A seguito dello stato comatoso di Tsunade, Danzo viene nominato Hokage e, come primo atto ufficiale, condanna Sasuke a morte in quanto traditore, cosa che sciocca Naruto e Sakura. Omoi, Karui e Samui arrivano al villaggio e consegnano la convocazione al summit dei cinque Kage a Danzo. Karui ed Omoi si confrontano con Naruto e Sakura nel tentativo di avere notizie su Sasuke, ma i ninja della Foglia non li aiutano non riuscendo ad accettare il fatto che il loro ex-compagno sia diventato un criminale. Intanto, Tobi e Zetsu informano Sasuke e la sua squadra dell'inganno di Killer Bee, della distruzione del Villaggio della Foglia e del summit al quale parteciperà Danzo in quanto nuovo Hokage.

Le rivelazioni di Tobi e Zetsu spronano Sasuke a porsi come obiettivo l'assassinio di Danzo durante il summit. Al villaggio della Foglia, Karui, preoccupata per il suo maestro, interroga Naruto nel tentativo di avere notizie su Sasuke, ma Naruto si rifiuta di aiutarla. Adirata, Karui attacca Naruto, ma viene fermata da Sai. Naruto informa Kakashi e Yamato di voler chiedere al Raikage ed a Danzo di riconsiderare la loro condanna nei confronti di Sasuke. I due Jonin, dopo un'iniziale riluttanza, si convincono quando Naruto racconta loro del suo incontro col padre e decidono di accompagnarlo al luogo dove si svolgerà il summit.

I cinque Kage partono dai rispettivi villaggi, ognuno accompagnato da due guardie del corpo. Sulla strada verso il Summit, Danzo viene attaccato da un gruppo di ninja. Dopo aver istruito le sue guardie del corpo di non interferire, l'Hokage si scopre l'occhio destro, rivelando uno Sharingan nascosto, ed elimina facilmente gli assalitori. Kakashi scopre che gli ANBU stanno spiando Naruto, perciò chiede a Sai di non informare Danzo sulle sue intenzioni mentre egli si mette all'inseguimento, assieme a Yamato ed allo stesso Naruto, del Team Samui. Zetsu guida Sasuke ed il suo team al Paese del Ferro, luogo dove si terrà il Summit, una terra ghiacciata difesa da samurai invece che da ninja. Naruto, Kakashi e Yamato raggiungono il Team Samui ed il Raikage ed il ragazzo si appresta a chiedere la revoca della condanna a morte di Sasuke.

Naruto chiede al Raikage di revocare la condanna a morte di Sasuke arrivando persino a supplicarlo, ma quest'ultimo si rifiuta. Mentre Sasuke ed il suo gruppo si introducono nella fortezza, il Summit ha inizio. Il Raikage accusa gli altri paesi di aver contribuito alla fondazione dell'Organizzazione Alba o di essersene serviti in passato. La tensione cresce causando addirittura l'intervento delle guardie del corpo dei Kage che si ritirano non appena viene ristabilita la calma. Concordato che sia necessario nominare un leader dell'alleanza, Mifune, in quanto rappresentante dei paesi neutrali, propone di eleggere Danzo che si compiace di come tutto stia andando secondo i suoi piani.

Al Villaggio della Foglia, la notizia della condanna di Sasuke sconvolge tutti e Sai spiega a Sakura che l'ostinazione di Naruto nel riportare indietro Sasuke deriva dal fatto che egli è innamorato di lei. La giovane decide di raggiungere il Paese del Ferro e parlare con Naruto di persona. Mentre Mifune difende la sua scelta di eleggere Danzo a capo dell'alleanza, la guardia del corpo della Mizukage Ao, utilizzando il suo Byakugan nascosto, rubato in precedenza ad uno Hyuga, riconosce nell'occhio destro di Danzo quello di Shisui Uchiha. Quest'ultimo aveva il potere di controllare le persone tramite lo Sharingan ed Ao, sospettando che Danzo stia manipolando Mifune, lo confronta apertamente in merito. In quel momento, appare dal pavimento Zetsu, il quale rivela che Sasuke si è introdotto nella fortezza e ciò causa l'ira del Raikage. Intanto, Madara appare dinanzi a Naruto affermando di volergli parlare.

Non appena Madara si materializza, Naruto lo attacca con un Rasengan che egli evita teletrasportandosi. Approfittando della confusione, Kakashi e Yamato riescono ad intrappolare l'Uchiha che rivela di voler solo parlare. Intanto, le guardie samurai attaccano Sasuke, ma vengono facilmente sconfitte. Nello scontro intervengono il Raikage e le sue guardie del corpo Shi e Darui prima e Jugo e Suigetsu poi. Nella sala del Summit, essendo ormai stato scoperto, Danzo viene tenuto d'occhio mentre lo Tsuchikage e Gaara hanno un confronto verbale al seguito del quale il Kazekage e le sue guardie del corpo si allontanano alla ricerca di Sasuke. Nel frattempo, Sasuke intrappola Shi con una tecnica di arte illusoria mentre il Raikage si libera di Jugo, dando prova della sua grande forza e velocità, e si prepara ad affrontare l'Uchiha.

Madara spiega che gli Uchiha ed i Senju sono i discendenti dei figli dell'Eremita dei Sei Sentieri. Egli predice che, un giorno, Naruto, in possesso della Volontà del Fuoco dei Senju, e Sasuke, rappresentante degli Uchiha, si scontreranno. Kakashi domanda a Madara il motivo per cui egli sta radunando i cercoteri, ma, affermando di avere intenzione di rivelarlo solo in futuro, l'Uchiha svanisce. Intanto, il Raikage, dopo essere stato colpito al braccio dall'Amaterasu, sferra un potente attacco su Sasuke che, tuttavia, riesce a difendersi materializzando parte dello scheletro del Susanoo. Lo scontro viene interrotto da Gaara che tenta di convincere Sasuke a redimersi mentre il Raikage si taglia il braccio avvolto dalle inestinguibili fiamme nere. Quando l'Uchiha afferma di non voler cambiare idea, Gaara, assistito da Darui, Kankuro e Temari, è costretto ad attaccarlo. Gli attacchi, tuttavia, non raggiungono Sasuke che attiva il primo stadio del Susanoo.

Killer Bee riemerge dal tentacolo dell'Ottocode nel quale si era nascosto e decide di incontrarsi col suo maestro di enka Kin. Intanto, Sasuke utilizza il suo Susanoo per far collassare il tetto della sala e, assieme a Karin, si reca da Danzo. Una volta raggiunta la sala del Summit, Sasuke viene attaccato da Mifune e Danzo e le sue guardie approfittano dello scontro per fuggire. Mentre Ao li insegue, la Mizukage affronta il giovane Uchiha, il quale, nonostante si trovi in seria difficoltà, viene salvato dalle spore di Zetsu. Lo Tsuchikage interviene nello scontro e, grazie alla sua Arte della Polvere, riesce apparentemente a sconfiggere Sasuke. Anche il Raikage ed il Kazekage raggiungono la sala del Summit e, improvvisamente, appare Madara che rivela di aver salvato Sasuke ed annuncia di voler mettere al corrente i Kage del suo piano "Occhio di Luna".

Madara, dopo aver trasportato Sasuke e Karin in un'altra dimensione, rivela ai Kage che, molti anni prima, l'Eremita dei Sei Sentieri sconfisse un cercoterio, il Diecicode, del quale divenne la forza portante assorbendone il chakra e lanciandone il corpo in cielo formando la Luna. In punto di morte, l'Eremita divise il chakra del Diecicode in nove parti dalle quali nacquero gli attuali nove cercoteri. Madara rivela, inoltre, di avere intenzione di ricreare il Diecicode, diventarne la forza portante e creare lo Tsukuyomi Infinito ottenendo il controllo del pianeta. L'Uchiha chiede ai Kage di consegnargli le ultime forze portanti, ma, quando i Kage si rifiutano, dichiara l'inizio della quarta guerra mondiale dei ninja e si teletrasporta via. I Kage si mettono d'accordo per la formazione dell'alleanza ninja mentre Sakura arriva alla locanda dove si trova Naruto con l'intenzione di parlargli.

Mentre Killer Bee si esercita nell'enka col suo maestro Kin, i due vengono avvicinati da Kisame. Intanto, Sakura dichiara a Naruto di essere innamorata di lui, ma quest'ultimo non le crede e la ragazza se ne va dicendo di volersi occupare di Sasuke personalmente. Nel frattempo, il Raikage A viene eletto a capo dell'alleanza e lo scontro fra Killer Bee e Kisame si intensifica quando il membro dell'Organizzazione Alba rilascia completamente la sua spada Pelle di Squalo.

Fuu, per ordine di Danzo, usa la Tecnica dello Scambio dello Spirito della Bambola Maledetta su Ao intrappolandolo dentro un pupazzo mentre egli prende il controllo del suo corpo allo scopo di impadronirsi del suo Byakugan. Tuttavia, la Mizukage e Chojuro raggiungono Ao e lo aiutano a riprendere il suo corpo. Nel frattempo, Kisame si fonde con la sua spada ed intrappola Bee in una bolla d'acqua. Il membro dell'Organizzazione Alba riesce a sconfiggere Bee, ma, prima che egli riesca a tagliare le gambe al suo avversario, la sua Pelle di Squalo lo tradisce preferendo il chakra della forza portante al suo. In quel momento, arrivano sul posto Shi, Darui ed A, il quale, assieme al fratello, decapita Kisame con il Doppio Lariat.

Juugo e Suigetsu tentano di farsi passare per samurai, ma vengono scoperti. Intanto, Sai informa Naruto del fatto che, in realtà, Sakura ha intenzione di occuparsi personalmente di Sasuke. Nel frattempo, Danzo, Fuu e Torune vengono intercettati da Madara che ingaggia in battaglia le due guardie del corpo mentre l'Hokage rimuove i sigilli dal suo braccio destro. Naruto viene raggiunto da Temari, Kankuro e Gaara e quest'ultimo incoraggia la forza portante a fare tutto ciò che è in suo potere, in qualità di suo amico, per fermare Sasuke. Spediti in un'altra dimensione Fuu e Torune, Madara riporta indietro Sasuke e Karin mentre Danzo si prepara ad affrontare i due Uchiha rivelando il suo braccio ricoperto di numerosi Sharingan.

Kakashi decide di raggiungere Sakura per impedirle di affrontare Sasuke mentre Yamato e Naruto torneranno al Villaggio della Foglia. Tuttavia, resosi conto della situazione, Naruto va in iperventilazione e perde i sensi. Intanto, Danzo conferma a Sasuke quanto rivelatogli da Itachi scatenando l'ira dell'Uchiha che lo affronta utilizzando il secondo stadio del Susanoo, l'Amaterasu ed una nuova evocazione. Nonostante i ripetuti attacchi sembrino sconfiggere l'Hokage, quest'ultimo continua a riapparire e Karin si accorge che, ogni volta che questo accade, uno degli Sharingan sul suo braccio si chiude. Dopo l'ennesimo tentativo fallito, Sasuke utilizza una tecnica di arte illusoria per far manifestare Itachi.

Danzo si rende conto di essere sotto l'effetto di una tecnica di arte illusoria ed immobilizza Sasuke. Prima che l'Hokage riesca a finirlo, l'Uchiha si libera attivando il Susanoo nella sua forma completa e tenta di colpire il suo avversario che schiva l'attacco usando l'Arte del Legno. Tobi realizza che Danzo ha collaborato con Orochimaru e che ciò che lo rende invincibile è la tecnica oculare segreta chiamata Izanagi. Danzo evoca Baku col quale tenta di distrarre Sasuke per colpirlo alle spalle, ma quest'ultimo si difende utilizzando la Palla di Fuoco Suprema. Avendo entrambi capito di essersi quasi completamente consumati, l'Hokage e l'Uchiha si lanciano l'uno contro l'altro trafiggendosi a vicenda.

Danzo pensa di avere vinto lo scontro, ma, quando tenta di utilizzare Izanagi con l'ultimo Sharingan a sua disposizione, si rende conto che Sasuke lo ha ingannato facendogli credere che esso era ancora aperto quando, invece, si era già chiuso. L'Hokage prende in ostaggio Karin, tuttavia, Sasuke trafigge anche lei e ferisce il suo avversario. Tobi blocca il tentativo di fuga di Danzo e questi ricorda una passata missione al fianco di Hiruzen Sarutobi, sotto il comando del Secondo Hokage. Resosi conto della differenza fra lui e quello che sarebbe diventato il Terzo Hokage, Danzo si autodistrugge impedendo a Tobi di impossessarsi dell'occhio di Shisui.

Localizzato Sasuke grazie all'aiuto di Kiba, Sakura addormenta Sai, Lee e lo stesso Kiba e procede alla volta dell'Uchiha da sola. Mentre la ragazza ricorda i momenti più intensi del Team 7, Tobi risucchia il corpo di Danzo, con l'intenzione di estrarne gli Sharingan, e si teletrasporta via. Quando Sasuke si prepara ad uccidere Karin, questa riporta alla mente il suo primo incontro con lui, avvenuto durante gli esami di selezione dei Chunin nella Foresta della Morte. In quel momento, Sakura arriva sul posto affermando di avere intenzione di abbandonare la Foglia per unirsi a Sasuke.

Naruto si risveglia e riporta alla mente vari momenti del suo passato assieme a Sasuke. Dopo la morte di Jiraiya, Naruto sente di aver compreso quanto sofferto dall'Uchiha con la scomparsa del suo clan e dei suoi genitori. Quando Yamato gli dice che Kakashi è andato a fermare Sasuke, la forza portante lo inganna utilizzando un clone d'ombra e fugge alla ricerca del suo ex-compagno. Mentre si reca alla volta di Sasuke, Naruto ricorda quanto dettogli dal suo maestro e da Gaara e pensa al comportamento da adottare quando si ricongiungerà al ninja traditore.

Mentre Kakashi si avvicina al ponte, Sasuke chiede a Sakura di dimostrare la propria lealtà uccidendo Karin. Prima che l'Uchiha colpisca a tradimento Sakura con il Mille Falchi, Kakashi interviene per salvarla. Nonostante il Jonin tenti di far ragionare Sasuke, i due iniziano a scontrarsi mentre Sakura cura Karin nel tentativo di estrarne informazioni. Durante lo scontro, Sasuke ricorre nuovamente al Susanoo raggiungendone uno stadio ancora superiore, ma, prima che riesca ad utilizzarlo, comincia a perdere la vista. Sakura tenta di approfittarne per attaccare l'Uchiha alle spalle, tuttavia, la sua esitazione permette al ragazzo di reagire. Prima che Sasuke riesca a colpire Sakura con un kunai, Naruto appare sul posto e la salva.

Naruto informa Sasuke che Tobi gli ha confessato la verità su Itachi e, dopo averlo ripreso per avere tentato di colpire una sua compagna, gli confessa di avere intenzione di salvarlo dall'ossessione della vendetta. Sasuke, tuttavia, afferma di non sentirsi più un membro del Team 7 ed annuncia di avere intenzione di distruggere la Foglia e ripristinare il nome del suo clan. Kakashi si rende conto che Sasuke è ormai irrecuperabile e decide di occuparsi di lui personalmente. Naruto, però, ferma il suo maestro ed attacca l'Uchiha con un Rasengan al quale egli risponde con il Mille Falchi. I due si scontrano come avevano fatto nella Valle dell'Epilogo mentre Naruto ricorda l'invidia che aveva nei confronti di Sasuke da bambino e come sia riuscito a superare i momenti difficili della sua infanzia grazie all'aiuto di Iruka.

Naruto ricorda alcuni momenti del suo passato tra competizione ed amicizia con Sasuke. A seguito dello scontro, i due vengono sbalzati via e vengono salvati rispettivamente da Kakashi e da Zetsu. Naruto afferma che la sua intesa con Sasuke è la dimostrazione del fatto che tutti e due sono divenuti ninja d'elite e che, qualora quest'ultimo attaccasse la Foglia, entrambi perirebbero nello scontro, eventualità alla quale Naruto si dichiara pronto. L'Uchiha conferma le sue intenzioni e Tobi, richiamato da Zetsu, teletrasporta via il suo gruppo. Naruto ha un mancamento poiché avvelenato dal kunai di Sakura, ma viene immediatamente curato dalla ragazza mentre, presso il loro nascondiglio, Sasuke chiede a Tobi di trapiantargli gli occhi di Itachi per contravvenire alla sua progressiva cecità. Intanto, Kakashi e gli altri portano Karin al Villaggio della Foglia.

Yamato raggiunge il ponte e redarguisce Naruto per essere fuggito. Dopo aver risvegliato Sai, Kiba e Lee, i ninja della Foglia tornano al villaggio con Karin. Nel frattempo, il team del Raikage ritorna al Villaggio della Nuvola dove richiedono al Signore Feudale di convocare un concilio con le sue controparti degli altri villaggi in vista dell'imminente guerra. Killer Bee porta con sé Pelle di Squalo con dentro Kisame che, grazie all'aiuto di Zetsu Bianco, si è clonato per entrare nella spada con lo scopo di infiltrarsi nel villaggio dell'Ottocode per catturalo e rubare informazioni sull'alleanza.

I Daimyo dei cinque grandi Paesi concordano sulla creazione dell'Alleanza degli Shinobi, e i Kage ricevono la notizia quando ritornano al proprio villaggio. Il team che aveva inseguito Sasuke torna al villaggio con Karin, e Kakashi avvisa il villaggio della morte di Danzo. Nel finale dell'episodio Naruto nota che il villaggio è parzialmente tornato com'era prima dell'attacco di Pain. L'episodio inoltre contiene vari flashback riguardo ciò che è successo al Summit.

Prima di essere convocato dal Daimyo del Paese del Fuoco per la sua nomina a Hokage, Kakashi accetta l'ennesima sfida di Gai, vincendo. Dopo si reca alla riunione e, poco prima di essere nominato Hokage, Gai dà la notizia della ripresa di Tsunade.

il Saggio Rospo ordina a Fukasaku di evocare Naruto al Monte Myoboku per consegnarli la chiave che permetterà al ragazzo di liberare il sigillo che imprigiona la Volpe, mentre Tsunade dopo essersi ripresa dal coma e dopo aver mangiato convoca una riunione per prepararsi alla guerra.Nel frattempo Madara ha trapiantato gli occhi di Itachi a Sasuke. Nel pezzo finale Naruto viene evcato da Fukasaku dal Monte Myoboku e incontra per la prima volta il Saggio dei Rospi.

Naruto ricorda i momenti in cui si trasformava nella volpe andando fuori controllo ma per volere di Jiraiya e per salvare Sasuke acceta di ottenere la chiave per controllare il suo sigillo a tetragramma che Minato prima di morire applicò al figlio sigillando la Volpe dopo di che ritorna al Villaggio e una volta convocato da Tsunade racconta ai presenti quel che il Saggio dei Rospi gli ha detto. Nel frattempo Kabuto che ha imparato a coltrollare i poteri di Orochimaru alla perfezione trova il nascondiglio di Madara e con una dimostrazione ottiene la sua riciesta di far parte dell'esercito dell'Organizzazione Alba di Madara .