Il corpo di Orochimaru è in condizioni critiche ed egli è impaziente di eseguire il rituale di reincarnazione su Sasuke. Al Villaggio della Foglia, Tsunade riceve conferma che il Trecode ed il team inviato sul posto sono scomparsi, probabilmente per mano dell'Organizzazione Alba. Nel frattempo, Orochimaru viene attaccato da Sasuke che afferma di non avere più nulla da imparare da lui e di non apprezzare i suoi metodi. Il Ninja Leggendario mostra, dunque, il suo vero aspetto, un enorme serpente, composto a sua volta da serpenti bianchi, e si lancia contro Sasuke reclamandone il corpo. Quando Orochimaru intrappola Sasuke nella morsa di un cumulo di serpenti, il giovane rilascia la forma più evoluta del Segno maledetto liberandosi facilmente.

Orochimaru ricorda alcuni avvenimenti che lo hanno portato ad interessarsi agli Uchiha: da quando era allievo del Terzo Hokage a quando aveva provato, senza successo, a rubare lo Sharingan ad Itachi (suo compagno all'interno dell'organizzazione Alba). Sasuke sembra aver sconfitto Orochimaru ma questi si rialza e, grazie ad una sostanza emanata dalle sue ferite, indebolisce Sasuke ed inizia così il rituale di reincarnazione. Kabuto fa ritorno nella stanza e, vedendo il serpente bianco a terra ed il giovane Uchiha in piedi, si chiede chi abbia vinto lo scontro. Attraverso lo Sharingan gli viene mostrato l'esito del rituale: Sasuke è stato in grado di rovesciare la tecnica ed il Ninja Leggendario è stato assorbito.

Sasuke si reca nel laboratorio e libera Suigetsu Hozuki, ninja capace di trasformarsi in acqua, e lo informa che egli intende formare un gruppo di 4 elementi per raggiungere il suo obiettivo. Suigetsu risponde che si unirà al gruppo solo quando avrà la spada di Zabuza e così i due si recano nel Paese delle Onde. Passano davanti al Grande Ponte e ciò ricorda a Sasuke la sua prima volta con il Team 7. La spada però non è sulla tomba e i due scoprono che l' ha presa un nobile della zona, Tenzen Daikoku. Allora i due fanno irruzione al suo palazzo e la portano via, diretti verso la prossima destinazione.

Sasuke e Suigetsu raggiungono la prigione di ferro per invitare Karin, ragazza capace di percepire e riconoscere chakra a notevoli distanze, ad unirsi al gruppo. Tra i prigionieri si è già sparsa la voce della morte di Orochimaru e gli viene confermata da Suigetsu, mandato da Sasuke a liberarli mentre Karin, che inizialmente aveva rifiutato di unirsi a loro, si chiude in una stanza con Sasuke e dice che lo seguirà (dimostrando di essere anche infatuata del ragazzo). I tre lasciano il luogo per recarsi dall' ultimo membro, Juugo.

Mentre vi si avvicinano, Karin spiega al resto del team che il nascondiglio del Nord è un sito dove vengono condotti esperimenti terrificanti sugli essere umani. La ragazza spiega inoltre che Juugo, oltre ad avere improvvisi impulsi omicidi, è il portatore originale dell'enzima necessario per la creazione del Segno Maledetto di Orochimaru. Al loro arrivo, il team viene aggredito da un gruppo di prigionieri furiosi, che tuttavia Sasuke e Suigetsu riescono a sopraffare. Una volta arrivati alla sua cella, Juugo attacca Sasuke che deve ricorrere al Segno Maledetto per contrastarlo. Nel frattempo Naruto e Sakura vengono a sapere che Sasuke ha ucciso Orochimaru.

Jugo si rifiuta di ascoltare Sasuke e continua ad attaccarlo. Interviene anche Suigetsu, ma Sasuke riesce ad immobilizzarli entrambi, minacciandoli di ucciderli. Scoprono così che Jugo era amico di Kimimaro, in quanto era l' unico in grado di fermare la sua mania omicida, e Sasuke lo informa che egli si è sacrificato per lui e così Jugo decide di seguirlo. Sasuke rivela ai tre che il gruppo si chiamerà "Hebi" ("Serpente") e che il loro obbiettivo è scovare Itachi Uchiha. Intanto anche a Konoha viene deciso di formare una squadra per cercare i membri dell'organizzazione Alba (Akatsuki).

Siamo nel periodo della Terza Grande Guerra tra ninja. Kakashi affronta la sua prima missione da jonin, che consiste nella distruzione di un ponte, insieme a Rin, Obito Uchiha (con il quale non va molto d' accordo) e Minato Namikaze. Durante la strada vengono attaccati da un ninja e Kakashi sfodera per la prima volta il Chidori che non è ancora completo. Quella notte, Obito viene a sapere la storia del padre di Kakashi, il quale si è tolto la vita dopo aver fallito una missione per salvare i suoi compagni. Per questo Kakashi è ossessionato nel rispettare le regole. Il giorno seguente i tre si separano dal maestro e vengono attaccati da altri due ninja che rapiscono Rin. Obito, nonostante Kakashi gli ordini di proseguire la missione, decide di andare a salvarla.

Obito raggiunge il nascondiglio del nemico ma viene scoperto. Viene salvato da Kakashi, che finalmente ha capito l'importanza del lavoro di squadra, ma quest'ultimo viene ferito gravemente all'occhio sinistro. Il sacrificio del compagno fa risvegliare lo Sharingan di Obito che gli permette finalmente di combattere. I due riescono a liberare Rin, ma il nemico fa crollare la caverna sopra di loro e Obito, per salvare Kakashi, rimane schiaccato da un'enorme roccia. Essendo tutta la parte destra del suo corpo completamente schiacciata, e consapevole del fatto che per lui è finita, l'Uchiha decide di donare il suo Sharingan a Kakashi come regalo per la promozione a Jonin. Rin esegue il trapianto e Kakashi riesce a sconfiggere il nemico utilizzando con successo il Chidori grazie allo Sharingan. In quel momento sopraggiungono numerosi rinforzi nemici, ma in aiuto dei ninja della Foglia arriva Minato. I tre ninja portano a termine la missione e distruggono il ponte. In quel giorno nacquero due eroi con lo Sharingan, uno ebbe il suo nome inciso su una lapide e l'altro divenne noto come "Kakashi dello Sharingan".

Kisame ha appena catturato la forza portante del Demone a Quattro Code e viene contattato, insieme a Itachi e gli altri, dal capo per una riunione dove vengono informati della morte di Orochimaru ad opera di Sasuke. Successivamente procedono a sigillare il Sanbi e lo Yonbi e dopo Deidara decide di cercare i gruppi di Naruto e di Sasuke per sfidarli. Il team Hebi si reca presso un posto semi-abbandonato per attrezzarsi allo scontro e a Konoha il team di Naruto e il team 8 (con Kakashi al posto di Kurenai) si preparano alla missione.

I ninja della Foglia si dividono in più gruppi, ognuno dei quali viene accompagnato dai cani di Kakashi. Anche Sasuke ed i suoi compagni si separano. Naruto, Hinata e Yamato incontrano Kabuto e questi regala loro un libro contenente informazioni sull'organizzazione Alba. Dopo la morte di Orochimaru il ninja si era sentito privato della sua identità ma, pensando a Naruto, aveva trovato una soluzione: il trapianto di un braccio di Orochimaru su di sé. Questo sta lentamente prendendo possesso del corpo di Kabuto. I tre cercano di catturare il ninja, ma questi fugge via. Nel frattempo Deidara e Tobi trovano Sasuke e Deidara lo attacca.

Sasuke domanda ai due dell'Organizzazione Alba dove si trovi Itachi e colpisce Tobi che, con sua grande sorpresa, rimane impassibile. Deidara decide di testare le capacità del suo avversario usando la sua creta esplosiva di livello C1, ma Sasuke sfugge all'esplosione risultante e costringe il ninja rinnegato ad utilizzare il suo Dragone C2. Deidara e Tobi portano dunque un attacco combinato che non impensierisce il loro avversario il quale distrugge senza difficoltà il Dragone. Deidara riporta alla mente la sconfitta subita in passato da Itachi e, preso dalla rabbia, decide di usare il suo Garuda C4.

Deidara fa detonare il suo Garuda C4 che sparge nell'atmosfera milioni di microscopiche bombe che distruggono ogni essere vivente con il quale vengono a contatto, compreso Sasuke. Essendo convinto di aver ottenuto la vittoria, il ninja abbassa la guardia e viene colpito dal Chidori del suo avversario. Sasuke spiega a Deidara di avergli fatto solo credere di essere stato colpito tramite l'uso delle arti illusorie. Il componente dell'Organizzazione Alba rivela però di essersi allenato per rendere il suo occhio sinistro immune allo Sharingan ed intrappola il suo avversario in una sfera di creta C4. Sasuke riesce a sfuggire anche a questa trappola grazie alla sua abilità di usare il chakra di tipo fulmine, superiore a quello di tipo terra impastato nelle bombe. Guidato dallo smodato desiderio di vedere la paura negli occhi del suo avversario, Deidara utilizza il suo attacco finale e si fa esplodere, polverizzando ogni cosa intorno a sé.

Avendo notato l'esplosione, Suigetsu richiama Manda e scopre che Sasuke si è servito di lui per scappare. A seguito delle ferite riportate nell'esplosione, Manda muore. Intanto Zetsu informa i rimanenti membri dell'Organizzazione Alba della morte di Deidara, e si presume anche di Sasuke e Tobi. Naruto e gli altri giungono al cratere creato dall'esplosione e, grazie alle capacità di Kiba, iniziano a seguire le traccie di Sasuke. Altrove, il leader dell'Organizzazione rivela di chiamarsi Pain. A lui e ad una donna dai capelli blu di nome Konan, viene ordinato di catturare la Volpe a Nove Code da un uomo misterioso, che si rivela essere Tobi il cui vero nome è Madara Uchiha.

Jiraiya comunica a Tsunade che ha nuove informazioni circa l'ubicazione di Pain. Nel frattempo, Karin avverte che i ninja di Konoha sono sulle loro tracce e chiede a Jugo di aiutarla a depistarli. Mentre il Team Hebi comincia a muoversi, Naruto incontra Itachi. Dopo un breve dialogo, Itachi se ne va, dicendo di avere questioni più urgenti di cui occuparsi. Intanto Jiraiya, dopo aver ricordato insieme a Tsunade i genitori di Naruto, Minato Namikaze e Kushina Uzumaki, parte per il Villaggio Nascosto della Pioggia.

Ai tempi del Secondo Hokage, i giovani Jiraiya, Orochimaru e Tsunade vengono assegnati alla supervisione di Hiruzen Sarutobi. Rimasto affascinato dalla Tecnica del Richiamo di Sarutobi, Jiraiya decide di provarla, col solo risulato di teletrasportare sé stesso al Monte Myoboku. In quel luogo, Jiraiya riceve lezioni da Fukusaku ed incontra il Grande Rospo Eremita che ha una visione del suo futuro. Una volta concluso l'addestramento, il ninja intraprende un pellegrinaggio allo scopo di adempiere al suo destino. Prima di fare ritorno a Konoha, Jiraiya si batte con un ninja mascherato, e riesce a procurargli una cicatrice sulla fronte.

In seguito allo scoppio della Seconda Grande Guerra Ninja, Jiraiya, Tsunade e Orochimaru vengono mandati in missione al Villaggio Nascosto della Pioggia. Dopo la battaglia, vengono nominati "Ninja leggendari" da Hanzo della Grande Salamandra. Mentre è al villaggio, Jiraiya incontra Yahiko, Nagato e Konan che chiedono il suo aiuto. Jiraiya accetta ed inizia ad addestrarli. Dopo avergli insegnato l'arte del ninjutsu, il ninja fa ritorno a Konoha. Successivamente, Jiraiya addestra Minato Namikaze, che decide, assieme a sua moglie Kushina, di chiamare suo figlio "Naruto" come il protagonista del romanzo scritto dal suo maestro.

Jiraiya riesce ad infiltrarsi nel Villaggio Nascosto della Pioggia, dove interroga alcuni degli abitanti circa il loro capo, Pain. Non riuscendo ad ottenere informazioni, egli cattura due ninja, che gli rivelano che il misterioso Pain ha sconfitto il precedente leader della pioggia, Hanzo. Intanto Pain cambia corpo e, essendosi accorto dell'intrusione, ordina a Konan di cercare il responsabile. La donna obbedisce e parte alla ricerca del nemico trasformandosi in centiniaia di origami a forma di farfalla.

Jiraiya affronta Konan mentre Pain si dirige sul posto. Al suo arrivo Pain evoca un crostaceo con il quale libera Konan che era stata immobilizzata dal suo vecchio maestro. L'eremita dei rospi sconfigge facilmente l'evocazione di Pain e, dopo averlo immobilizzato, discute con lui della sua ideologia e degli scopi dell'Organizzazione Alba. Pain, convinto che Jiraiya non abbia scampo, confessa che la raccolta dei Cercoteri ha il fine di creare una potente tecnica distruttiva capace di spazzare via un'intera nazione, in modo tale che il mondo possa maturare un'avversione per la guerra. Pain si libera e richiama un camaleonte per attacare Jiraiya, che lo sconfigge e richiama a sua volta un rospo di nome Gamaken, preparadosi a combattere.

Jiraiya e Gamaken iniziano la loro battaglia contro Pain. Dopo essersi reso invisibile usando il mimetismo, Pain evoca numerose creature per sconfiggere Jiraiya. Comprendendo la forza del suo avversario, Jiraiya utilizza una barriera e si prepara ad entrare in modalità eremitica. Una volta che il ninja leggendario ha approntato la sua tecnica, Gamaken lascia il campo di battaglia. Jiraiya entra in modalità eremitica e richiama Pa e Ma. Una volta scoperto, Pain richiama altri due dei suoi corpi.

Jiraiya colpisce uno dei nuovi corpi richiamati da Pain accecandolo ed attacca gli altri con tecniche eremitiche senza però riuscire a danneggiarli. Il ninja decide allora di ritirarsi per analizzare il nemico. Egli ipotizza che tutti e tre condividano gli stessi occhi e la stessa vista e comprende che ognuno dei corpi ha uno scopo specifico. L'eremita cerca di guadagnare tempo mentre Fukasaku e Shima preparano un potente genjutsu per intrappolare ed abbattere gli avversari, cosa che apparentemente portano a termine con successo. Pensando di aver vinto, Jiraiya si distrae e viene attaccato da un altro dei corpi di Pain, che gli distrugge un braccio. Il ninja leggendario alza allora lo sguardo, scorgendo tutti i sei corpi di Pain, compresi i tre che pensava di aver sconfitto.

Jiraiya intrappola in una barriera uno dei corpi di Pain e lo sconfigge. Egli si accorge che in passato lo aveva già affrontato, procurandogli una cicatrice sulla fronte. L'eremita dice allora a Fukusaku e Shima di tornare a Konoha col corpo dell'avversario, ma il primo si rifiuta e resta al suo fianco. Jiraiya torna ad addrontare Pain e si rende conto che tutti i suoi corpi appartengono a ninja che ha incontrato o coi quali si è battuto in passato. Il ninja leggendario capisce dunque chi è in realtà il suo avversario ma in quel momento viene trafitto da tutti e cinque i corpi rimanenti. Mentre sta per perdere conoscenza riporta alla mente Minato e l'infanzia di Naruto e, ispirato dallo spirito indomito di quest'ultimo, cerca di rialzarsi. I suoi avversari si avventano su di lui per finirlo ma prima che ci riescano egli scrive sulla schiena di Fukusaku un messaggio in codice. La rana riesce a fuggire poco prima che Jiraiya muoia pensando al titolo da dare al suo prossimo libro: "La storia di Naruto Uzumaki".

Pain, dopo aver sconfitto Jiraiya, fa uscire allo scoperto Zetsu che ha seguito tutto il combattimento tra i due. Quest'ultimo è indeciso su quale dei prossimi scontri seguire, quello tra Pain e la Forza Portante della Volpe a Nove Code o quello tra i fratelli Uchiha. Intanto Sasuke rintraccia Itachi, il quale constata che il fratello è migliorato. Poco prima che Sasuke distrugga il clone del fratello, questo gli dice di raggiungere il covo segreto degli Uchiha. Il team Hebi si mette quindi in marcia verso il luogo designato. Mentre attraversano la foresta, il giovane Uchiha distrugge una copia di Naruto, rivelando finalmente la sua posizione. I ninja di Konoha si dirigono allora all'inseguimento ma vengono bloccati da Tobi. Intanto, davanti al team Hebi si para Kisame che lscia passare solo Sasuke dicendo che non permetterà interferenze nello scontro tra i due fratelli. Suigetsu, desideroso di impossessarsi della Samehada, ingaggia una lotta con Kisame, mentre il team di Konoha fronteggia Tobi. Sasuke intanto arriva al covo degli Uchiha pronto a scontrarsi col fratello maggiore.

Il giorno prima che Itachi sterminasse il clan Uchiha lui e Sasuke si stavano allenando con gli Shuriken. Tornati a casa Itachi prima incontra un ANBU che gli ricorda dellla sua missione di sterminare il Clan, e dopo il padre gli dice che l'indomani sarebbe dovuto andare con lui all'assemblea.. Trascorsi due giorni mentre Sasuke e Itachi discutono a casa arrivano Tekka Uchiha, Yashiro Uchiha e Inabi Uchiha che interrogano Itachi dell'apparente suicidio di Shisui Uchiha, suo migliore amico. Anche il padre lo rimprovera per non essersi presentato all'assemblea la sera prima, come lui avrebbe voluto. La sera stessa Sasuke torna in ritardo a casa dopo essersi allenato con gli Shuriken e quando arriva trova l'inferno: infatti tutto il clan ormai era gia stato sterminato da suo fratello Itachi.

Su italia1 alle 9:55 il 23 Giugno 2012 Itachi racconta a Sasuke il passato di Madara Uchiha definendolo come un perdente per essere stato sconfitto daal 1° e dal 4° Hokage. Poi spiega a Sasuke il segreto maggiore dello Sharingan Ipnotico: gli riferisce che l'utilizzatore di questa Arte oculare lungo il passare del tempo diventa cieco e quindi per poter rivedere la luce ha bisogno degli occhi di un altro membro del Clan Uchiha, proprio come ha fatto Madara con il fratello. Itachi spiega a Sasuke che lo ha lasciato vivere la notte in cui sterminò il clan proprio per questo, dato che lui era dicentato quasi cieco. Continua il combattimento e Itachi riesce a intrappolare Sasuke contro il muro, e gli stacca l'occhio sinistro.

Su Italia1 alle 9:55 il 23 Giugno 2012 Prima che Itachi riesca a prendergli anche l'altro occhio, Sasuke riesce a liberarsi dallo Tsukuyomi del quale era prigioniero. I fratelli si affrontano allora usando i ninjustu dell'elemento fuoco. Per contrastare l'attacco di Sasuke, che gli ha fatto guadagnare il vantaggio, Itachi attiva l'Amaterasu, che sembra danneggiare gravemente il fratello. Sasuke, tuttavia, rivela di aver utilizzato la Tecnica della Sostituzione del Serpente, presa ad Orochimaru, per sfuggire alle fiamme. Itachi dichiara di essere in vantaggio poiché il suo avversario ha terminato il chakra, ma Sasuke dice di essersi preparato a questa situazione, e di avere in serbo un'ultima tecnica con la quale trasformerà il suo sogno di uccidere il fratello in realtà.

Uscita su Italia1 alle 9:55 il 30 Giugno 2012  Sasuke evoca Kirin, il drago elettrico, nel tentativo di sconfiggere finalmente Itachi. Il componente dell'Organizzazione Alba, tuttavia, sfodera la sua arma più devastante: il Susanoo. Sasuke dolorante non riesce a trattenere il chakra di Orochimaru, il quale si libera e attacca subito Itachi con la Tecnica dell'Idra grazie alla quale evoca un enorme serpente con otto teste. Tuttavia il Susanoo di Itachi sconfigge il mostro decapitandogli le otto teste e trafigge Orochimaru con una spada spirituale, la Spada Totsuka. Sasuke, avendo esaurito la riserva di chakra, e non avendo altre tecniche in serbo, è alla mercé di Itachi che gli si avvicina con l'intenzione di prendergli gli occhi, ma prima che possa fare alcunché cade a terra privo di vita dinnanzi al fratello minore.

Uscita su Italia1 alle 9:55 il 30 Giugno 2012 I ninja della Foglia continuano a battersi con Tobi, ma nessuno dei loro attacchi riesce a colpire il loro avversario. Zetsu, arrivato sul posto, informa Tobi del risultato dello scontro fra gli Uchiha. Il ninja mascherato cambia dunque atteggiamento, facendosi serio, e si reca al covo degli Uchiha. Sasuke si risveglia in una caverna dove Madara gli si presenta. Il giovane rilascia un Amaterasu da un occhio, ma Madara lo schiva. Quest'ultimo rivela allora a Sasuke la profondità del piano di Itachi, il cui scopo era quello di proteggere il fratello.

Uscita su italia1 Sabato 7 Luglio 2012 Madara racconta a Sasuke la storia del Clan Uchiha e della sua vita e gli spiega che, in realtà, la Foglia teneva sotto controllo il clan e lo spiava di nascosto. Sasuke rimane basito nel sentire il racconto di Madara. Quest'ultimo gli rivela inoltre che i tre membri anziani del consiglio di Konoha erano a conoscenza della verità e che Itachi era una spia che lavorava sotto copertura all'interno del suo stesso clan sotto la supervisione degli ANBU. Sasuke realizza dunque che suo fratello non era realmente un traditore.

Uscita su italia1 Sabato 7 Luglio 2012 Madara continua a raccontare a Sasuke la storia di Itachi. Il Clan Uchiha pensava che Itachi era il loro tramite presso le alte sfere del villaggio mentre, in realtà, Itachi aveva il compito opposto. Sasuke non riesce ad accettare questo fatto ma, ripensando ad alcuni particolari del passato, capisce che Madara potrebbe dire la verità. Alla fine Sasuke parla al suo team, informandolo che d'ora in poi il loro nome sarebbe stato Falco e, rivelando il suo nuovo Sharingan Ipnotico, li informa del loro nuovo obiettivo che consiste nella distruzione di Konoha.

Uscita su italia1 il 14 Luglio 2012 Il Team 7 e il Team 8 continuano a cercare Sasuke, ma non riescono a trovare alcuna traccia di lui. Sasuke si ricorda di quando aveva visto Itachi piangere dopo aver effettuato il massacro e dice che non è possibile ricostruire il Clan Uchiha nel modo in cui lui immaginava. Madara assegna a Sasuke il compito di catturare la bestia a otto code mentre Pain si occuperà della cattura di Naruto. Madara è lieto che adesso Itachi non può più interferire con i suoi piani e che Sasuke ora è dalla sua parte. Sasuke e il resto del Team Falco inseguono la forza portante dell'Ottocode, Killer Bee, nel Paese del Fulmine impegnandosi duramente nella battaglia, tuttavia Killer Bee riesce a sopraffare Jugo e Suigetsu prima che Sasuke arrivi per combattere contro di lui.

Uscita su italia1 il 14 Luglio 2012 Sasuke affronta Killer Bee e viene ferito dalle sue spade. Dopo che Karin lo ha guarito, l'intero Team Falco attacca Killer Bee, che decide allora di ricorrere al potere dell'Ottocode. Dopo essere stato nuovamente battuto, Sasuke viene di nuovo curato, questa volta da Juugo che, a seguito di questa operazione, ringiovanisce. Sasuke usa dunque l'Amaterasu sul suo avversario che, finalmente, viene sconfitto. Intanto due ninja delle Nuvole che stavano osservando lo scontro riconoscono lo stemma degli Uchiha sulle vesti di Sasuke e decidono di avvertire il fratello maggiore della forza portante dell'Ottocode, il Raikage.