Naruto ha un incubo dove vede un individuo misterioso sprigionare la forza della Volpe a Nove Code. Dopo essersi ricordato del recente incontro con Sasuke, Naruto realizza che si è trattato solo di un brutto sogno. Nel frattempo, Sai inizia a studiare i vari metodi per socializzare con gli altri e ad utilizzare i soprannomi, ma la cosa si presenta alquanto difficile per lui. Naruto, Sakura e Sai vanno a visitare il maestro Kakashi in ospedale e quest'ultimo avverte Naruto che, una volta dimesso, lo sottoporrà ad uno speciale addestramento per creare una nuova tecnica più potente del Rasengan. Prima che Kakashi possa spiegare i dettagli a Naruto, arriva Asuma con il Team 10 al completo.

Naruto inizia il suo personale allenamento col maestro Kakashi. Come primo passo, Kakashi aiuta Naruto a scoprire la natura del suo chakra che risulta essere di elemento vento. Arriva anche Yamato, voluto da Kakashi per bloccare un'eventuale trasformazione di Naruto nella Volpe a Nove Code. Kakashi spiega a Naruto che il suo allenamento consisterà nel fondere l'elemento vento al Rasengan e che, attraverso le copie, è possibile accelerare un allenamento che richiederebbe anni. L'allenamento ha inizio quando Naruto raccoglie con i cloni tutte le foglie di un albero per tagliarle con il chakra del vento.

Naruto è ancora impegnato nel suo allenamento con le foglie insieme a Kakashi e Yamato. Chiedendo consigli ad Asuma, che possiede l'elemento vento come Naruto, egli riesce a comprendere come utilizzare al meglio quest'ultimo. Naruto, con le sue copie, alla fine, riesce a tagliare completamente a metà la foglia. Intanto, il Quinto Hokage assegna una missione al Team Asuma ed al Team Yamato.

Il Team Yamato viene inviato in missione al Tempio del Fuoco per proteggere da alcuni predoni le tombe contenenti quattro dei dodici ninja guardiani. Naruto giunge sul luogo della prima tomba, già profanata, e si scontra con un ragazzo di nome Sora (il quale utilizza l'elemento vento) che scambia Naruto per il profanatore. Grazie all'intervento di Chiriku, capo del tempio, nonché ex-membro dei dodici, viene chiarito l'equivoco ed il Team Yamato viene scortato al tempio che Naruto aveva già sognato in precedenza.

Arrivati al Tempio del Fuoco, il Team Yamato scopre che anche Asuma, in passato, faceva parte dei dodici ninja guardiani ed aveva contribuito, assieme a Chiriku, ad evitare un colpo di stato da parte di alcuni dei membri. Naruto scopre che Sora ha un potere misterioso e, per questo motivo, viene messo in disparte dagli altri monaci. Nel frattempo, la seconda delle quattro tombe viene profanata ed il team si getta all'inseguimento.

Il Team Yamato, Chiriku e Sora localizzano le quattro bare rubate in una valle. Mentre Chiriku rimane indietro, gli altri si gettanno all'inseguimento. In realtà, si tratta di una trappola: i predoni riescono, con una tecnica di terra, la Ruota della Fortuna, ad intrappolare tutti ed a dividerli. Così, Yamato, Sai e Naruto incontrano rispettivamente Fudou, Fuen e Fuka, tre dei predoni.

Fudou intrappola Yamato nella roccia e si allontana credendo di averlo sconfitto, ma il capitano è ancora vivo e si libera. Sai riesce a scappare da Fuen ed a salvare Sakura da un ragno gigante. Naruto è alle prese con Fuka che è in grado di utilizzare più elementi. Intanto, Sora incontra Furido, il capo dei predoni.

Naruto è alle prese con Fuka, la quale è in grado di utilizzare tutti e cinque elementi e, per questo motivo, sembra essere imbattibile. Intanto, Sora incontra Furido e, dopo un breve scontro, quest'ultimo gli chiede di andare assieme a lui a distruggere il Villaggio della Foglia. Naruto riceve il Bacio della Morte di Fuka, la quale, dopo avergli risucchiato tutto il chakra, non riesce ad assorbire quello della Volpe a Nove Code. Naruto viene salvato dall'intervento di Sora. Successivamente, i predoni si ritirano in seguito all'arrivo di Chiriku. Sora, infine, viene portato a Konoha.

Il Team Yamato e Sora ritornano al Villaggio della Foglia. Sora fa conoscenza di alcuni compagni di Naruto e conversa con Asuma dal quale riceve informazioni riguardo al padre che, proprio come Asuma e Chiriku, faceva parte dei dodici ninja guardiani. Asuma afferma che l'uomo è morto per proteggere i propri ideali e commenta anche che Sora è cresciuto molto. Nel frattempo, i predoni attaccano un altro villaggio del Paese del Fuoco.

Asuma sottopone Naruto e Sora ad un allenamento per affinare le loro abilità con l'elemento vento. Intanto, giunge, al villaggio, un messaggio da Chiriku che li avverte dei poteri nascosti di Sora. Dopo l'allenamento, Asuma ricorda i momenti passati combattendo contro il padre del ragazzo. Mentre passeggia per le strade del villaggio, Sora incontra Furido, il quale lo informa che è stato proprio Asuma ad uccidere suo padre e consegna al ragazzo due pedine dello shogi dicendo che sono per Asuma. Nel frattempo, Danzo è sparito.

Gli ANBU riescono a catturare Danzo per interrogarlo: egli doveva incontrare un ninja infiltrato nel Villaggio della Pioggia che, in realtà, stava raccogliendo informazioni su Danzo stesso per i due consiglieri. Questi propone a Tsunade di eliminare Sora in quanto potenziale pericolo per il villaggio mentre egli viene sorpreso a spiare e coglie l'occasione per chiedere ad Asuma se ha ucciso suo padre. Alla risposta affermativa del Jonin, Sora si scatena mostrando un'incredibile forza e viene fermato da Naruto che viene colpito per proteggere Sora e sviene. In ospedale, Naruto sogna ancora Sora che scatena il potere del Demone Volpe al tempio del Fuoco. Intanto, Furido racconta a Sora la storia di suo padre che voleva un Paese governato dal Signore Feudale e, quindi, era contro l'Hokage. Sora gli crede e tenta di assassinare Tsunade, ma viene fermato da Naruto.

Mentre Naruto insegue Sora, il villaggio viene attaccato dai quattro predoni che riescono a penetrare all'interno senza alcuna difficoltà. Successivamente, creano un'enorme barriera distruggendo buona parte di Konoha e compaiono degli individui simili a ninja zombie. Preoccupato dallo svolgersi degli eventi, Asuma raggiunge Naruto e Sora mettendolo di fronte al fatto di essere stato usato dai quattro predoni. Sora, sconvolto da questa rivelazione, fugge di nuovo. Asuma intima a Naruto di inseguire Sora mentre egli si prepara a contrastare gli aggressori di Konoha.

Si scopre che gli zombie sono tutti ninja vittime dei predoni, resuscitate per combattere contro Konoha. Asuma arriva alla centrale elettrica dove i predoni riportano in vita i cadaveri dei quattro ex-guardiani ninja e scopre, così, che il piano dei predoni è quello di utilizzare una potente tecnica del fulmine in combinazione con i quattro ninja per poter radere al suolo Konoha. Quindi, Asuma inizia a combattere contro Kitane, uno di loro. Intanto, Naruto, Sakura e Yamato si trovano a combattere rispettivamente con Fuka, Fuen e Fudou mentre gli altri sono alle prese con gli zombie. Nel frattempo, Shikamaru è nell'ufficio dell'Hokage a pensare ad una strategia per sconfiggere i nemici.

Sora si oppone al piano di Furido, il quale, però, lo mette facilmente al tappeto. Intanto, Naruto è in difficoltà contro Fuka mentre Kitane intrappola Asuma e fugge. Sakura è alle prese con l'illusione di Fuen, ma riesce a liberarsi e ad uccidere quest'ultima, di conseguenza, la barriera eretta intorno al villaggio scompare. Anche Yamato uccide, senza difficoltà, Fudou e, di conseguenza, anche gli zombie iniziano a scomparire.

Furido svela a Sora il suo segreto, ovvero che quando la Volpe a Nove Code attaccò il villaggio, egli riuscì ad impadronirsi di una parte del chakra rilasciato dal demone e lo sigillò dentro Sora diventando quasi una forza portante. Intanto, Asuma riesce a liberarsi ed a fermare Kitane in tempo, così, le tecniche di resurrezione vengono annullate. Nel frattempo, Naruto sconfigge Fuka. Furido scioglie il sigillo di Sora, cosicché quest'ultimo distrugga il villaggio.

Il sigillo di Sora è stato tolto e, così, comincia a fuoriuscire il chakra della Volpe. Naruto ed Asuma li raggiungono, ma, ormai, Sora ha perso il controllo ed appare la prima coda. Asuma riconosce Furido: egli non è altri che Kazuma, il padre di Sora, che credeva di aver ucciso. Arrivano anche il team di Asuma, Rock Lee e Kiba, ma non sono in grado di contrastare il ragazzo, ormai apparentemente inarrestabile per il formarsi di altre due code che sembra intenzionato a distruggere il villaggio.

Mentre Asuma combatte contro Kazuma, gli altri tentano di fermare Sora che, ormai, ha perso il controllo ed ha prodotto la quarta coda della Volpe. Naruto continua a chiamare Sora, convinto che questi sia ancora cosciente, ma, appena lo tocca, inizia a trasformarsi anche lui in Volpe. Kazuma spiega che, finché i due saranno vicini, il potere della Volpe continuerà ad aumentare fino a distruggere il villaggio. Naruto, invece, riesce a bloccare la trasformazione con la sua forza di volontà ed incita Sora a fare altrettanto.

Nonostante sia gravemente ferito, Naruto cerca in tutti i modi di far tornare Sora normale. Nel frattempo, Asuma riesce a sconfiggere Kazuma con l'aiuto di Sai, scappato dall'ospedale. Alla fine, Sora riprende conoscenza ed il chakra della Volpe si separa dal suo corpo. Il giorno dopo, mentre il villaggio viene ricostruito, Sora parte dicendo di voler visitare il mondo anziché tornare al tempio del Fuoco. Intanto, in un altro posto, una ragazza (Nii Yugito, la forza portante del Gatto a Due Code) viene inseguita da due nuovi membri di Alba: Hidan e Kakuzu.