Kagura aiuta Boruto e compagni a liberare Denki da dei ragazzi sciocchi e deboli. Mentre emerge il lato oscuro di Kagura quest'ultimo accetta di ereditare le Spade gemelle ed altrove, giuntagli la notizia, Shimura ne gioisce.

Kagura è il prossimo possessore delle Spade gemelle di Chojuro oltre che candidato a prossimo Mizukage ma il ragazzo non è molto convinto di volere tali oneri. Nella notte Denki viene rapito e viene recapitato un messaggio a Boruto e compagni per riaverlo.

La classe di Boruto va in gita al Villaggio della Nebbia ma Iwabe avverte riguardo la vecchia nomea di luogo sanguinario. Lì hanno modo di conoscere bravi ragazzi come Kagura e persone non particolarmente felici dei visitatori.

Mentre i 5 Kage discutono su gravi minacce future in Sarada cresce il desiderio di diventare Hokage... idea totalmente opposta a quella di Boruto.

Tutti insieme i ninja sconfiggono Shin e una volta rientrati Sarada scopre che Sakura ha partorito fuori dal Villaggio aiutata da Karin e che quel cordone ombelicale al covo era proprio di Sakura, a conferma di essere la sua vera madre.

Essendo Shin una cavia di Orochimaru, i ninja si recano da quest'ultimo per riuscire a scovare il nemico. Lì Sarada scopre che Karin è sua madre.

Durante i problemi familiari fra padre e figlia l'uomo misterioso, di nome Shin, attacca di nuovo con tanti bambini uguali al seguito. Alla battaglia si unisce Sakura ma alla fine viene rapita dal nemico.

Dei misteriosi aggressori dotati di Sharingan prendono di mira Sarada, che è in viaggio con Naruto per incontrare Sasuke.

Sarada sente molto la mancanza di suo padre e siccome non le vede mai inizia ad avere dei dubbi.

Boruto ricorda la nomina di suo padre ad Hokage, quando Himawari si arrabbiò e risvegliò involontarimante il Byakugan.

Sarada si trova alle prese con il pupazzo smarrito di una bambina.

E' tempo di esami all'Accademia: essendo Iwabe bravo nei ninjutsu ma carente nella teoria mentre Denki bravo nello studio ma impacciato nella pratica, i 2 collaborano e si impegnano a fondo per colmare le proprie lacune. Il giorno dell'esame vi è un incendio ed i 2 lo spengono saltando la prova ma le loro gesta vengono ricompensate.

Mentre le vite di Boruto e compagni tornano alla normalità in una lontana dimensione qualcuno, collegato a Kaguya Otsutsuki, si prepara a venire sulla Terra.

Boruto fa breccia nel buon cuore di Sumire, ricordandole i suoi bei momenti all'Accademia e mostrandole il legame affettivo fra lei e la Nue. Quest'ultima si sacrifica per far uscire illesi Sumire Boruto e Mitsuki dalla dimensione parallela e tutto si risolve per il meglio.

La bestia demoniaca chiamata Nue, che si ciba di chakra negativo, viene liberata e l'artefice di tutto è Sumire, figlia di un defunto membro della Radice e sacrificata alla distruzione del Villaggio. Boruto e Mitsuki affrontano la ragazza, intenzionata a portare a termine la sua missione.