Il Villaggio della Foglia è stato raso al suolo, ma gli abitanti, grazie all'aiuto dell'Hokage e di Katsuyu, sopravvivono. Naruto, assieme ai rospi Shima, Fukasaku, Gamabunta, Gamaken e Gamahiro, inizia il suo scontro con le sei vie di Pain distruggendo il Mondo degli Asura ed atterrando il Mondo dei Preta. Adirato dallo scoprire che anche Pain è stato allievo di Jiraiya, il ninja della Foglia sfodera la sua nuova tecnica, la versione migliorata del Rasenshuriken.

Mentre gli scontri proseguono, Deva-Pain raggiunge Tsunade e discute con lei del dolore e del costo della pace. Nel frattempo, il Mondo Umano riesce a scoprire la posizione di Naruto da Shizune strappandole l'anima. Il Mondo Animale richiama, allora, tutti gli altri al di fuori del villaggio per permettere al Mondo Divino di distruggerlo utilizzando lo Shinra Tensei. Intanto, Naruto e Fukasaku vengono a sapere dell'attacco al Villaggio della Foglia e, una volta pronti per la battaglia, vengono richiamati da Shima al villaggio assieme a Gamakichi, Gamabunta e Gamaken.

Mentre è alle prese con i soccorsi agli abitanti del villaggio, Konohamaru assiste, di nascosto, all'interrogatorio di due Chunin da parte di Mondo Naraka. Il giovane viene scoperto, ma, in suo aiuto, interviene Ebisu, il quale, tenendo impegnato il nemico, cerca di far fuggire il proprio allievo. Quando il Jonin sta per essere ucciso, il ragazzo interviene e, dopo un breve scontro, colpisce Naraka con una tecnica insegnatagli da Naruto, il Rasengan. Intanto, Naruto, al monte Myoboku, tenta di accumulare l'energia naturale in movimento fallendo.

Al monte Myoboku, Fukasaku prova ad unirsi a Naruto per poter utilizzare la modalità eremitica in movimento mentre, al Villaggio della Foglia, il nuovo Mondo Animale di Pain attacca il reparto interrogatorio. Nel frattempo, Fukasaku si rende conto che la Volpe a Nove Code non gli consente di fondersi con Naruto e, al villaggio, Ibiki Morino fronteggia le evocazioni di Pain, ma quest'ultimo sembra avere la meglio.

Kakashi ingaggia in battaglia Deva-Pain al quale si unisce anche Asura-Pain. Choza e Choji raggiungono Kakashi con alcuni rinforzi, ma questi ultimi vengono subito abbattuti. Kakashi è costretto ad utilizzare il Kamui per salvare Choji da un attacco di Pain esaurendo, così, il suo chakra. Il Jonin sviene ed ha una visione dei suoi vecchi compagni e di suo padre. Nel frattempo, Katsuyu rivela a Tsunade che Kakashi è morto.

Mentre Konan e Pain tentano di scoprire dove si trova Naruto, Danzo informa Homura e Koharu dell'invasione. Questi ultimi cercano di convincere Tsunade a non fare affidamento su Naruto, ma l'Hokage si arrabbia intimando loro di credere nella forza portante. Intanto, mentre Shizune informa Tsunade delle sue scoperte, uno dei corpi di Pain, Tendo, attacca Iruka che viene aiutato da Kakashi.

Pain e Konan irrompono nel Villaggio della Foglia in cerca di Naruto mentre quest'ultimo sta ultimando il suo addestramento al monte Myoboku. Intanto, i servizi segreti della Foglia cercano di estrarre informazioni dal ninja della Pioggia catturato e Shizune studia gli inserti metallici nel corpo di Pain. Nel frattempo, Sakura e Shikamaru soccorrono alcuni abitanti del villaggio mentre l'Hokage viene informata dell'identità degli invasori ed ordina di far richiamare Naruto.

Naruto utilizza la Tecnica Superiore della Moltiplicazione del Corpo per imparare ad accumulare l'energia naturale ed entra, per la prima volta, in modalità eremitica. Intanto, mentre al Villaggio della Nuvola viene organizzata la ricerca di Killer Bee, il Raikage ordina al Squadra Samui, formato da lei stessa e due allievi di Bee, Karui ed Omoi, di far sapere al Villaggio della Foglia che saranno loro stessi ad occuparsi di Sasuke e di informarli, inoltre, della sua intenzione di riunire tutti i Kage per un summit.

Naruto prosegue l'addestramento per imparare ad usare la modalità eremitica, tuttavia esiste il rischio che l'eccessiva acquisizione di energia naturale possa trasformarlo in un rospo. Fukasaku aiuta Naruto ad evitare che questo avvenga e successivamente gli consegna il primo libro scritto da Jiraiya, riportando alla mente del ragazzo il suo maestro deceduto. Intanto, i membri dell'Organizzazione Alba scoprono che quello riportato da Sasuke non è il vero corpo di Killer Bee e Pain e Konan si dirigono verso il Villaggio della Foglia.

L'interrogatorio del ninja della Pioggia catturato e l'autopsia del corpo di Pain recuperato procedono mentre Naruto aiuta Shikamaru e Shiho a decodificare il messaggio di Jiraiya. I tre scoprono che il codice fa riferimento al libro "Le tattiche della pomiciata" scritto da Jiraiya. Una volta decodificato il messaggio, riferiscono a Tsunade e Fukasaku che il significato è "Quello vero non è tra loro" e Fukasaku si offre di insegnare a Naruto l'uso della modalità eremitica.

Naruto è molto abbattuto per la morte del maestro. L'Hokage ordina a Shikamaru di decifrare il codice lasciato da Jiraiya sulla schiena di Fukusaku. Shikamaru chiede a Naruto, ma il ninja è ancora sconvolto a causa della morte del maestro. Così Shikamaru dice all'amico di continuare a lottare e che, da oggi, saranno loro a fare da maestri alle generazioni successive. Naruto decide così di aiutare Shikamaru a decifrare il codice.

Rientrato al villaggio, Naruto riflette sull'incontro avvenuto con Itachi. Per difendere il villaggio da un possibile, futuro attacco di Sasuke, Itachi dona a Naruto un ignoto potere, nella speranza che il giorno in cui debba utilizzarlo non si presenti mai. Dopo aver sigillato il Seicode, Madara incontra Sasuke, di ritorno dallo scontro con Killer Bee, che rivela di voler attaccare e distruggere il Villaggio della Foglia. Il Raikage riceve la notizia della cattura del fratello mentre, al Villaggio della Foglia, Fukusaku informa Naruto della morte di Jiraiya per mano di Pain.

Hotaru si dispera pensando di avere ucciso, con la tecnica proibita, Naruto ed Utakata, tuttavia, i due sono ancora vivi. Mentre il Team 7 si libera dei suoi avversari, il corpo di Hotaru comincia a strabordare di chakra naturale. Shiranami cerca di fuggire, ma viene sconfitto dal Rasengan di Naruto. Il cercoterio di Utakata assorbe il chakra e neutralizza la tecnica proibita facendone sparire il sigillo dal corpo della ragazza. Il Team 7 si congeda da Hotaru ed Utakata che riprendono i loro viaggi. La forza portante del Seicode incontra Pain che lo sconfigge e, con le sue ultime forze, dice ad Hotaru di andare avanti con la sua vita.

Shiranami, dopo avere imprigionato Hotaru con una tecnica di costrizione, le dice che lei non è altro che uno strumento per raccogliere chakra naturale in modo da rilasciare la tecnica proibita. Utakata e Naruto, arrivati sul posto, rimangono vittime a loro volta della tecnica di costrizione di Shiranami. Mentre il Team 7 incontra difficoltà nell'affrontare i banditi e gli abitanti del villaggio, le due forze portanti si liberano e Shiranami, avendo raccolto il chakra sufficiente, rilascia la tecnica proibita.

tutti i componenti del clan Fuuma