Asuma sottopone Naruto e Sora ad un allenamento per affinare le loro abilità con l'elemento vento. Intanto, giunge, al villaggio, un messaggio da Chiriku che li avverte dei poteri nascosti di Sora. Dopo l'allenamento, Asuma ricorda i momenti passati combattendo contro il padre del ragazzo. Mentre passeggia per le strade del villaggio, Sora incontra Furido, il quale lo informa che è stato proprio Asuma ad uccidere suo padre e consegna al ragazzo due pedine dello shogi dicendo che sono per Asuma. Nel frattempo, Danzo è sparito.

Il Team Yamato e Sora ritornano al Villaggio della Foglia. Sora fa conoscenza di alcuni compagni di Naruto e conversa con Asuma dal quale riceve informazioni riguardo al padre che, proprio come Asuma e Chiriku, faceva parte dei dodici ninja guardiani. Asuma afferma che l'uomo è morto per proteggere i propri ideali e commenta anche che Sora è cresciuto molto. Nel frattempo, i predoni attaccano un altro villaggio del Paese del Fuoco.

Naruto è alle prese con Fuka, la quale è in grado di utilizzare tutti e cinque elementi e, per questo motivo, sembra essere imbattibile. Intanto, Sora incontra Furido e, dopo un breve scontro, quest'ultimo gli chiede di andare assieme a lui a distruggere il Villaggio della Foglia. Naruto riceve il Bacio della Morte di Fuka, la quale, dopo avergli risucchiato tutto il chakra, non riesce ad assorbire quello della Volpe a Nove Code. Naruto viene salvato dall'intervento di Sora. Successivamente, i predoni si ritirano in seguito all'arrivo di Chiriku. Sora, infine, viene portato a Konoha.

I cinque Kage combattono contro Madara il quale, sfoderando sia le tecniche degli Uchiha che quelle del Primo Hokage, li mette in enorme difficoltà; Onoki, ricordandosi degli insegnamenti del suo maestro sulla Volontà della Roccia e il suo primo incontro con Madara, usa l'Arte della Polvere, ma Madara non sembra preoccuparsene troppo. Sasuke incontra Itachi; chiedendogli le risposte alle sue tante domande, quest'ultimo afferma che gli rivelerà tutto dopo aver portato a termine la sua missione: fermare l'Edo Tensei. Madara si riprende dalle ferite infertegli dal colpo di Onoki e se la prende con Tsunade, dicendole che è inferiore ad Hashirama in ogni aspetto pur essendo una sua discendente: l'Hokage allora gli risponde che la sua vera forza sta nella Volontà del Fuoco e passa al contrattacco.

Fudou intrappola Yamato nella roccia e si allontana credendo di averlo sconfitto, ma il capitano è ancora vivo e si libera. Sai riesce a scappare da Fuen ed a salvare Sakura da un ragno gigante. Naruto è alle prese con Fuka che è in grado di utilizzare più elementi. Intanto, Sora incontra Furido, il capo dei predoni.

Il Team Yamato, Chiriku e Sora localizzano le quattro bare rubate in una valle. Mentre Chiriku rimane indietro, gli altri si gettanno all'inseguimento. In realtà, si tratta di una trappola: i predoni riescono, con una tecnica di terra, la Ruota della Fortuna, ad intrappolare tutti ed a dividerli. Così, Yamato, Sai e Naruto incontrano rispettivamente Fudou, Fuen e Fuka, tre dei predoni.

Arrivati al Tempio del Fuoco, il Team Yamato scopre che anche Asuma, in passato, faceva parte dei dodici ninja guardiani ed aveva contribuito, assieme a Chiriku, ad evitare un colpo di stato da parte di alcuni dei membri. Naruto scopre che Sora ha un potere misterioso e, per questo motivo, viene messo in disparte dagli altri monaci. Nel frattempo, la seconda delle quattro tombe viene profanata ed il team si getta all'inseguimento.

Il Team Yamato viene inviato in missione al Tempio del Fuoco per proteggere da alcuni predoni le tombe contenenti quattro dei dodici ninja guardiani. Naruto giunge sul luogo della prima tomba, già profanata, e si scontra con un ragazzo di nome Sora (il quale utilizza l'elemento vento) che scambia Naruto per il profanatore. Grazie all'intervento di Chiriku, capo del tempio, nonché ex-membro dei dodici, viene chiarito l'equivoco ed il Team Yamato viene scortato al tempio che Naruto aveva già sognato in precedenza.

Naruto è ancora impegnato nel suo allenamento con le foglie insieme a Kakashi e Yamato. Chiedendo consigli ad Asuma, che possiede l'elemento vento come Naruto, egli riesce a comprendere come utilizzare al meglio quest'ultimo. Naruto, con le sue copie, alla fine, riesce a tagliare completamente a metà la foglia. Intanto, il Quinto Hokage assegna una missione al Team Asuma ed al Team Yamato.

Sasuke vagabonda senza meta, confuso. Nel frattempo, al Villaggio della Foglia, Konohamaru e i suoi compagni di squadra pattugliano per difendere il villaggio da un probabile attacco nemico. Improvvisamente sentono una voce che si rivela essere quella di Karin, prigioniera al villaggio. Intanto, Jugo e Suigetsu continuano la ricerca del loro leader, Sasuke, perlustrando anche uno dei nascondigli di Orochimaru. All'interno del nascondiglio, Jugo viene colto da un istinto omicida ed attacca Suigetsu, che riesce ad evitare il colpo. Grazie alla rabbia di Jugo, i due trovano una stanza segreta contenente un rotolo, contenente a sua volta informazioni vitali. Nel frattempo, Sasuke si trova di fronte ad un esercito di Zetsu bianchi. Attivato il Susanoo, incenerisce tutti gli Zetsu in breve tempo, ed interroga uno di loro usando lo Sharingan, grazie al quale scopre informazioni sulla guerra. Altrove, Itachi inizia a fare la sua mossa.

Naruto inizia il suo personale allenamento col maestro Kakashi. Come primo passo, Kakashi aiuta Naruto a scoprire la natura del suo chakra che risulta essere di elemento vento. Arriva anche Yamato, voluto da Kakashi per bloccare un'eventuale trasformazione di Naruto nella Volpe a Nove Code. Kakashi spiega a Naruto che il suo allenamento consisterà nel fondere l'elemento vento al Rasengan e che, attraverso le copie, è possibile accelerare un allenamento che richiederebbe anni. L'allenamento ha inizio quando Naruto raccoglie con i cloni tutte le foglie di un albero per tagliarle con il chakra del vento.

Naruto ha un incubo dove vede un individuo misterioso sprigionare la forza della Volpe a Nove Code. Dopo essersi ricordato del recente incontro con Sasuke, Naruto realizza che si è trattato solo di un brutto sogno. Nel frattempo, Sai inizia a studiare i vari metodi per socializzare con gli altri e ad utilizzare i soprannomi, ma la cosa si presenta alquanto difficile per lui. Naruto, Sakura e Sai vanno a visitare il maestro Kakashi in ospedale e quest'ultimo avverte Naruto che, una volta dimesso, lo sottoporrà ad uno speciale addestramento per creare una nuova tecnica più potente del Rasengan. Prima che Kakashi possa spiegare i dettagli a Naruto, arriva Asuma con il Team 10 al completo.

Sasuke rivela di essere disposto a tutto pur di vendicarsi, anche a sacrificarsi ad Orochimaru più volte. Ormai seccato, tenta di utilizzare una nuova tecnica per sconfiggere il team di Naruto, ma viene fermato da Orochimaru e Kabuto che vedono nella Foglia un alleato per la lotta contro Alba e, così, i tre se ne vanno lasciando Naruto deluso. Una volta tornati al villaggio, Yamato mette al corrente Tsunade dei piani di Danzo e Sai chiede a quest'ultimo di poter rimanere nel Team Kakashi.

Sasuke si dimostra subito ostile nei confronti dei suoi vecchi compagni di squadra ed ingaggia un breve combattimento durante il quale riesce a vedere la Volpe a Nove Code all'interno di Naruto grazie al suo Sharingan. Il demone commenta che gli occhi di Sasuke sono più diabolici di quelli di Madara Uchiha e che mostrano una notevole potenza.

I tre scoprono che il vero obiettivo di Sai consiste nell'assassinio di Sasuke. Sai trova Sasuke e, dopo avergli detto che ha intenzione di riportarlo al villaggio, prova a catturarlo, ma quest'ultimo si libera provocando un'esplosione. Il rumore attira Yamato, Naruto e Sakura che rivedono il loro amico dopo tre anni.