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Naruto si dirige da Nagato e, nonostante sia furioso, gli chiede la loro storia e come hanno fatto degli allievi di Jiraiya a diventare così. Nagato gli spiega di come restò orfano e di come, per colpa di Danzo e Hanzo, si suicidò Yahiko. 

Madara spiega che gli Uchiha ed i Senju sono i discendenti dei figli dell'Eremita dei Sei Sentieri. Egli predice che, un giorno, Naruto, in possesso della Volontà del Fuoco dei Senju, e Sasuke, rappresentante degli Uchiha, si scontreranno. Kakashi domanda a Madara il motivo per cui egli sta radunando i cercoteri, ma, affermando di avere intenzione di rivelarlo solo in futuro, l'Uchiha svanisce. Intanto, il Raikage, dopo essere stato colpito al braccio dall'Amaterasu, sferra un potente attacco su Sasuke che, tuttavia, riesce a difendersi materializzando parte dello scheletro del Susanoo. Lo scontro viene interrotto da Gaara che tenta di convincere Sasuke a redimersi mentre il Raikage si taglia il braccio avvolto dalle inestinguibili fiamme nere. Quando l'Uchiha afferma di non voler cambiare idea, Gaara, assistito da Darui, Kankuro e Temari, è costretto ad attaccarlo. Gli attacchi, tuttavia, non raggiungono Sasuke che attiva il primo stadio del Susanoo.

Non appena Madara si materializza, Naruto lo attacca con un Rasengan che egli evita teletrasportandosi. Approfittando della confusione, Kakashi e Yamato riescono ad intrappolare l'Uchiha che rivela di voler solo parlare. Intanto, le guardie samurai attaccano Sasuke, ma vengono facilmente sconfitte. Nello scontro intervengono il Raikage e le sue guardie del corpo Shi e Darui prima e Jugo e Suigetsu poi. Nella sala del Summit, essendo ormai stato scoperto, Danzo viene tenuto d'occhio mentre lo Tsuchikage e Gaara hanno un confronto verbale al seguito del quale il Kazekage e le sue guardie del corpo si allontanano alla ricerca di Sasuke. Nel frattempo, Sasuke intrappola Shi con una tecnica di arte illusoria mentre il Raikage si libera di Jugo, dando prova della sua grande forza e velocità, e si prepara ad affrontare l'Uchiha.

Al Villaggio della Foglia, la notizia della condanna di Sasuke sconvolge tutti e Sai spiega a Sakura che l'ostinazione di Naruto nel riportare indietro Sasuke deriva dal fatto che egli è innamorato di lei. La giovane decide di raggiungere il Paese del Ferro e parlare con Naruto di persona. Mentre Mifune difende la sua scelta di eleggere Danzo a capo dell'alleanza, la guardia del corpo della Mizukage Ao, utilizzando il suo Byakugan nascosto, rubato in precedenza ad uno Hyuga, riconosce nell'occhio destro di Danzo quello di Shisui Uchiha. Quest'ultimo aveva il potere di controllare le persone tramite lo Sharingan ed Ao, sospettando che Danzo stia manipolando Mifune, lo confronta apertamente in merito. In quel momento, appare dal pavimento Zetsu, il quale rivela che Sasuke si è introdotto nella fortezza e ciò causa l'ira del Raikage. Intanto, Madara appare dinanzi a Naruto affermando di volergli parlare.

Venuti a conoscenza dei poteri dei Zetsu bianchi tramite Shikaku (che a sua volta aveva ricevuto notizie da Sakura e Shizune), Naruto e Bee li affrontano e sconfiggono grazie alle nuova abilità di Naruto. 

Naruto chiede al Raikage di revocare la condanna a morte di Sasuke arrivando persino a supplicarlo, ma quest'ultimo si rifiuta. Mentre Sasuke ed il suo gruppo si introducono nella fortezza, il Summit ha inizio. Il Raikage accusa gli altri paesi di aver contribuito alla fondazione dell'Organizzazione Alba o di essersene serviti in passato. La tensione cresce causando addirittura l'intervento delle guardie del corpo dei Kage che si ritirano non appena viene ristabilita la calma. Concordato che sia necessario nominare un leader dell'alleanza, Mifune, in quanto rappresentante dei paesi neutrali, propone di eleggere Danzo che si compiace di come tutto stia andando secondo i suoi piani.

I cinque Kage partono dai rispettivi villaggi, ognuno accompagnato da due guardie del corpo. Sulla strada verso il Summit, Danzo viene attaccato da un gruppo di ninja. Dopo aver istruito le sue guardie del corpo di non interferire, l'Hokage si scopre l'occhio destro, rivelando uno Sharingan nascosto, ed elimina facilmente gli assalitori. Kakashi scopre che gli ANBU stanno spiando Naruto, perciò chiede a Sai di non informare Danzo sulle sue intenzioni mentre egli si mette all'inseguimento, assieme a Yamato ed allo stesso Naruto, del Team Samui. Zetsu guida Sasuke ed il suo team al Paese del Ferro, luogo dove si terrà il Summit, una terra ghiacciata difesa da samurai invece che da ninja. Naruto, Kakashi e Yamato raggiungono il Team Samui ed il Raikage ed il ragazzo si appresta a chiedere la revoca della condanna a morte di Sasuke.

Assorbendo il potere della torre che si era creata, il clone si trasforma in una versione ad otto teste ed uccide Disonasu. Naruto, dopo esser stato colpito, riesce, grazie alla voce di Minato, a creare un mantello di chakra con l'immagine della volpe con 6 code. Non riuscendo però a sconfiggere il clone, Naruto è costretto a farsi dominare dalla Volpe, che assume la forma a 7 code e viene affrontata da Yamato. Kakashi intanto era impegnato nello scontro con Kabuto e Deidara, che lasciano il campo di battaglia usando un diversivo. Dokku e Shiseru invece andando a disattivare la fonte di potere, si confessano il loro amore, ma Shiseru rischia di cadere, con Dokku che la teneva con una mano, proprio come vari anni prima. Miina riesce a far tornare Naruto al controllo, così il ninja di Konoha, attivando una forma simile a quella che attiverà con l'allenamento insieme a Bee, salva la donna usando la sua velocità. Dokku, ricordando la melodia di Miina, disattiva il Saezuri, mentre Naruto usa i suoi nuovi poteri per fermare il clone della volpe. Alla fine dell'episodio i bambini festeggiano con Naruto, esausto.

Le rivelazioni di Tobi e Zetsu spronano Sasuke a porsi come obiettivo l'assassinio di Danzo durante il summit. Al villaggio della Foglia, Karui, preoccupata per il suo maestro, interroga Naruto nel tentativo di avere notizie su Sasuke, ma Naruto si rifiuta di aiutarla. Adirata, Karui attacca Naruto, ma viene fermata da Sai. Naruto informa Kakashi e Yamato di voler chiedere al Raikage ed a Danzo di riconsiderare la loro condanna nei confronti di Sasuke. I due Jonin, dopo un'iniziale riluttanza, si convincono quando Naruto racconta loro del suo incontro col padre e decidono di accompagnarlo al luogo dove si svolgerà il summit.

A seguito dello stato comatoso di Tsunade, Danzo viene nominato Hokage e, come primo atto ufficiale, condanna Sasuke a morte in quanto traditore, cosa che sciocca Naruto e Sakura. Omoi, Karui e Samui arrivano al villaggio e consegnano la convocazione al summit dei cinque Kage a Danzo. Karui ed Omoi si confrontano con Naruto e Sakura nel tentativo di avere notizie su Sasuke, ma i ninja della Foglia non li aiutano non riuscendo ad accettare il fatto che il loro ex-compagno sia diventato un criminale. Intanto, Tobi e Zetsu informano Sasuke e la sua squadra dell'inganno di Killer Bee, della distruzione del Villaggio della Foglia e del summit al quale parteciperà Danzo in quanto nuovo Hokage.

Kabuto é uno degli antagonisti principali del manga, inizialmente presentato come genin di Konoha. É un ninja medico, ex braccio destro di Orochimaru ed è stato una delle spie di Sasori della Sabbia Rossa su ordine di Orochimaru. Dopo la morte di Orochimaru, Kabuto si trapianta le cellule di quest'ultimo e si unisce all'Akatsuki, capitanata da Tobi, durante la 4ª guerra mondiale ninja, sfruttando in battaglia la tecnica della Resurrezione Impura e svelando la sua capacità di entrare in modalità eremitica. Durante lo scontro con Itachi e Sasuke scopriamo che era un orfano di guerra e fu trovato da Nonou Yakushi, passò la sua infanzia all'orfanotrofio di Konoha e dopo 3 anni venne preso dalla radice come spia, per poi unirsi ad Orochimaru.

Mentre si dirige verso il Villaggio della Foglia assieme al suo team, Sasuke riporta alla mente alcuni eventi del passato. Poco dopo lo scontro fra Gaara e Naruto, Sasuke aveva salvato la vita ad una ragazzina di nome Naho e quest'ultima si era innamorata di lui. Naruto e Sakura vennero incaricati di scortare Naho al Villaggio Shizume mentre Sasuke e Kakashi si occupavano di alcuni nemici che il duo scoprì essere stati incaricati di rapire Naho. Naruto e Sakura vennero presi in ostaggio, ma Sasuke li liberò e sconfisse il capo dei banditi infierendo su di lui per sfogare la sua frustrazione nei confronti della forza crescente di Naruto. In quel momento, tutti notarono il primo passo verso le tenebre di Sasuke.

Notando l'ottima coordinazione con Choji ed Ino, Shikamaru ricorda una missione durante la quale il Team 10 ed il Team 7 hanno collaborato per salvare degli ostaggi. Aiutati da un ex bandito, i ninja della Foglia arrivano al nascondiglio dei rapitori dove l'uomo li mette in guardia da Baji, il loro capo. Shikamaru escogita un piano che consiste nel mandare i Jonin in avanscoperta. L'ex bandito viene catturato e, all'insaputa dei ninja della Foglia, si rivela essere una spia. Shikamaru si offre come ostaggio in cambio della liberazione dell'uomo. Grazie alla coordinazione con il resto del gruppo, Shikamaru viene liberato ed i banditi sconfitti.

Naruto e Sakura, vedendo Kiba ed Akamaru lavorare insieme, ricordano un momento del loro passato. Il Team 7 viene incaricato di recuperare un tesoro rubato. Uno dei ladri utilizza su Sasuke e Naruto una tecnica che li lega assieme mentre Sakura viene catturata. Naruto e Sasuke decidono di recuperare Sakura e, nonostante le iniziali difficoltà nel lavorare assieme, riescono a trovare i ladri ed a sconfiggerli. Naruto, Sasuke e Sakura recuperano il tesoro mentre Kakashi osserva come il successo della loro missione sia dipeso dal non lasciare indietro la propria compagna.