La classe di Himawari e Kawaki vanno in gita presso un'isola sconosciuta, mentre Kawaki sospetta che l'assassino sia sull'isola.

Hana Kana è una kunoichi assassina al servizio del maggiordomo della Principessa del Paese del Bambù in incognito come insegnante della classe di Himawari e Kawaki che ha il compito di eliminare proprio la principessa.

Kawaki decide di scortare Himawari all'Accademia Ninja, mentre la maestra Kana viene dimessa dall'ospedale e si reca anche lei all'Accademia e viene accolta dai suoi studenti con una bella festa a sorpresa di bentornato. Arrivata finalmente a casa Hana ha un forte mal di testa e si vede comparire all'improvviso nel suo subconscio una sua versione maligna e le racconta che la nostra Hana è un'orfana di guerra adottata dal maggiordomo della principessa ed è a Konoha per uccidere la Principessa del Paese del Bambù. La puntata finisce in cui la parte maligna di Hana ha preso il sopravvento su quella buona ed è pronta per porre a termine la sua missione.

Una rana sospetta è stata uccisa nei pressi del Festival Scolastico interrotto a causa degli attentati. I ninja di Konoha indagano sul luogo del misfatto, mentre Kawaki viene sollevato dall'incarico di scorta della Principessa la quale è tornata, nel frattempo, a casa prima che finisse l'accademia ninja. A fine puntata si vede un'ombra di un tizio sconosciuto intento a prendere la rana morta.

Kawaki riesce a salvare la principessa da un attentato, durante il Festival Scolastico. Nel corso della Puntata vediamo la maestra di Himawari soffrire di forti mal di testa prima che succedano una serie di attentati.

Shikamaru spiega al Team 7, Kawaki e Sumire lo scopo della loro prossima missione. La missione sarà sorvegliare Eida e suo fratello Daemon, mentre quest'ultimi continuano il loro viaggio in treno per Konoha.

La classe di Himawari e Kawaki fanno le prove della recita che racconta le gesta dei Ninja Leggendari della Foglia per il Festival del'Accademia e tutto sembra andare liscio come l'olio fino a quando Eiki scopre la vera indentità di Kawaki. Riuscirà il figliastro di Naruto e Hinata manterere la sua copertura di bodyguard della Principessa?

Un uomo misterioso rapisce Himawari e Osuka per motivi sconosciuti. Kawaki e i suoi compagni indagano per trovare il nascondiglio del rapitore di Himawari e Osuka.

Hana forma le squadre per le esercitazioni pratiche e Kawaki finisce in una squadra con cui non va per niente d'accordo e al tempo stesso non può proteggere la principessa. Nel corso della puntata un tizio misterioso evoca una rana che però viene vista da Kawaki e quest'ultimo capisce subito che la principessa è in grave pericolo.

Hana forma le squadre per le esercitazioni pratiche e Kawaki finisce in una squadra con cui non va per niente d'accordo e al tempo stesso non può proteggere la principessa. Nel corso della puntata un tizio misterioso evoca una rana che però viene vista da Kawaki e quest'ultimo capisce subito che la principessa è in grave pericolo.

Code e Eida riescono ad intrufolarsi nel laboratorio di Konoha e rapiscono Amado. Nel covo della Nuova Organizzazione Kara Amado viene costretto a disattivare i limitatori di potenza di Code e Code si trasforma in un essere dagli occhi rossi e capelli bianchi, tuttavia Eida e Daemon tradiscono Code e quest'ultimo scappa con Bug. 

Succedono molte cose strane all'Accademia Ninja di Konoha, così Himawari e i suoi compagni decidono di formare una squadra investigativa per risolvere il caso dei Sette Misteri dell'Accademia.

Il Team 7 tiene una lezione nella classe di Kawaki, ma questo causa ad Hana una sensazione di inadeguatezza e di timore di perdere la cattedra. Riuscirà la nostra Hana a mantenere il posto?

Amado informa via telefono Shikamaru che Eida e suo fratello minore Daemon hanno tradito Code per Konoha. Shikmaru convoca per conto dell'Hokage il Team 7 per una missione speciale, mentre Code usa i suoi nuovi poteri creando un esercito di decacoda in forma umanoide con la coda. 

Kawaki ottiene i poteri di Isshiki e ferma la "resurrezione" di Momoshiki colpendo gravemente il corpo di Boruto, mentre Code si ritira dallo scontro con altri ninja di Konoha. Nel corso della storia Code ed Eida riescono ad entrare a Konoha e rapiscono Amado e lo costringono a disattivare il limitatore di Code che impediva all'ex sottoposto di Isshiki ad usare i pieni poteri.