del Ritorno Dal Mondo Sotterraneo e portano i quattro ninja di Konoha in un'altra dimensione.

Dopo l'attivazione della tecnica del Ritorno dal Mondo Sotterraneo le anime di Shikamaru,Choji,Neji e Kiba vengono private del loro corpo per essere trasportate e intrappolate in una gigantesca barriera a forma d'occhio. Vedendo i corpi esanimi dei loro compagni, Ino e Shino cercano rischiando la propria vita di rianimare rispettivamente Shikamaru e Choji per Ino e Kiba (con Akamaru) e Neji per Shino, scoprendo però che il loro flusso di chakra si è fermato nonostante siano ancora vivi, quindi in poco tempo moriranno. Intanto il Quartetto del Suono raggiunge i ninja di Konoha con i quali cominciano a combattere, e nonostante vengano battuti dai ninja della Foglia, i quattro del Suono non subiscono danni poiché, come spiegato da Kabuto, nella barriera i Quattro ninja resuscitati sono immortali.

Jirobo, Kidomaru, Sason/Ukon e Tayuya acquisiscono un potere dal segno maledetto, maggiore rispetto al precedente e grazie a questo riescono subito a mettere fuori gioco i rispettivi ninja che li avevano uccisi: Choji, Neji, Kiba e Shikamaru. Nonostante fossero in punto per morire, Shikamaru, comincia sempre più frequentemente a provocarli, cosicchè loro potessero emanare ancora più ira e nel frattempo Naruto grazie al suo potere appreso dal controllo del chakra della volpe di percepire la malvagità, potesse individuarli. Infatti, dopo aver salvato le anime dei ninja di Konoha, Naruto si insidia nella barriera e sconfigge con un solo Rasengan i redivivi ninja del Suono.

Prima della guerra, gli incessanti allenamenti a cui si è sottoposta Hinata con suo cugino Neji purtroppo la costringono a rimanere a letto poichè ha sforzato troppo la sua vita. Naruto, Sakura e Neji vanno in missione per recuperare una speciale medicazione per far sì che la ragazza riprenda la vista per i fuochi d'artificio in occasione dell'elezione del quinto Hokage.

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Durante la sua corsa alla ricerca degli Zetsu infiltrati nei ranghi dell'esercito ninja, Naruto si imbatte in un samurai rianimato di nome Tatewaki, incontrato durante una missione svolta prima della sua partenza insieme a Jiraiya. Un lord feudale, intenzionato a stringere alleanza con la Nazione del Fuoco, richiese l'intervento dei Ninja della Foglia per rapire il figlio, tenuto in "ostaggio" da un'altra nazione, per cui Tatewaki lavorava come guardia del corpo del lord, per il mantenimento di un'alleanza. Naruto, insieme ad Ino e Choji vennero inviati sotto il comando di Shikamaru a compiere il rapimento. Mentre Choji partecipa ad una gara mangereccia, con l'obiettivo di arrivare secondo, Ino usa la sua tecnica per prendere il controllo del giovane Lord e farlo incontrare con Naruto e Shikamaru. Quindi Naruto assume le sembianze del giovane, mentre Shikamaru gli spiega la situazione.

Durante la sua corsa alla ricerca degli Zetsu infiltrati nei ranghi dell'esercito ninja, Naruto si imbatte in un samurai rianimato di nome Tatewaki, incontrato durante una missione svolta prima della sua partenza insieme a Jiraiya. Un lord feudale, intenzionato a stringere alleanza con la Nazione del Fuoco, richiese l'intervento dei Ninja della Foglia per rapire il figlio, tenuto in "ostaggio" da un'altra nazione, per cui Tatewaki lavorava come guardia del corpo del lord, per il mantenimento di un'alleanza. Naruto, insieme ad Ino e Choji vennero inviati sotto il comando di Shikamaru a compiere il rapimento. Mentre Choji partecipa ad una gara mangereccia, con l'obiettivo di arrivare secondo, Ino usa la sua tecnica per prendere il controllo del giovane Lord e farlo incontrare con Naruto e Shikamaru. Quindi Naruto assume le sembianze del giovane, mentre Shikamaru gli spiega la situazione.

Mentre Shikamaru, Ino e Choji fanno fuggire Shu dal castello, nascosto all'interno dell'enorme scatola che conteneva il secondo premio della gara, vinto da Choji, Naruto rimane al castello. Il giorno seguente però Naruto viene smascherato da Tatewaki, durante un allenamento di scherma. Naruto riesce a fuggire ma viene nuovamente raggiunto da Tatewaki che però, scoperte le intenzioni del ninja, decide di lasciarlo andare per permettere a Shu di ritornare nella sua terra natia. Durante il dialogo la nazione viene attaccata da Deidara e Sasori, con l'intento di conquistarla su commissione di un cliente dell'Akatsuki. Tatewaki affida a Naruto sia Shu che Chiyo, la figlia del lord feudale della nazione, e si dirige al castello, dove troverà la morte per mano di Sasori. Al tempo della Guerra Mondiale dei Ninja Tatewaki chiede a Naruto notizie su Shu e Chiyo, e confermata la loro buona salute la sua anima abbandona in pace il mondo dei vivi.

(Capitolo speciale del 6° film: Road to Ninja)

Di nuovo alla ricerca di tutte le rimanenti fazioni nemiche, la Terza Divisione si imbatte in un altro ninja rianimato, il Maestro Chen, noto eroe della Foglia che si pensava fosse morto durante la Terza Guerra Mondiale Ninja. Gai è entusiasta della prospettiva di sfidare un tale famoso maestro di arti marziali, tuttavia la Bestia verde della Foglia si ritrova ben presto costretto a difendersi dal vecchio. Un ninja, seppur malconcio, riesce ad allontanarsi dalla battaglia e a chiamare rinforzi, trovando Rock Lee, che appresa la difficoltà del maestro si precipita immediatamente in suo aiuto. Vedendo Chen, Lee ricorda di averlo già incontrato una volta quand'era ancora un Genin. Gai, perplesso, chiede a Lee com'è possibile, e quest'ultimo rivela la storia. Dopo le spiegazioni, Lee ingaggia battaglia con Chen, il quale sfoggia la sua tecnica leggendaria, il Dragone della Foglia. Tuttavia, Lee identifica il punto debole della tecnica in pochi istanti, e la neutralizza con il Loto Frontale Singolo. Mentre il corpo immortale di Chen si disintegra, egli racconta quando aveva un allievo incapace di usare le arti magiche ed illusorie, cosa che gli costò la vita durante la Terza Guerra. Inoltre, rivela d'aver costruito la tomba fingendosi morto, abbandonando di fatto la vita da ninja. Dopo essersi disintegrato, Lee, con le lacrime che gli colano in volto, promette di portare ancora le polpette di riso.

Mentre i ninja combattono contro i residui dell'Esercito di Zetsu Bianchi, nel luogo in cui è imprigionato Dan Kato, sul campo di battaglia inizia improvvisamente a piovere. Shikamaru si lancia all'attacco degli Zetsu, ma nota un ninja tra loro, chiedendosi se egli fosse un altro ninja rianimato. Il ninja chiama per nome Shikamaru, Ino e Choji, e quest'ultimi, increduli, si chiedono perché egli conosca il loro nome. A questo punto, il ninja si prende gioco di loro, lanciandosi all'attacco e sferrando un colpetto sulla fronte dei tre. Dopodiché si volta, ed i tre riconoscono immediatamente Yota, che avevano conosciuto precedentemente quando erano ancora membri dell'accademia. Altrove, presso il Supporto Logistico e la Divisione Medica, anche Sakura, Kiba ed Akamaru si scontrano con il giovane Yota, che però non accenna a far diminuire i suoi forti temporali. Ognuno di loro ricorda il proprio incontro con il ragazzo, e formulano un modo per sconfiggerlo sul campo di battaglia. In lontananza, Naruto si sta facendo strada verso la guerra che infuria, e si accorge dei tre diversi tempi metereologici, che lo portano a chiedersi cosa sta accadendo.

Ino, Shikamaru e Choji non trovano un modo per neutralizzare il potere di Yota, e continuano a schivare ogni suo attacco. Ino chiede al padre di metterla in contatto con Sakura, e scopre che anche lei è impegnata in uno scontro con il giovane, tuttavia nella discussione entra Kiba, che rivela di star di fronte ad un altro Yota molto arrabbiato. Scioccati da ciò che stava accadendo, insieme cercano un modo per imprigionare Yota, come avevano fatto con gli altri ninja rianimati. Ricordano degli attimi passati con Yota dopo averlo incontrato. Nel frattempo, Naruto si avvicina sempre più alla battaglia, ma viene bloccato da un altro Yota, che ad ogni fischio lancia delle raffiche di vento. Anche Naruto inizia a ricordare l'incontro con Yota, soprattutto ricorda quando gli ANBU catturarono il giovane per interrogarlo. Con questo, Naruto capisce che il giovane Yota era morto per colpa loro.

Dopo avere scoperto la presenza di quattro Yota in diversi campi di battaglia, Naruto informa gli altri dicendo loro che il nemico non era altro che uno Zetsu bianco con le sembianze del ragazzo, che quindi possono attaccare senza addossarsi nessuna colpa. Così facendo, gli Zetsu vengono sconfitti. Naruto ricorda quando con i suoi compagni cercò di salvare Yota fungendo da esca, mentre Shikamaru, Choji, Ino, Sakura, Kiba e Akamaru si intrufolavano nel luogo in cui Yota era detenuto. Quando Naruto accorse, venne colpito alle spalle da uno degli ANBU. Vedendo l'amico a terra, Yota reagì e attaccò con i suoi fulmini, mettendo al tappeto gli ANBU. Durante la fuga, il gruppo venne diviso dalla forte corrente di un fiume, tuttavia Yota salvò i ragazzi, a cui cancellò la memoria impedendo di ricordare. Terminato il flashback, Yota inizia a parlare nelle menti dei suoi amici, a cui dice che al loro primo incontro egli era già morto e, quindi, non hanno bisogno di scusarsi. Gli racconta che il suo clan poteva manipolare il tempo, controllarlo e venderlo, e pur essendo bravo a farlo egli morì poiché il suo corpo era fragile. Terminato il racconto Yota si ricopre di neve e si colpisce volontariamente con un fulmine, lasciando scioccati i suoi amici.

Nel tentativo di recuperare le sue pedine più potenti, Kabuto rianima alcuni soldati deboli dell'Alleanza ninja. Usa Torune Aburame per evocarli. L'Alleanza ninja si accorge che i ninja rianimati sono probabilmente di rango D. Tra di loro c'è Osoi, ex compagno di Toroi e padre di Musai, che riesce a rivelare il piano di Kabuto. Consci del piano, l'Alleanza informa immediatamente il quartier generale. Nel frattempo, Torune si reca con una squadra fuggitiva di ninja rianimati dal Terzo Raikage, sfruttando la Tecnica del Vortice di Fumo di Heiji per seminare l'Alleanza. Una volta arrivati, Daimaru usa l'Arte della Terra: Danza della Sabbia per sbarazzarsi dei sigilli, mentre Ch?kaku getta un rosario ed inizia a pregare. Sul punto di rompere il sigillo principale, arriva Temari che attacca Ch?kaku, ma Daimaru la ferma e gli dichiara il suo amore. Dopo una lunga conversazione, le forze dell'Alleanza arrivano e sigillano Daimaru, mentre Temari si lancia contro l'ultimo ninja rianimato, Torune, nascosto dietro una roccia. Torune si rivela molto abile, e Kabuto decide così di usarlo per compiere il suo piano.

Riuscito a fuggire dall'Alleanza dei ninja, Torune si prepara ad usare una speciale tecnica proibita. Tuttavia Shino riesce a localizzarlo grazie alla Tecnica degli Insetti Devastatori, e faccia a faccia con Torune, cerca di bloccare la tecnica proibita. Avvantaggiato dai rigidi allenamenti della Radice, Torune prevale su Shino, che per poco non viene sconfitto. Accorre in aiuto un clone di Naruto, avvertito della minaccia dal quartier generale, che riesce a salvare l'amico appena in tempo. Naruto, avvertito da Shino di non toccare la pelle di Torune per la presenza di insetti velenosi, inizia a combattere contro l'avversario, cercando di evitare contatti. Riesce a colpire Torune con il Rasengan, che tuttavia non produce risultati. Colto l'avversario con la difesa abbassata, Torune si avventa su Naruto cercando di colpirlo con un pugno, ma viene bloccato da Shino, costretto ad intervenire per salvare Naruto dal veleno degli insetti. Shino rivela di aver allevato degli insetti speciali, immuni ai veleni, e quindi riesce finalmente a bloccare e sigillare Torune.

L'Ottacoda informa Killer Bee che Naruto è molto più avanti di loro, quando improvvisamente arriva Motoi, mandato per assistere Bee. Mentre il duo procede verso il campo di battaglia, un piccolo contingente di Zetsu bianchi gli tende un'imboscata. Kabuto, una volta localizzato Killer Bee, decide di rianimare un particolare ninja per catturare la forza portante. Si scopre che il ninja in questione è Fukai, la precedente forza portante del demone Ottacoda. Fukai avvisa i due di non essere in controllo del suo corpo, e consiglia loro di fuggire. Tuttavia Killer Bee rileva che senza demone egli non rappresenta una minaccia. Sorprendentemente, Fukai entra nella seconda versione della trasformazione, scioccando Bee e Motoi. Il ninja rianimato rivela che una trentina d'anni prima fu sottoposto a esperimenti da Orochimaru, esperimenti che portarono alla sua morte. Durante il combattimento, con l'aiuto di Motoi, Bee riesce a trasmettere i suoi sentimenti a Fukai. Fukai dichiara di essere felice per Bee, perchè ha trovato il modo di riempire il vuoto delle forze portanti. Mentre il suo corpo si sbriciola, Fukai dice a Bee di porre fine alla guerra. Colpito dalle sue parole, Bee si precipita verso il campo di battaglia, notando come la sua guerra fosse appena iniziata.

Nei pressi del campo di battaglia, in una foresta, la quinta divisione guidata da Mifune si scontra contro Kimimaro e la vecchia Chiyo, entrambi rianimati da Kabuto per affrontare l'Alleanza Shinobi. Kimimaro si libera rapidamente di molte unità della divisione, tanto che Mifune ordina ai suoi di tenersi alla larga da una tale avversario pericoloso. Nel frattempo Chiyo si batte usando uno dei Samurai come marionetta, ma Kankuro arriva in tempo per tagliare i fili di chakra che lo controllano e salvare così la vita al Samurai. Osservando il burattino di Kankuro, la vecchia Chiyo inizia riflettere sui peccati commessi durante la vita, ricordando particolarmente l'inluenza che aveva sulla via che avrebbe percorso suo nipote Sasori.

L'episodio andato in onda oggi in Giappone.