Naruto e le sue guardie del corpo raggiungono l'isola della Nuvola, che si dimostra essere tutt'altro che un paradiso. I ninja della Foglia vengono attaccati improvvisamente da un calamaro gigante che viene successivamente sconfitto con l'arrivo di Killer B. Naruto scopre che quest'ultimo è la forza portante dell'Ottocode, quindi gli chiede di allenarlo per controllare il proprio cercoterio, ma senza successo. Su consiglio di Motoi, Naruto prova a superare la prima prova alla Cascata della Verità affrontando il suo vero io, un Naruto malvagio e colmo d'odio. Naruto dichiara di non poter riuscire a sconfiggere il suo vero io interiore poichè si accorge che entrambi possiedono stessa forza e stile di combattimento.

Non riuscendo a sconfiggere la sua parte oscura, Naruto chiede a Motoi come Killer Bee sia riuscito a superare la prova. Il ninja della Nuvola confidando nel fatto che Naruto sia una forza portante, inizia a raccontare il difficile passato di Bee. Naruto gli chiede se può egli stesso convincere Bee ad aiutarlo, ma Motoi rifiuta confessando che egli in passato tentò di assassinare Bee a causa del rancore che prova verso l'Ottocode, il quale attaccò il villaggio trent'anni prima provocando la morte di suo padre. Naruto si allontana, quando Motoi e Yamato vengono attaccati dal Calamaro gigante. Bee interviene riuscendo a salvare Motoi, che gli racconta la verità riguardo alle sue intenzioni passate. La forza portante risponde all'amico porgendogli un pugno, proprio come facevano da giovani.

Naruto ritorna alle cascate e questa volta riesce a superare la prova parlando e confortando la sua parte malvagia. Assieme a Bee e Yamato, la forza portante del Novecode oltrepassa le cascate e raggiunge l'area dove si svolgerà la seconda prova, un tempio sotterraneo. Bee spiega che Naruto dovrà affrontare il Novecode nel suo subconscio dopo avere rilasciato il Sigillo Ottagonale. All'interno della sua mente, Naruto libera la Volpe ed inizia a scontrarsi con lei supportato da Bee. Il ninja della Nuvola spiega al ragazzo che dovrà ingaggiare il demone in un tiro alla fune usando il chakra. Approfittando di una distrazione creata da Bee, Naruto entra in modalità eremitica e cerca di colpire il Novecode con un Rasengan Titanico.

L'attacco di Naruto risulta inefficace e ritenta lanciando un Rasenshuriken contro la Volpe riuscendo ad indebolirla, ma, quando cerca di estrarne il chakra, l'odio del Novecode si fonde con il chakra di Naruto che inizia la trasformazione. All'improvviso, appare una donna che si rivela essere la madre di Naruto, Kushina Uzumaki, la quale riesce a fermare la trasformazione e ad immobilizzare la Volpe. Kushina racconta al figlio della sua infanzia e di come ha conosciuto suo padre Minato.

 Felice per aver finalmente conosciuto sua madre, Naruto riprende a combattere contro la Volpe in Modalità Eremitica e riesce a batterla e a rubarle il chakra. Kushina avverte Naruto che il tempo a sua disposizione sta per terminare, ma prima ella vuole raccontare come sono accaduti realmente i fatti riguardo all' attacco della Volpe al villaggio 16 anni fa. Durante il parto di Naruto, Kushina era sorvegliata da Minato in quanto lei era la precedente Forza Portante del Novecode e l' Hokage non voleva rischiare che il sigillo si indebolisse troppo. Nel frattempo, un misterioso individuo mascherato si avvicina al luogo del parto, uccidendo le guardie.

L'uomo mascherato, che si rivelerà essere Tobi, riesce a separare i due tenendo Naruto come ostaggio e appena Minato salva il neonato, porta via Kushina. Fuori dal villaggio, l'uomo estrae la Volpe dal corpo della donna, ipnotizza il cercoterio con lo Sharingan per averne il pieno controllo e attacca Konoha. Mentre il Terzo Hokage e gli shinobi tentano di respingere la Volpe, Minato giunge in soccorso di Kushina e si scontra con l'uomo misterioso. Minato riesce ad avere la meglio, mettendo in fuga Tobi e annullando il suo controllo sulla Volpe.

I ninja della Foglia riescono a respingere la Volpe nella foresta, quindi Minato porta con sé Kushina e Naruto ed intrappolano la bestia con una barriera. Minato sigilla dentro di sé metà del chakra della Volpe e prepara il rituale per sigillare l'altra metà dentro Naruto rendendolo una forza portante. I due decidono di sigillare anche le restanti parti del loro chakra dentro il figlio per poterlo rincontrare in futuro. Prima di morire attivando il Sigillo del Diavolo, Minato e Kushina salutano il loro bambino augurandogli una vita felice. Al termine del racconto, Kushina svanisce abbracciando suo figlio.

Essendo ora in grado di utilizzare il chakra della Volpe, Naruto riesce a scoprire Kisame nascosto dentro Pelle di Squalo. Il ninja di Alba riesce a fuggire con un rotolo contenente le informazioni ricavate, ma Gai si lancia all'inseguimento ed attiva la settima porta del chakra. I due si scontrano sulla costa utilizzando le loro tecniche più potenti: Gai ricorre alla Tigre del Mezzogiorno e Kisame allo Tecnica dello Squalo Proiettile Gigante. Inizialmente, il colpo di Kisame sembra avere il sopravvento, ma Gai riesce a colpire il suo avversario.

Dopo essere stato sconfitto da Gai, Kisame viene bloccato dall'Arte del Legno di Yamato. Aoba entra nella mente del ninja ed assiste al ricordo di un giovane Kisame facente parte della squadra d'intelligence del Villaggio della Nebbia, ma con la missione di impedire la fuga di informazioni anche a costo di eliminare i suoi compagni. Anni dopo, per ordine del Mizukage, Kisame uccide il suo maestro, spia del villaggio, prendendo la spada Pelle di Squalo. A quel punto interviene il Quarto Mizukage Yagura che, però, è controllato da Tobi. Prima che Aoba veda Tobi in volto, Kisame si risveglia e, pur di non rivelare nulla al nemico, si uccide lasciandosi divorare da degli squali da lui stesso evocati. Il rotolo con le informazioni raccolte viene recuperato, ma si rivela una trappola ed Alba ottiene le informazioni cercate.

Tobi si dirige al Villaggio della Pioggia per impossessarsi del Rinnegan di Nagato, ma Konan è pronta a difendersi. La donna ricorda i momenti trascorsi con Yahiko, Nagato e Jiraiya ed i giorni in cui Alba, guidata da Yahiko, combatteva contro gli uomini di Hanzo. Durante lo scontro, Konan riesce a ferire Tobi ed accusa l'Uchiha di avere sfruttato Alba solo per impossessarsi del Rinnegan di Nagato, ma egli controbatte affermando il contrario, ossia che, in passato, fu proprio lui a convincere Yahiko a creare Alba ed a donare il Rinnegan a Nagato. Konan tenta di finire l'avversario ricorrendo alla sua tecnica più potente.

Konan circonda Madara con un' enorme quantità di carte-bomba che fa esplodere in una vasta area. L' Uchiha riesce a sopravvivere grazie a Izanagi, sacrificando un occhio, e trafigge Konan alle spalle. Prima di finirla, Madara si fa rivelare l' ubicazione del Rinnegan tramite un' illusione creata con lo Sharingan e una volta recatosi, preleva il cadavere di Nagato. Konan rivive per l' ultima volta alcuni ricordi della vita con Jiraiya e i suoi compagni. Nel frattempo, Madara si trapianta il Rinnegan in un occhio e ricevono il messaggio di Kisame. Alba è ormai pronta per la guerra.

Per non far scoprire a Naruto niente riguardo la guerra, Aoba si inventa una missione di rango S dove il compito del ragazzo consiste nel controllare tutti gli animali presenti sull' isola (che si scopre essere una tartaruga gigante). Intanto Kabuto si offre di raggiungere l' isola per catturare Naruto ed ottenere così la fiducia di Madara, il quale gli mostra il suo esercito di centomila copie di Zetsu pronto per la guerra. Tuttavia la tartaruga comincia a spostarsi per rendere difficile la sua localizzazione al nemico e Kabuto, accompagnato dal resuscitato Deidara, viene attaccato dallo Tsuchikage, giunto sul posto insieme ai suoi compagni per aiutare i ninja della Foglia.

Mentre Naruto è impegnato nel rigoroso controllo degli animali, un serpente evocato in precedenza da Kabuto, creato usando le cellule di Manda, attacca l'isola. Mentre lo Tsuchikage e Akatsuchi inseguono Deidara, Kurotsuchi attacca Kabuto con l'Arte della Corrosione. Intervengono anche Yamato, Aoba e Motoi per dare manforte (senza Naruto ancora ignaro di cosa stia accadendo). Kurotsuchi imprigiona Kabuto con l'Arte dell'Acqua , ma egli riesce a liberarsi effettuando la muta e catturando Yamato. Dopo essere fuggito assieme a Manda e aver sciolto la tecnica che teneva in vita Deidara, Kabuto porta il bottino a Tobi, il quale, mostrando il suo nuovo Rinnegan, si prepara a scendere in guerra.

Dopo lo scontro con Deidara, le due forze portanti non sono più al sicuro ed Onoki trasporta l'isola-tartaruga nei pressi del Villaggio della Nuvola mentre Bee insegna a Naruto a perfezionare il controllo del chakra della Volpe. Anko tenta di scovare Kabuto, il quale, assieme a Tobi, si occupa di Yamato. Il capitano viene risparmiato per potenziare l'esercito di Zetsu. Intanto, vengono istituite le squadre dell'alleanza in corpi speciali e nelle cinque divisioni dell'armata ninja che non porterà i simboli dei diversi villaggi, ma un unico coprifronte con la scritta "shinobi". Anche Alba raduna le proprie forze formate, oltre che di Zetsu, da alcuni fra i più potenti ninja mai esistiti, evocati da Kabuto tramite la Tecnica del Richiamo - Resurrezione, come i membri dell'organizzazione, forze portanti, precedenti Kage e ninja famosi.

L'episodio tratta ancora una una volta l'infanzia dei membri del Team 7 ma con particolari nuovi: Naruto sa che i suoi genitori sono morti per difendere Konoha dalla Volpe, ma non sa che tipi di ninja erano in vita; quando era studente all'accademia a prestargli il denaro sufficiente per soppravvivere era il Terzo Hokage ed infine quando il maestro Iruka organizzava i combattimenti, Naruto veniva continuamente sconfitto da Sasuke.

L'episodio tratta ancora una una volta l'infanzia dei membri del Team 7 ma con particolari nuovi: Naruto sa che i suoi genitori sono morti per difendere Kohona dalla Volpe, ma non sa che tipi di ninja erano in vita; quando era studente all'accademia a prestargli il denaro sufficiente per soppravvivere era il Terzo Hokage ed infine quando il maestro Iruka organizzava i combattimenti, Naruto veniva continuamente sconfitto da Sasuke.

L'episodio questa volta tratta la saga della ricerca di Tsunade e quella del ritorno di Itachi in maniera piuttosto sintetica, nonostante contenga qualche novità: Sasuke mentre viene picchiato da suo fratello, inizia a pensare che tutti gli allenamenti a cui si è sottoposto a Konoha non sono stati serviti a niente e da lì inizia la rottura con il Team 7.

Un nuovo episodio riassuntivo, relativo alla saga del Quartetto del Suono, dalla fuga di Sasuke dal villaggio fino al suo arrivo da Orochimaru, l'episodio si concentra, principalmente, su Naruto e Sasuke lasciando una piccola parte anche agli altri ninja decisi a salvare quest'ultimo. Nella battaglia della Valle dell'Epilogo sono state modificate alcune scene rispetto alla prima messa in onda rendendo l'episodio più fedele al manga.

Anko ed i membri della sua squadra, seguendo le tracce lasciate, forse volutamente, da Kabuto, giungono nei pressi del nascondiglio di Alba dove grazie al Byakugan Tokuma Hyuga osserva gli spostamenti del nemico. Anko ordina allora ai tre membri del team di riportare le informazioni alla base mentre lei si avvicinerà per investigare, ma verrà in seguito scoperta da Kabuto e catturata. Nel frattempo, l'armata si allontana dal covo verso la battaglia: i ninja resuscitati e controllati da Kabuto muovono via terra mentre il numeroso esercito degli Zetsu marcia sottoterra, un piccolo gruppo di ninja forma la squadra d'agguato che si sposterà invece via aria. Nel frattempo, Gaara si rivolge all'esercito alleato, formato, però, da ninja che nutrono rancore gli uni verso gli altri e pronuncia il suo discorso.

L'unità d'assalto dell'Alleanza shinobi, capitanata da Kankuro, si imbatte con quella dell'Organizzazione Alba, composta da Deidara, Sasori, Chukichi e Shin, il "fratello" di Sai. Quest'ultima riesce a catturare in precedenza Ranka, Tokuma e Muta, e Sasori li usa come marionette. Muta esplode con l'argilla di Deidara, mentre gli altri due vengono salvati da un fendente di Omoi che recide i fili di chakra del marionettista. Infine dopo aver detto a Sasori di aver superato la sua tecnica segreta rossa con quella sua nera, Kankuro richiama il vecchio corpo di Sasori.

Dopo avere visto il suo vecchio corpo, Sasori dice che non c'è meglio di un corpo immortale. Deidara usa Shin come una bomba e costringe Kankouro a usare la sua marionetta "Salamandra" per diminuire la forza dell'esplosione. Sai reagisce disegnando dei Re e spedendo con un pugno Sasori e Deidara nelle marionette di Kankuro. Mentre Deidara decide di usare la sua tecnica più forte, Omoi lo trafigge con una spada cosparsa dal fulmine, il punto debole del nemico. Shin vede il disegno nel libro di Sai che libera la sua anima, cosa che accade anche a Sasori dopo aver detto a Kankuro di prendere le sue marionette "mamma e papà" e che prima di morire deve cederle alla generazione successiva per conservare la sua arte in eternità.

Killer Bee spiega a Naruto come effettuare la bomba della bestia: per farla, Naruto deve trasformarsi nel Novecode, ma fallisce trasformandosi in una versione di essa miniaturizzata. L'Ottocode, invece, decide di spiegargli i rischi della nuova modalità e, non potendo trasformarsi nel Demone a Nove Code, Naruto decide di migliorare le sue vecchie tecniche nella modalità cercoterio. Mentre Naruto crea il Rasengan, Bee si accorge che esegue lo stesso procedimento della creazione della bomba della bestia, solo che questa si può fare in forma umana e lo incita a modificare il Rasengan per trasformarlo nella bomba. Contemporaneamente, Kabuto spiega come resuscitare un morto con la Tecnica della Resurrezione Impura e come fermarla su richiesta e minaccia di Tobi. Intanto, inizia lo scontro tra la seconda divisione, comandata da Kitsuchi della Roccia, ed i Zetsu Bianchi.

La notizia che le forze dell'Organizzazione Alba stanno marciando sottoterra raggiunge il capitano della quinta divisione Mifune che decide di mandare alcuni plotoni come rinforzo per la seconda divisione guidata da Kitsuchi. Nel frattempo, Sai, accompagnato da Omoi e Zaji, sta sorvolando il territorio e, individuato un gruppo di ninja nemici, li attacca con delle carte bomba. Lancia, quindi, il segnale che allerta la terza divisione guidata da Kakashi. Il gruppo di nemici si rivela essere formato da Zabuza, Haku ed altri due ninja dotati di abilità innate. Questi, sotto il controllo di Kabuto, attaccano dapprima Sai per poi affrontare Kakashi e la sua divisione. Nel frattempo, Kabuto decide di non lasciar tempo all'avversario e richiama i restanti membri dei sette spadaccini della Nebbia.

Suigetsu e Jugo, accortisi della scarsa sorveglianza, riescono ad evadere con successo dalla prigionia dei samurai. Intanto, la terza divisione dell'alleanza shinobi, capitanata da Kakashi, si scontra con i sette spadaccini della Nebbia, implacabili grazie alle loro straordinarie abilità; Zabuza su tutti che, con il suo Velo di Nebbia, crea non pochi problemi. Tuttavia, grazie ad una strategia ideata da Kakashi in collaborazione con gli altri shinobi, il ninja riesce a mettere fine a questo scontro inframezzato da flashback che riguardano i due nemici/rivali. Infine, un individuo capace di rendersi invisibile si avvicina alla quarta divisione, ma Gaara è attento e si prepara all'ormai prossimo contatto col nemico.

Kabuto non vuole lasciare all'alleanza shinobi il tempo di pensare e richiama sul campo di battaglia quattro dei più forti Kage della storia: Muu, il Secondo Tsuchikage, S, il Terzo Raikage (padre dell'attuale Raikage), il secondo Mizukage ed il Quarto Kazekage (padre di Gaara). In particolare, Muu è un ninja dalle capacità straordinarie in grado di rendersi invisibile ai ninja sensoriali.

Zetsu Nero cerca di rapire i Daimyo rifugiati in una fortezza protetta da vari ninja dell'alleanza shinobi ma si rivela una trappola per catturare eventuali assalitori. Zetsu riesce comunque a sfuggirvi e continua la sua ricerca dei Daimyo. Intanto, comincia il combattimento tra la prima compagnia guidata da Darui e gli Zetsu bianchi. Altrove il terzo Tsuchikage raggiunge il reggimento di Gaara per affrontare il secondo Tsuchikage Muu.

Inizia lo scontro fra Darui, Samui e Atsui contro i fratelli Kinkaku e Ginkaku. Il Raikage è preoccupato e vorrebbe intervenire nel combattimento in quanto è consapevole della forza dei due fratelli, ma Tsunade gli consiglia di lasciare il tutto ai suoi soldati e di rimanere alla base per poter comandare l'esercito. Mentre i Kage discutono, i due fratelli rilasciano quattro dei cinque tesori dell'Eremita delle Sei Vie e sigillano sia Atsui che Samui. Darui, tuttavia, riesce a sfuggire alle manovre dei due avversari e, dopo essersi impadronito di alcuni degli oggetti magici, riesce a sigillare Ginkaku. Per la rabbia, Kinkaku, che come il fratello possiede dentro di sé una parte del chakra della Volpe a Nove Code, si trasforma nella seconda versione della Volpe, provvista di sei code, e si prepara ad affrontare l'intera divisione di Darui.

Il Quarto Raikage per fermare Kinkaku ordina a Mabui di inviare l'orcio d'ambra a Darui. Intanto, quest'ultimo riceve l'ordine da Shikaku di resistere fino all'arrivo della formazione Ino-Shika-Cho che avrà il compito di sigillare Kinkaku proprio nell'orcio d'ambra. Grazie allo stratagemma della formazione Ino-Shika-Cho, questi ultimi riescono a sigillare Kinkaku, ma proprio dopo la battaglia appare Kakuzu che rivela ai ragazzi che Kabuto ha fra i suoi "resuscitati" anche il loro maestro Asuma.

​Ino vede improvvisamente Sakura cadere dal cielo. Al suo risveglio la ragazza sembra però aver perso la memoria e anche le cose che riesce a ricordare risultano alquanto strane. I suoi amici allora s'impegnano per farle ritornare la memoria ma quando accade Sakura capisce di non essere la ragazza che loro credono di conoscere.

I ninja resuscitati sono all'inseguimento della squadra capitanata da Kankuro. L'ex-leader del Villaggio della Pioggia, Hanzo la Salamandra, è tra i ninja resuscitati e utilizza un veleno paralizzante per fermare gli avversari. Prima che le cose peggiorino Mifune e i suoi samurai giungono in salvataggio del gruppo. Mentre Chiyo e Kimimaro affrontano i samurai, Mifune sfida Hanzo, con il quale aveva già duellato in passato. Durante lo scontro Hanzo comprende di aver abbandonato i valori in cui credeva e sceglie di redimersi utilizzando il suo veleno contro sé stesso, permettendo così all'esercito di sigillarlo.

La Squadra dieci, composta da Shikamaru, Choji ed Ino, incontra nuovamente un vecchio nemico, Kakuzu, resuscitato grazie alla Resurrezione Impura. Mentre i tre sono pronti allo scontro, consapevoli del pericoloso avversario, Shikaku ordina ai tre di lasciare al team di Darui il compito di sigillare il redivivo e di occuparsi di un'altra persona, cioè il loro maestro Asuma Sarutobi, deceduto dopo lo scontro contro Hidan. Il trio sembra molto preparato all'inizio dello scontro, soprattutto Shikamaru ed Ino che, sotto l'ordine del loro stesso maestro, eseguono tecniche per concludere al più presto la battaglia; nell'istante in cui il loro maestro è in procinto di capitolare ancora una volta, Choji gli sferra un pugno con la Tecnica dell'Espansione Parziale, ma, al momento dell'impatto, quest'ultimo si ferma perché il suo cuore è troppo gentile e nobile e non potrebbe mai colpire uno dei suoi compagni, ma, anzi, sarebbe disposto a sacrificarsi per la loro incolumità.

Al fine di trovare una chance di vittoria, Choza, padre di Choji, offre una mano a Shikamaru e ad Ino per sigillare il maestro Asuma mentre Choji è ancora bloccato e traumatizzato dal fatto che non riesce a sfoderare la sua rabbia contro il suo avversario. In un flashback, che mostra Choji quando era appena un Genin nel momento in cui aveva ricevuto gli orecchini secondo la tradizione dal suo clan, Choza, parlando con Asuma, gli confessa che il figlio è troppo debole e codardo e che verrà sconfitto subito in missione; il maestro, però, lo smentisce dicendogli che Choji è un ninja colmo di gentilezza e che, un giorno, questa si trasformerà in forza e sarà indispensabile per la protezione del villaggio. Choji, pensando a questo evento ed al suo giuramento fatto davanti al padre come 16º capo del Clan Akimichi, si riprende ed assume un atteggiamento fisico e psicologico diverso dal normale: si trasforma, infatti, in farfalla senza l'ausilio della pillola calorica diventando magro ed alto e, con grande determinazione, riesce, finalmente, a colpire in pieno Asuma spedendolo alla squadra di sigillo. Prima di essere sigillato, Asuma afferma che la squadra Ino-Shika-Cho è completa e che non ha più niente da imparare. Infine, Choji, pieno di coraggio, prende il comando e giura di porre fine alla battaglia.

Naruto, che, in precedenza, aveva percepito la presenza di Kinkaku e Ginkaku sul campo di battaglia, esce dalla stanza dell'allenamento per capire cosa sta succedendo. Gli bloccano la strada Iruka ed altri ninja della Foglia per impedirgli di scappare: Naruto entra in modalità eremitica e sente la sofferenza dei suoi amici decidendo subito di andare a combattere malgrado Iruka gli spieghi che la guerra è iniziata proprio per proteggere lui e Bee. Dopo la fuga di Naruto, Iruka chiede a Bee di seguirlo per proteggerlo; quest'ultimo afferma che Iruka è una persona molto importante e speciale per il ragazzo e che quest'ultimo tiene molto al suo parere, ma, al tempo stesso, non può, come Iruka già sapeva, fare a meno di scendere in battaglia per salvare i suoi amici. Bee accetta il compito di guardia del corpo di Naruto e le due forze portanti, insieme, distruggono una barriera rigenerante a trentasei strati che doveva tenerli bloccati.